Mooncell的灵子虚构世界“SE . RA . PH”。在这个世界，过着无聊生活的学生岸浪白野，日常的风景莫名其妙的“憎恨”了起来。学园突然崩溃，剩余生命体的清洗开始了。本应是朋友的慎二却背叛了自己，受伤的白野顽强地挣扎求生，掉到了被称为“边狱”的焚烧炉底。在那里，白野看到的是一柄赤煌的大剑。

在“边狱”，白野被自称“Saber”的少女所救。记忆暧昧，连自己谁不知道，只晓得“憎恨”变强的白野，但从Saber口中得知SE . RA . PH举行圣杯战争的参加者是以炽天之栏为目标，第一战的会场到达了，就是白野和Saber眼前的广阔美丽的海洋都市。两人为了寻找对战对手，围绕着海洋城市开始行动——

白野和Saber到达了，第一层·新设海洋都市Cape。在那里，御主为了保障生活，将英灵卖给政府。白野和Saber遭到了白野学园时代的朋友的慎二的英灵们袭击，在原御主·远坂凛的帮助下，英灵找不到白野等人的踪迹。凛是为了登上上层需要打倒慎二，了解情况之后，白野决定再次与慎二对抗。

第一层阶层主的慎二和德雷克被白野和Saber打败了。为什么要以上层作为目标呢，德雷克向白野问道。在到达第二阶层的同时，被什么人袭击，俯视着逃进森林的两人。Saber为了救白野而受伤，从而陷入了困境。这时，一个少女出现在两人的面前——

白野和Saber在遭到丹和罗宾汉的袭击，暂避于拉尼Ⅷ的藏身之所。了解到现在3020年，SE·RA·PH崩溃的话，人类灭亡的情况。三人进行再战的作战会议。拉尼Ⅷ表示，丹是胜利也无法登上上层的，罗宾汉有两种的宝具，但无法同时使用。白野等人再次向丹和罗宾汉发起挑战朝森林行进。

丹和罗宾汉被白野夺胜后。第二阶层因为失去了阶层主而要消亡的时候，拉尼Ⅷ决定留下与该阶层共存亡。白野和Saber前往下一个阶层。第三阶层是亡灵和梦想的废土，通称无名之森。凛表示，这是Code中的BUG。电子幽灵游荡于森林和荒城中，在城中搜索的白野看到了人影而追了上去。

感到奇怪的白野等人继续在无名之森探索的时候，突然出现了“怎么也无法杀死的怪物”，Saber将其斩杀，众人却重新回到了起点。凛表示，怪物的本体是“爱丽丝”用了“这一日”，按照自己所想返回到原状。为了突破现状而再次展开探索的白野也袒露了心声，向众人说明自己的憎恨。

经过第三层的战斗，怀揣着希望并以上层为目标的白野，到达了沙沙作响的第五层。虽然通向上层的Ladder在远处清晰可见，但在这个阶层里徘徊着被称为杀人鬼的尤里乌斯。如果在到达Ladder之前遇见就不得不与之战斗。在前进的路上，白野一行人遭遇尤里乌斯及Berserker的袭击。由于从Berserker的攻击下保护了白野，Saber身受重伤，被迫陷入苦战。

在和尤里乌斯与李书文的战斗中败北，倒下的白野和Saber。陷入昏迷的岸浪白野，在放映室般的地方遇到Saber的原主人岸波白野。在那里，放映着过去白野和尼禄的对话，以及尼禄·迪劳克乌斯的生前映像。岸浪恢复意识后，向Saber坦言自己的真实面目，并否认自己作为御主的资格。

展开了宝具『邀至心荡神驰的黄金剧场』，尼禄顺利将李书文击倒。白野也发动了死相将尤里乌斯击败。留下了凛和拉尼，白野和saber进入了通向下一阶层的ladder。在第六层，出现了大量疑似凛的从者和巨大的拉尼。两组人物不知为何在不断对战。在感到困惑的尼禄和岸浪面前，一起战斗到第五层的凛出现了。

越过第六阶层，终于到达了一千年间谁都无法来到的地方，登上第七阶层的尼禄和白野。在第七阶层的道路上，迎接他们的是雷欧的从者高文。在知晓走向破灭的人类史和mooncell的事情后，岸浪白野为了让mooncell恢复原貌树立起新的决意。当钟声响起，雷欧阻挡在两人面前。

一千年前，雷欧赞同了与之对峙的特维斯的想法，觉悟到人类已无法被拯救。被高文的宝具击落到最底层的尼禄和岸浪，依靠从第四层获得的书签向着光芒照射的地方走去，再次回到第七层。在SE.RA.PH临近崩溃的时刻，白野发动死相给予了尼禄最大限度的魔力供给，与雷欧对抗。

在第七阶层竭尽全力打败雷欧主从的尼禄和岸浪白野，不是为了过去、而是为了将来，怀抱着恢复mooncell的决心，终于登上了最顶层的炽天之槛。在那里，等待他们的是特维斯·H·皮斯曼。岸浪白野和尼禄将作为最后的挑战者。怀抱着作为新的『谁』生存下去而勇往直前的岸浪白野——辉煌的Encore在这里闭幕。