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1945年秋天,扶桑的魔女宫藤芳佳来到赫尔维希亚。在第501统合战斗航空团再集结的期间,在医学院进行短期留学。 非常努力地学习的宫藤,忙到完全没自己的时间。 某日,认识了一位新的朋友,名叫阿尔特娅的少女,来到图书馆找到正在读书的她。 “芳佳小姐,您有客人喔。” 就这样通知她的阿尔特娅背后站立的,是位宫藤非常熟悉的人。
知道低地国的安特卫普有异变发生,而飞往现地的宫藤。 在那她看到了巨大的涅洛伊,即将逼近城市。应该是恢复和平的土地,却出现了涅洛伊,受到如此冲击的宫藤,决定要守护百姓,执意一人面对迎战。“不可以去啊!” 面对周遭要塞和战列舰的攻击依然前进的强力涅洛伊,到底她能不能打倒它呢?
新加入第501统合战斗航空团的服部静夏。个性认真的她,却一直紧张出差错,弄到自己快没自信了。 而在内心支持她的人,就是站在旁边让她憧憬不已的宫藤芳佳。“我要和宫藤一起飞!从今以后也要一直和宫藤在501!”但是在莉涅和贝鲁尼他们的训练当中,宫藤的身体却发生了意想不到的事。
在涅洛伊没出现,且安详平静的某日午后。格纳库内读着新闻的夏莉,突然大叫“被打败了!”。原来是夏莉所保持数年的摩托车最高速纪录,被人超越了。 想要再次刷新纪录的夏莉,从车库内把爱车拖引出来。“最高速的纪录人一定是我”“我也来帮忙吧!”
佩琳和宫藤们受尼德兰女王邀请,前往她所居住的德哈尔城堡。 在那佩琳一行人从女王那接受请求,要将梦幻的蓝色郁金香“尼德兰女王”培育开花。 由于花朵含蕴着女王的愿望,佩琳直接响应“请务必让我们来做!”
为了搜查进军柏林的路线,侦察任务派出巴克霍隆和哈特曼前往。 南风作战计划重新开启,而显得有点兴奋的巴克霍隆,不知在前面等待她们出现的是新型涅洛伊,进而双方进入激战状态。
为了找寻能让宫藤恢复魔法力的药草,莉涅起身往森林去。她在一个小祠洞内发现了一个箱子,并将它带回,却发现里面放了个体型奇怪的土偶。结果好奇心甚强的鲁基尼对这土偶充满兴趣,在它的胸部擦了擦,双眼发出诡异的光线,发生了她意想不到的事。“我要揉啊揉~!”就这样异常的她,开始了一场连想都没想过会发生这样的悲剧。
巡逻任务中的桑妮亚和埃拉遭遇到的涅洛伊,从雾中窜出有着隐身的能力。因为这种涅洛伊,让下一个战略目标基尔军港被浓雾给包围住,造成夺回柏林作战进展的障碍。桑妮亚对此事态提出使用自己的索敌能力来应战,并找出涅洛伊的方案成立。“绝对会成功的,明娜中校”她便和埃拉、宫藤、服部一起,往浓雾的方向前进。
以基尔军港为基地,开始进行柏林夺回作战计划。但却察觉到占领柏林上空有涅洛伊的巢穴“狼”,并有强大的火箭型涅洛伊攻击前来。现阶段的强袭魔女们还无法提出有效对策,去对付超高速飞行且超越音速的涅洛伊,明娜一行人因此失望落寞。这时,乌苏拉出现了说“我带来新设备了”。
“柏林夺回作战”终於开始了。B17轰炸部队和直接进攻“狼穴”的第501部队,因B17轰炸机开始投下抗涅洛伊气爆弹后,“狼穴”的云层进而散开,终于出现了真身。“501部队请准备下降!”因B17轰炸机的出击,而让宫藤一行人逼近“狼穴”的真身,但此时却出现新型态的涅洛伊。
宫腾芳佳消耗了魔力拯救了基尔之后,军方对她需要十天才能参加战斗而感到不满,魔女们希望可以推迟十天再开始作战,这样宫腾就能以万全的状态参与战斗。但是柏林作战是多方联合作战,并不是她们一方就可以推迟原定的计划。
柏林作战全面展开,各地的魔女都在努力的完成各队的目标,但502部队正在面对正面主力部队陷入苦战,如今501部队正在通过柏林的地下通道,尝试侵入园顶内测,因为克莉丝对地铁很有兴趣,所以详细了解过地铁的线路,这时服部的飞行脚似乎粗线了鼓掌。