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极为普通的高中生春日珠纪，因为双亲转任到国外工作，为了到外婆宇贺谷静纪家住，她来到了被大自然围绕的季封村。珠纪循着年幼时的记忆，往外婆家的方向走，但立刻被怪物袭击。在危机当中拯救她的是一名冷漠的少年，鬼崎拓磨。
外婆静纪，要珠纪成为玉依姬，守护「鬼斩丸」的封印。珠纪虽然有点不知所措，但仍是在守护玉依姬的守护者鬼崎拓磨、鸦取真弘、狐邑祐一和大蛇卓的包围下，展开了新生活。珠纪暗中决定要自己去调查玉依姬是什么？鬼斩丸又是什么？
抱住快要跌倒的珠纪的是，守护五家的第五位守护者犬戒慎司。拓磨他们再见到慎司，一点也没有高兴或欢迎的样子，让珠纪觉得很不可思议。在那当中，五位守护者前去巡视封印鬼斩丸的五项宝器。珠纪突然受到头痛的侵袭，让她觉得很不安……
珠纪等人在封印宝器的地方，遇到了想要解开结界的神秘集团“逻各斯”。虽然他们退去了，但珠纪觉得近期应该会与他们再度交手，所以觉得静不下心来，而前去找卓询问关于封印的宝器的事……
在神秘少女雅莉亚的带领下，珠纪和守护五家被“逻各斯”解开了第一封印。然而静纪却若无其事的，只是催促珠纪早点觉醒成为玉依姬，珠纪也为了自己不觉醒而感到烦恼……
为了封印，珠纪和拓磨、真弘、佑一、卓、慎司等守护五家的人，和雅莉亚他们订下了决战的约定。在美鹤的手工料理的鼓励下，大家又重新下定决心。而逻各斯与守护五家也终于要展开全面对决了……
在与逻各斯对决之后，守护五家的人全都非常沮丧，珠纪想要鼓励他们，但却遭受到拒绝说：你根本什么都不懂。守护五家背负着非比寻常的宿命，珠纪觉得与他们有一道鸿沟……
芦屋正隆前来造访宇贺谷家。芦屋自称是政府机构典药寮的人，并说现在事态紧急，希望能够协助他们。卓他们猜不透芦屋的意图，觉得他很可疑，但静纪将此事交由珠纪决定。珠纪决定接受芦屋的建议，真弘因此而震怒，说：“我们真的没用吗？”
居住在封印之森的神明们突然暴动。受到“鬼斩丸”封印变弱的影响，神明们不断沦落为妖怪。睽违千年之后，森林再度产生异变，让山神也觉醒，引发愤怒的风暴。拓磨等人希望能平息山神的愤怒，但是……
珠纪他们封印“鬼斩丸”的宝器陆续被逻各斯夺走。为了更加严密守护掌控鬼斩丸之封印的玉依姬——珠纪，守护五家的人，住进宇贺谷家与珠纪寝食与共。
虽然情况依然很糟，但在共同生活中，珠纪跟大家的感情变好了。因为玉依姬的力量，她幻视的力量觉醒了，虽然只有些微的感受，但觉得自己即将觉醒的珠纪，在众人的面前宣告，自己将会觉醒并守护他们。这时候，珠纪在体内隐藏的玉依姬之力的引导下……
珠纪等人终于知道他们为什么会在宇贺谷家共同生活。而珠纪他们同时也感受到气息，发现有人在攻击剩下来的封印。守护五家分头迎击前来抢夺宝器的逻各斯。鬼斩丸所引起的战争，终于进入最终的局面……
所有的封印都被解开，鬼斩丸终于现身。被鬼斩丸所发出的力量击中，拓磨体内的鬼也苏醒了，他愤怒着与艾因激战。真弘、佑一、卓、慎司也分别和逻各斯的人对抗。
珠纪回到平静的日子，回顾以往。然而，不安的预兆迫近。
珠纪到学校上课，整个校园都在谈论有关神隐的传闻。慎司为自身所背负的沉重秘密所苦，一个人前去与雅莉亚会面。而一直很烦恼的卓……
卓的背叛，让珠纪等人十分震惊。慎司为了与逻各斯的人会面，而在森林里奔走。珠纪与佑一在雾影弥漫的森林里，找到了逻各斯的潜藏之处，并试着潜入其中，但是……
发现慎司与逻各斯私通，守护五家各自怀抱着自己的想法，不再团结一致。珠纪他们在神明们喧闹不安的森林深处，再度遇到原以为已经被消灭的山神，山神告诉他们，原应被封印的鬼斩丸已觉醒……
为了夺取鬼斩丸，卓和德莱、兹拜出现在神社附近。真弘等人与他们对峙，卓发动攻击，他们犹豫着该不该反击。自己体内的鬼觉醒，拓磨深受折磨，婆婆也解除了他守护者的使命。慎司因为无人理解自己的心意而感到沮丧，此时美鹤……
卓在逻各斯当中，执行自己的秘密计划。慎司与真弘彼此的想法互相冲突。被婆婆和美鹤软禁在居室里的珠纪……
珠纪质问婆婆关于“供奉仪式”，最后终于知道神隐的真相。鬼斩丸的封印，已经到了唯有靠珠纪的力量才能完成的地步。被监禁在仓库里，渴望与拓磨见面的珠纪，梦见了曾经梦过的那个绯色的梦……
珠纪知道了自己与拓磨，在很久之前的那段因缘。拓磨响应珠纪的呼唤，二人从仪式中逃走，开始逃亡。二人被封锁在村子里，而且后有追兵，此时出现在他们面前的是……
珠纪和拓磨得到清乃他们的帮助，虽然受到鬼之力的影响，却仍是继续逃亡。真弘等人知道狗谷辽的真正身份之后，为了夺回宝器，而一同前往逻各斯的宅邸……
拓磨与艾因陷入德莱的阴谋中，二人发生剧烈冲突。真弘等人在逻各斯的宅邸会合，前去回收宝器。在剧烈的战斗中，鬼斩丸响应拓磨，最后终于……
珠纪和拓磨彼此都为了对方着想，而决定牺牲自我。在秘密的森林里，二人珍惜最后一次见面的机会……
艾因被鬼斩丸的力量所操控，在那凶刃下，婆婆被杀。而珠纪终于觉醒成为玉依姬。在聚集在她眼前的六位守护者们……
拓磨等人得到玉依姬的加持，也觉醒成为真正的守护五家的守护者。另一方面，德莱却想要将鬼斩丸的力量据为己有，他们与德莱展开最终的决战，决战的结果究竟会怎样呢……
