某天，A-TEC准备迎来新的伙伴。但此时却发生了转学生在前往火星的途中遭到诱拐的事件。判断只能凭借自己这些人来渡过难关的室长濑良海斗，和A-TEC成员们一同展开前所未闻的救援作战。但，终于现身的转学生·雾羽渚的真实身份竟然是自己的上司。渚宣告若是A-TEC再继续维持高成本的累赘部门的话，就要进行裁员，并将部门解散。

迟到的转学生·雾羽渚。冠名为创业者一族的这个男人，刚刚就任为先行技术开发部部长，就对A-TEC众人宣告裁员。在他对动摇的学生们的蔑视之下，A-TEC立刻就被临时停业。此时，电视上播放了有关A-TEC的纪录片节目。走投无路的濑良海斗，被自己也有出演的纪录节目中自己的话语所激励，为了升起反击的狼烟而前往渚的办公室。

渚的哥哥专务董事雾羽雄二宣告要削减A-TEC的预算。对于雄二的行动感到可疑的渚，将身为自己亲信的经理专家安琪莉娜叫来了。她那彻底的财务管理进一步将A-TEC逼入绝境——。但，那同时也是A-TEC财务改善的延命措施。渚真正的目的究竟是？之后，失去容身之地的A-TEC成员一个接一个地从海斗身边离开了。

没有工厂，没有钱，没有同伴——。海斗带领的A-TEC完全走到了绝路。但此时雾科公司的工会向海斗伸出了援手。海斗向工会恳求从经营人员手中守护A-TEC，工会也约定进行全面协助。但，瑞季对于渚对自己的忠告“工会并非如你们想象那般纯洁正直”这句话感到耿耿于怀。

A-TEC出发前去修学旅行，渚和安琪丽娜也一同前往。A-TEC众人尽情享受了大海以及温泉，得到暂时的休息。但此时却发生了麻烦，渚的平板电脑坏掉了。而且渚有着非得在今天之内完成不可的业务……。为了将渚从绝境中拯救出来而挺身而出的人竟然是伊莉丝。伊莉丝开着轻型卡车，带着渚前往邻镇的办事处。

雾科学园的定期测试开始了。但面对A-TEC专门领域的测试，至今为止一直专注于商务的渚陷入了始料未及的苦战。对此看不下去的瑞季，以让渚说出自己的过去为交换条件，主动担任他的教师。两人在夜晚的教室留下学习。但，在听到渚所言及的自己的过去时，瑞季不禁失语。

A-TEC的学生们进行了旨在提升性能及降低成本的学习会。替代损毁的X-2的新型试作机X-3的开发，也在低预算之下想方设法进行筹资。此时，伊莉丝为了接受测试飞行员的授课，和带队的花子两人一起出差。但，错过回程航班的两人，在偶然乘上的雾科社用机内被卷入了麻烦当中。

雾科科学技术学园文化节的季节也到来了。A-TEC今年也将参展著名的“火箭飞行展”，全班出动过着努力准备的日子。另一方面，社会上解散总选举正在接近，风筝也请求工会合作的时候有相连的大宇宙党的村上sadayuki议员被委托进行声援演说。

无论如何也要击溃大宇宙党的村上议员就这样，他接受了由智的命令，违背了和水树的学园祭的约定，蛹走向的前方是一家日式酒家。并且，在那里出现的是意外的人物—。一周后，终于到了选举公示日的前一天。大宇宙党村上的动向至今没有大的变化，焦急的裕次。可是，在那里从蛹打来了一个电话—。

选举战已经过去，雾科市迎来了新的一年。A-TEC，一个月后迫近了的报告会的发表，踏踏实实地推进准备。其中，蚯蚓不睡觉不吃饭，埋头于调整工作。另一方面，蛹被认可为迄今为止的功绩，晋升为常务。并且参加了董事会的蛹开始了某行动。

从试飞失败开始，伊莉斯总算恢复了意识。可是，完成的火箭成为废料一样的状况—。另一方面，风筝与作为恩师的杰逊·李再会。李现在，作为雾科的职员致力于某研究开发。并且，在那里风筝被听雾羽kazuhisa抱有的野心

和花子联络的最后不知去向的蛹。A-TEC的各位从花子那里得知了蛹的危机，开始进行搜索。另一方面，风筝发现蛹记载了的某资料—。

A-TEC团结应对的救援作战空虚，装载被绑架了的蛹的火箭无情也发射了—。并且不能取回蛹，决定A-TEC的存续的最后的发表的时间也一点一刻也接近着。在绝望的情况下，水树采取了某个作战。