以莫拉尔为开端的超能力者暴动事件，已经过去了三个月。暴动已经平息，横滨市民也恢复了往日的生活。紫与失忆少女初携手，再次以“滨虎”的名义展开侦探活动。某日，滨虎收到了追踪变态跟踪狂的委托，紫和初随即前往跟踪狂出没的公寓大楼。就在此时，一位拥有光速超能力少年出现在他们面前。

奈斯装死三个月后回归，伙伴们都开心不已。人气插画家的超能力者知侑突然从医院失踪，留下疑点重重的素描本。雷修展开搜索，从情报商真央那里得知知侑可能藏身在一个夜店里。雷西奥和巴斯蒂随即前往那家夜店，却在那里遇见了一个超能力者集团FREEMUM的代表，石神俊一。

监狱里发生了杀人事件。五层的看守人员打开了隔离室，杀害了里面的超能力者。奇怪的是，在杀了人之后，看守人员开始自相残杀，隔离室里的景象惨不忍睹。这残忍之事都是由超能力者佐村豪引起的。他所拥有的疯狂的超能力，会让看了他的画的人，受其魅惑，被破坏冲动所支配，不杀光周围的人不罢休。为此，警察决定把佐村豪转移到特别监狱去，就在转移的路上，事故发生了。

哈妮的能力发动之后引起了副作用，那就是在一定时间里她的神智会回到幼儿时代，不能接受这一事实，哈妮深受打击把自己关在房间里。就在这时，哈妮接到工作委托。委托内容是保护一位重要的人物：超能力机关医疗科顾问，多克特鲁。他一直主张加强对野生能力持有者进行管理，在已经化为政府的超能力机关中属少数的过激派，为此被降职派到国外的研究机构里去。在这个时期突然回国，多克特鲁究竟有何目的？

奈斯和紫前去追赶绑架了哈妮的犯人，就在这时，亚特出现在了他们面前。两方人马见面就开始僵持，气氛剑拔弩张。亚特率先发动了能力，奈斯随后也发动了能力，却因身体不适而让亚特逃走了。事出有因，亚特阻拦奈斯一行是为了让绑架了哈妮的犯人顺利逃走，亚特为何要这么做呢？

加斯奎伤重身亡，紫和奈斯在参加完加斯奎的葬礼之后向情报屋的真央打听情况。加斯奎在出事前曾向真央询问过“最恐”的事情，他察觉到在绑架哈妮与多克特鲁的那群家伙背后，有幕后黑手在支援他们。这个幕后黑手很有钱，拥有政治影响力，能在案件中对警察进行施压。这个“最恐”究竟是何方神圣？他有何目的呢？

紫身受重伤昏迷不醒。经诊断，紫的双臂粉碎性骨折，身上多处的肉被割去；最残忍的是，紫的能力几乎丧失殆尽。让紫丧失能力的原因还不明了，有可能是因为RISK的原因。而对失去能力的紫进行施暴的，还是“最恐”那群人，亚特也参与其中。为了让紫打起精神，大家用各种方法安慰紫，结果却适得其反。

小初在花店遇到有自己小时候照片的神秘女人。为了知道自己的过去，初跟着神秘女人坐车离开。奈斯知道后很担心，四处寻找小初。小初被带到地下监狱，这里让她回忆起充满痛苦的过去：她幼时被父母抛弃，在实验室接受人体改造，拥有了消除超能力的能力。在一次偶然的机会下，她和奈斯相识了。

政府想要将野生超能力者赶尽杀绝。于此同时，亚特发表演讲蛊惑能力者们，他邀请大家加入Free Mom并一起创立自由之国。被奈斯带回来后，小初的心情一直很沉重。这时哈妮要求大家一起演出舞台剧“竹取物语”，女主角辉夜姬则由小初出演。奈斯想尽办法安慰小初， 终于让她露出了开心的笑容。

小初留下一封信就不见了，奈斯对此很不解。巴斯蒂的病越来越严重，为了不让雷西奥担心他强忍身体不适。回家路上雷西奥在陌生车辆上发现了精神错乱的知侑，并在她的手机上找到一段有关Free Mom治愈疾病的视频。奈斯突然接到最恐的电话，最恐告诉他十分钟后小初将会遭遇爆炸。奈斯和紫找到爆炸地点，及时救出老板，却未发现小初的踪影。

奈斯通过电波信号，发现咖啡店与爆炸事件有牵连。原来老板本是超能力研究人员，他为了保护小初，带着她和子猫离开研究所，三人一起经营咖啡厅。石神对政府发出反抗宣言并指挥超能力者发动攻击，横滨变得混乱起来。 关键时刻亚特出手，杀死了石神和奈斯。看到奈斯被杀害，小初的虚无超能力被触发，亚特的愿望终于实现了。

亚特的弟弟思琪尔接受超能力实验后痛不欲生，思琪尔拜托亚特杀死自己。为了帮弟弟实现愿望，亚特杀了思琪尔，但最恐告诉他思琪尔并没有死，于是亚特决定彻底消除超能力。奈斯突然清醒过来，他和亚特展开激烈的战斗。思琪尔的觉悟超能力让大家重新找回了自我，但亚特仍旧认为超能力是罪恶的产物，决心要帮弟弟实现愿望。