2150年6月25日。在残存人类极少的生存圈，夏威夷岛遭到菲斯特姆的袭击。新联合国下达交战规定Alpha命令，将岛连同生存者一起烧尽。在爆炸中心附近，纳雷因将军发现了一名少女，她被一个菲斯特姆保护着。在那一年后，龙宫岛度过着与以前并无二致的和平日子。在与来主操的对话之后，岛再次从世界中消失了身影，一骑等人也走下法芙娜，将后辈广登等人作为防卫的重点。但，随着一架输送机造访岛上，他们再度被卷入战争……！

为了救援被菲斯特姆追赶的人类军输送机，法芙娜准备出击。这是时隔两年的战争。但广登等人并不对此感到兴奋，面带笑容地乘上了法芙娜。敌人是人面狮身型，法芙娜则有广登、里奈、晖、芹、以及真矢的五台机体。法芙娜部队在战斗中逐渐取得优势，但累积了经验的敌人学得了新的战斗方法，并将其运用出来。战况也在不久后就从优势转为劣势，岛上的驾驶员们也因为敌人前所未见的战法而困惑。此时，意想不到的增援与他们会合，并开始援护广登等人……

抵达龙宫岛的光弘等人类军驾驶员造访了品茶“乐园”。一边狂欢一边品尝一骑的咖喱的比利、意识到一骑的艾、以及慎重地在一旁观察的光弘。真矢以复杂的表情注视着他们。与艾梅莉面对面的美羽也在梦中“说话”了，利用除了她们两人以外无人知晓的特殊方法……母亲弓子对女儿异常的样子感到不安。另一方面，带着艾梅莉到岛上的纳雷因将军所带来的情报令史彦感到惊讶。可能让世界的力量平衡发生变化的恐怖事态正在逼近……

新的三名驾驶员被选拔出来。御门零央、镝木彗、水镜美三香。他们是一骑他们的后辈，龙宫岛学园中等部三年级的少年少女们。他们接受了比广登的世代更加高度的基因操作，各自拥有特异的能力。羽佐间容子和卡农为三人准备了新的机体。然而美三香他们却开始抱怨对颜色和名字感到不满意……！？与此同时，史彦和千鹤回转于各个家庭，传达让孩子们乘坐法芙娜的决定。虽然对于孩子们要在前线战斗的现实有所觉悟，但仍有不接受的人存在。

被称为阿萨谢尔型的巨大菲斯特姆开始对龙宫岛发动攻击。名为Walker的菲斯特姆自从艾梅莉他们来到岛上之后就一直在监视。Walker在护盾上开了洞，将多数的人面狮身型菲斯特姆送了进去。Mark Neun和Mark Zehn，还有初次上阵的彗、零央、美三香总共五台机体前去迎击。总士命令他们担任地上部队的后援，但彗却提出反对，并要求变更作战。面对新人驾驶员出乎意料的反应，总士会……？

美羽加入的龙宫岛派遣部队到达了Esperanto的据点印度斯利那加基地。高耸入云的巨大结晶树·世界树矗立在那里，它就是Esperanto所崇拜的Mir。美羽想要尽快与Mir对话而向艾梅莉恳求，但……另一方面，在龙宫岛，成长了的乙姬终于醒了过来。但，与为诞生感到喜悦的芹相反，她冷冷地说道“不要叫我乙姬”，还命令总士唤回史彦和一骑。如此一来美羽以及离开岛的众人将会发生大事……

龙宫岛派遣部队驻留的斯利那加遭到了菲斯特姆的袭击。不只是从防卫圈外，在市内也突然出现了菲斯特姆，让人们四处逃窜。真矢跑到弓子和美羽所在之处，但他看到美羽的样子而不禁哑然。在数小时前，龙宫岛也遭到了复数的菲斯特姆的袭击。留在岛上的法芙娜部队成为防守一方迎战危机，然而此时却出现了如同呼应这一状况般的变化。另一方面，一骑和总士也为了迎击来临的危机而准备出击。这是若非两人一起就无法达成的危险挑战……

龙宫岛的驾驶员对于预料之外的苦战以及突然萌发的新生力量感到困惑。面对死亡的彗感到胆怯，零央也由于在剑的对决中落败而让悔恨渗透心中。芹则对于自己还活着这件事本身感到疑惑。守望着战斗的皆城织姬向千鹤询问其性命将在何时结束。千鹤告诉了她事实，织姬对于她的回答表示感谢。阿尔维斯的众人开始讨论让救援队尽快抵达斯利那加的最佳策略。但，那却是让所有人哑口无言的方法。然而卡农判断“如果是那两人的话就会如此选择”，准备前去救援派遣部队。

受到阿萨谢尔型的袭击，斯利那加濒临毁灭的边缘。艾梅莉等Esperanto为守护世界树而构筑精神防壁，但却反被菲斯特姆侵蚀心灵而痛苦不堪。另一方面，美羽等龙宫岛派遣部队尝试自空路逃离，但由于大群菲斯特姆的阻挠，甚至连飞起来都做不到。光弘率领的珀耳修斯中队收到与真壁交换的命令，但仍然为了实现守护美羽等人的约定而派出少数防卫力前去救援派遣部队，然而……？此时，临近斯利那加的人类军基地，正在商讨某个作战计划。

Sein和Nicht为了排除袭击世界树的阿萨谢尔型而奔走。去掉限制发挥出Sein无限力量的一骑，以及自由操纵号称无法控制的Nicht的总士。面对那压倒性的力量，光弘等人类军士兵自不必说，连广登等龙宫岛驾驶员也为之沸腾。阿萨谢尔型从两人身上感觉到与其他法芙娜明显不同的力量，并放出了新的攻击……！？对于美羽想要守护大家的愿望，一骑和总士将如何回应……？两人的战斗移至新的次元。

留在龙宫岛的彗等法芙娜驾驶员完美地担当着职责。在之前的战斗中出现的现象·SDP，似乎会令法芙娜的性能飞跃性上升，对于驾驶员也会产生好的影响。一切看似正顺利进行，但大人们对于这一异变感到不安，为了解明这种现象开始采取各种对策。此时，寄住在芹家的织姬，展现出与在阿尔维斯时完全不同的意外一面……！？

包括彗在内的岛上驾驶员全员都出现了未知现象。很明显这是法芙娜新的核心产生的影响，但千鹤等阿尔维斯医疗队不要说是治疗方法，就连这是否是关乎性命的状况都无法分辨。织姬对于此事似乎知道些什么，然而……？此时，斯利那加的人们正在向下一个营地顺利地移动。司令部决定以喜马拉雅山脉边缘的废墟为下一个宿营地，并派出空战型法芙娜前去侦察。与部队会合的真矢在那里见到的是……！？

偏离了行军路线的移动部队遭到菲斯特姆的袭击。一骑和总士以外的真矢等法芙娜部队迅速赶来，一骑主张自己也需驾驶Sein和Nicht出击。但总士对其意见表示反对，并对于这一事态本身表现出疑问。另一方面，龙宫岛也遭到阿萨谢尔型所率领的菲斯特姆袭击。此次阿萨谢尔型的攻击似乎是有着某种目的。面对这一紧急事态，阿尔维斯司令部导入了还在开发途中的新系统……！

人类最高的世界语“日野美羽”，从宇宙飞来的第4的快餐“牛郎星”。他们的对话必要米尔的碎片“世界树阿苏卡”再次为了娜娜扎根，雷因世界语和难民率领，新天地为目标。首先，雷雷们朝向的是，斯利那加附近的人类军基地达卡。一骑们竜宫岛派遣部队也纳雷因的要求，他们同行。不过，下次的露营好容易走到了这一行人等候的，视野被剥夺的那样的暴风和沙尘，然后埋伏着似的敌人的大群出现了。

基地还有一点的地点突袭受到攻击的纳雷因一行人，出乎预料的事态惊慌失措，撤退费事。ミツヒロ早已经发生了什么不见，英仙座中队和龙宫岛战神退却命令。布理塔ゲード控制是金刚砂，战场上的样子察觉，敌人发送信息而祈祷。但是，敌人是那个间隙，并且哪里都没有的作战计划付诸实施的。另一方面，前的露营附近剩的一骑和总士，アザゼル型和接触。强大的敌人，马克赞和体技术人类的2只是身体挑战。

纳雷因们难民一行的现状及今后的方针为了报告，竜宫岛向高速飞机起飞了。那机舱内的战斗中受伤的工作人员也有。另一方面，在竜宫岛放肆自己的超次元现象（SDP）和战斗的场面。ドライツェン的驾驶舱坐度地看，不可思议的画面。她关于这个内容七场上层部上诉的，也史彦其真伪判断材料没有……另外，一部分的七场职员中，第二次L计划的说法开始听到。

ドライツェン的驾驶舱，卡农是独自战斗的场面。一瞬间，かいま见了未来的希望。所有的改变命运，或许那微弱的希望，为了抓住卡农fafuna地乘坐。容子是女儿打算做什么的不知道，但卡农追问……同样的时候，彗的父亲・充电，儿子的SDP，前几天，在玄关捡到的女儿·早苗的护身符的关系性发现，彗询问此事。护身符的内容看了的母亲·香奈恵大哭，是那样的母亲的样子。彗是……

为了从人类军逃脱，纳雷一行人以人的不住的区域为目标。那里是无数的fesutumu栖息在这里荒野。现在的他们来说，人类fesutumu更可怕的存在。在侦察的真矢和蓼蓝，发现了这个地方和有地方的地方。为了现状确认，所以，把通讯电线放在现状的装置上……那个时候，七场2个数据送到。这是完全内容的不同的报告书，但是，那个全部的一个事情。

人类引发的事件，给了夏令营的人们带来了强烈的打击。谁都会受到伤害、拯救，在心中的真心话……竜宫岛还不能就这样了，航行。岛的生态等也有严重的影响，紧急逃出这里的事。七场fafuna的SDP使用打破现状的打算……并且，使飞行员们的同化现象，也在对同化抑制的治疗也变得越来越严重……

终于被实行了的逃出作战。但是，开始早早的，作战的状况迎来了危机的状况。七场本体捉住了巨大的fesutumu的牙越来越深深刺入，第1韦尔·屏蔽消灭。现在已经到达了第二韦尔・盾的。织姬在那疼痛沉默着……织姬的样子的史彦秘密准备了下一个计划移行决意。织女是史彦的那个决定否定也肯定也不注视。那样的中，剣司和彗是两人同时不可能的东西看了……

纳雷们一行人走到了更进一步的野营。那里是一个陆地的大半是在战斗中失去的城市。在海上设营的他们，为了去捕鱼，补给物资，一个短暂的休息。真矢今天羽佐间翔子的生日。想起海花献逃避。第二天是一个骑的生日。和翔的生日和一天的生日是一天的，当时的真矢感觉有一个不可思议的缘分……同样的时候，新联合国上层正因为下次一定要去，为了敲Rain们，所以命令秘密开发的东西的使用。

竜宫岛接触的成功的纳雷因们。但是，敌人阻挡在那里。fesutumu的大群和人类军包围，混乱的纳雷因。但是，总士确信援军的到来。赶到了岛的法芙娜部队，决不是人不战斗这样史彦的信念守护，人类军的战斗避开的。但是，岛的法芙娜捕获任务，作为阿尔戈斯小队他们逼近。剣司派遣部队参加了fafuna辙叉吧，标志ジーベン和マークツェン寻找

新的联合国俘虏，被拿走的七场上层，东西交交涉的材料，他们的要求归还。新联合国也能够得到，讨论的场合。那个时候，海丝特·ギャロップ新联合国独自开发的法芙娜的实验报告。她的脑海里，年轻的自己——新联合国成立时的她——开始复苏。对明星有着明星的信念，有守护的世界存在的……并且，那个谈判剧的背面，新的联合国的一部分的军人有企业暖的心中竜宫岛接触安排……

世界语们决定寻找迁入地七场上层。那个地方已经在敌人的手上掉了的可能性，不过，碳化硅们在那里。七场是尊重她们的意见，如果那里被敌人占领的情况，其夺回为止力量打算借给了。定居点搜索和平行，龙宫岛堡的零fafuna的改良，推进了。零fafuna的操纵席上坐着的是，第二次苍穹作战的时候一样，里奈和晖的姐弟。他们的SDP和零法芙娜的力量好产生相乘效果被考虑……

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新的苍穹作战。它破坏宇宙空间站的MEAL的碎片，并与敌人的联合作战。fafuna部队对于敌人总攻击，另一方面，史彦人互相杀不可以解决，推动了。那奇策的人类军很吃惊。难民迁入了岛上，世界语们世界树阿苏卡再次让生根了。那个样子，美羽和碳化硅守护着那个样子。但是，在那里没有想到的现实在等着……