直作为学校的转学生，在空出院的同一天，直也到了学校报到。当晚，兰出现了，要求空把夜叫出来。空不知所措。第二天因空忘了直，直气上心头，开始讨厌空。学和义広邀请空到化学部，可是化学部部长永濑一直都不出现。后来空在回宿舍途中遇到化学部部长永濑，空开始头痛好像记起了什么东西，然后在直的面前昏倒……

祭开办“校园通”，空和直被骗COSPLAY公主和骑士（但是空的装扮好像是武士），两人因为太受欢迎以及游戏而陷入逃亡。极度惊慌中，夜出现了，接着兰也出现了。这时真一朗跟芥相遇，真一郎在门口听到兰跟夜的声音，兰和夜又不见了。第二天，祭用了空和直的COSPLAY照片，宣传“校园通”，空和直无奈……

出现了“伪校园通”，祭的收信箱里的所有求助信都被拿了，而且还完成的很好。虽然空很开心，但还是被祭拉去抓人。于是空，直，祭，市川还有羽野一起躲起来等“伪校园通”出现。结果出现了两个小孩子，青和廉。他们拿着委托品送到另一个小孩子的面前。其中一个叫“青”，跟空小时候长得很像，被市川称为“小鬼空”。于是大家携手解决风太和羽野的矛盾……

在空执行校园通任务的时候，有人发出告示要抢走空最重要的东西。其实是水都和七海扮怪盗要抢走夜最重要的兰从而逼夜出现。于是，兰把夜的存在和夜与兰的关系讲了出来，空就此得知自己体内的夜存在。虽然两人已经不讨厌对方了，两人还一直显出讨厌对方的样子……

市川在一个晚上见到一个幽灵男孩，从而在学校中传开。原来这个男孩现在在医院，灵魂出窍只为了来见空。他很喜欢空，希望可以和空交往，视直为情敌。兰妒忌，于是出现了，夜继而出现安慰。为了证明没有跟直交往，空答应与他约会（直疑似吃醋了）。这时，男孩敌视直对直很凶，空很生气对男孩发火了，男孩伤心的离开了。空觉得自己太过分了，对男孩道歉，男孩说没关系，最后男孩在将要吻到空时消失了……

情人节到来，“校园通”又开始干活。于是，空、直、青、风太、廉COSPLAY成天使，为学员们送巧克力。两人发现七海的巧克力，为了哥哥的幸福，空跟直便冒充水都的名义送巧克力，后又制造气氛让两人独处（超搞笑）。结果弄得一团糟。但还是很不错的收获。当晚夜又出来了，兰继而出现……

祭受到委托，命令空还有直参加划龙舟。直不通水性，使之无奈之下只有空参加。害得空加倍的“工作”，直过意不去，于是每晚外出。空担心，后发现原来是为了学游泳。不小心在泳池溺水，夜出现，其实直在小时候因溺过水而受到刺激，一直排斥水。永濑出现在直的面前，似乎在计划着一个阴谋……

晚上夜又出现了。空害怕身体就这样终有一天会被夜完全占据。于是找七海帮忙。突然在水都家里出现的奏司把空和直带走，二人喝茶后晕倒，再醒来的时候，空和直发现自己在一个陌生地（其实是医院）。夜出现，找兰。继而绫濑，香野，水都出现，说明实况，原来是虚惊一场。晚上直睡不着，找空…

直突然不理空了，空很奇怪，放学后在寝室空质问直，直对空态度很冷淡，空很郁闷。直要求换房间，换到了学的房间。晚上兰来找睡不着的空，夜问兰直的事情，兰没有回答。芥让学告诉直晚上要和芥见面。晚上直和芥见面，学在树后偷听，原来空和直是芥父亲的实验品，学因为喜欢芥所以跑出来质问。空和直因为祭的好心和好了，两人经过空跳楼的地方，空说想找回记忆，两人一起去了那栋楼……

在大楼里，直给空讲述了两人小时候的事，原来两个人都有两个人格是因为芥父亲的实验。小时候空和直被真一郎和七海救出研究所，空被救走，而直因摔倒被留了下来，而后空因夜的关系忘记了一切。学被一真郎和祭所救，告诉两人芥要和直要对空不利，两人很担心，便去找空。然后直不见了。学和祭质问七海，七海告诉两人真相。真一郎在公寓里找到直，空被操纵……

直说出真相，原来直怨恨的不只是真一郎，更是当初逃跑途中甩开自己的手的空，空听到直的话后终于想起当年自己遗弃直的一幕。直让面临崩溃的空杀掉真一郎，不料真一郎却自己向空手中的刀走过去，赶到公寓的七海和祭把受伤的真一郎以及空送到医院，醒来的空看见陷入昏迷的真一郎后跑了出去。芥和直回到研究所，芥父亲却告诉直因为空和直的程度不同，所以才选择空作为计划的实验者……

芥父亲告诉直，其实当初空是因为芥父亲对他的人格操纵才推开了直，直伤心欲绝。芥的父亲把空叫到研究所，空为了直的安全去了。救直的时候芥父亲的出现使空出现了动摇，直阻止了芥父亲，芥也被空关于学的言论所触动，空直两人打算一起逃出起火的研究所时，又重现了当年的一幕，这次空并没有放开直的手，带走了直，两人顺利离开。

收拾好心情的大家去温泉旅馆旅行。到了旅店后，校园通三人组却因任务而穿着可爱的动物服装进行打工，进而展开一系列有趣的事件。在迷雾温泉里，小校园通变大，大校园通变小，经过一翻纠结后又回到本来的面貌。在这旅馆，真一郎和七海幸福地泡温泉，芥和学也终于走到了一起。