Mission-E是CODE-E的续集，时间设置在最后一个事件发生于CODE-E的五年后。而主角换成和千波美已起在OZ工作的君冢 麻织。OZ是一个与TYPE-E能力者有好的组织。“Foundation”是与OZ对立的组织，主要是负责隔离病控制TYPE-E能力者。