万事屋再次卷入麻烦的事件中，除了银时、新八、神乐三人外，其余的人和一切事物都被停止了，世界陷入一片死寂。而这一切都是银时捡到的外星时钟所引起的，只有修好时钟世界才能恢复秩序。万事屋三人找到源外老头子家，银时想出了拨动时针跳跃到未来的方法，这样时钟就能被修好了，然而这个方法能奏效吗？

银时等人发现世界时间停止竟是因为“三千世界时钟”没电了，于是他们三人尝试换块电池，却发现这种特殊的电池似乎不是地球上的东西。为了寻找备用电池，银时等人拿着时钟赶往事发现场，然而电池被静止的土方紧握着，根本无法取出。万事屋成员能顺利将电池弄到手吗？世界危机又能否解除？

真选组的山崎对万事屋进行全方位的监视，然而日复一日的光景让山崎感到了厌烦，就在他万念俱灰之时，机器女仆小玉的出现让他眼前一亮。山崎无法自拔地迷上了小玉，甚至发展到成了跟踪狂的地步。得知此事的总悟向银时提出让山崎和小玉相亲，于是剑拔弩张的相亲大会开始了。

月咏给不擅长历史的晴太补课，然而月咏炼狱般的教育方式同样漏洞百出。晴太以兼职费为诱饵，向银时请教学习历史的正确方法。银时瞎扯一气，却反倒引起了晴太对历史的兴趣。新八的朋友高屋八兵卫委托新八保管《粗包女王》全集，为了保护少年们的梦想不被阿妙破灭，银时全力相助。

万事屋莫名其妙多了一面镜子，而这面镜子是小猿为了偷窥银时特意准备的。小猿藏在镜子后的暗门里，满心期待着银时的到来，却意外看到了不得了的东西。山崎在真选组屯所听到别人对自己的评价后考虑跳槽，这时他看到了伊贺忍者服部全藏拿着的忍者执照，于是便产生了考取忍者执照的想法。

银时受邀参加攘夷志士同学会，见到了攘夷战争时代一起战斗过的桂和坂本，回忆的花朵开始绽放。没想到这次同学会的主办者既不是桂也不是坂本，而是名为“梦幻第五人”的黑子野太助，然而他们三人都无法想起关于黑子野的事。在回忆起黑子野之前，同学会能否平安无事地进行下去呢？

以高杉的来信为契机，引发了银时三人关于黑子野的回忆。时间追溯到攘夷战争时代，与幕军战斗疲惫的银时等人在废寺进行短暂的休息。为了缓解战场上的紧张氛围，黑子野提议与银时四人玩踢罐子，自己则作为鬼开始倒数。就在此时，银时等人遭遇敌袭，银时和高杉将大本营完全炸毁，而黑子野则不知去向生死不明……

土方被常去的香烟店老板娘蛊惑，接受了保管遗失彩票的任务。原本对彩票毫无兴趣的土方，在发现彩票中了3亿日元后，完全抛弃了身为武士的梦想。当土方打算去银行兑奖时，他发现世界变得如同世纪末一般荒废，而行人们全都以莫西干头出现，并将彩票作为目标进行抢夺，3亿日元带来的噩梦究竟何时结束……

银时发现万事屋委托减少的原因是宣传不足，于是便和新八、神乐商议制作万事屋的宣传海报。然而他们设计出来的海报充满了各种似曾相识的场景，那究竟是什么样的海报呢？歌舞伎街居委会聚集着四天王的代理成员们，为了提升歌舞伎街的形象，阿妙提议为歌舞伎街设计吉祥物……

某天，九兵卫在街上被一名占卜师搭讪，占卜师对九兵卫提出了“全身心男性大体验”。占卜师的建议让九兵卫感到恼怒，就在此时，整个歌舞伎街被刺眼的光芒包围。等光芒散去时，九兵卫发现自己真的成了男人，而银时竟变成了软乎乎的妹子。惊愕中的两人这才发现，歌舞伎街所有人的性别都被颠倒了……

歌舞伎街全体男女逆转，罪魁祸首则是被全宇宙通缉的宗教团体“凹凸教”。凹凸教威胁政府将其视为国教，歌舞伎街完全在他们的监视之下。想要打破现状的银子等人决定采取行动，黑掉歌舞伎街的监控系统。为了证明各自的魅力，银子和十子开始搭讪大比拼，而他们遇到的神秘的帅哥二人组竟然是……

在十兵卫等人的突袭下，凹凸教成员大活跃的事件终于解决了，然而深入凹凸教地下据点的他们却错失了变回原样的机会。除了银子他们，歌舞伎街的人都恢复了性别。大家回归往日的生活，而无法恢复原本性别的银子等人踏上了各自全新的人生道路。十兵卫陷入了对同伴的罪恶感中，十兵卫的命运将会如何？

晴太开始去寺子屋上课了，但他似乎不能与其他的孩子正常交往，而其中的缘由竟然是母亲日轮做的超豪华便当。月咏看穿了晴太的心思，于是向日轮建议做普通的便当就好。日轮将做便当的任务交给了月咏，在一旁偷听的晴太心里忐忑不已。隔天，晴太打开便当盒，里面的忍者便当会有怎样的惊喜呢？

歌舞伎街相继发生以醉汉为目标的试刀杀人事件，受害者尸体的脖子仅剩一点皮连着，因此大家传说是死神斩杀了他们。深夜，喝醉酒的银时独自一人走在路上，此时死神出现，并请求银时为她介错。另一方面，真选组为了调查杀人狂的下落，与朝廷御试御用人池田夜右卫门进行了合作，试刀杀人者与死神的关系究竟是……

死神的真相是名为池田朝右卫门的斩首一族的少女，她犯下了谋反杀害先代家主的大罪。银时十年前本该被斩首示众，却被池田家放跑。银时等人受现任当主池田夜右卫门的委托，保护朝右卫门。正当池田家准备逃跑所用的船时，冲田和土方突然出现，随后冲田说出了这次事件的真相……

朝右卫门将刀挥向夜右卫门，但夜右卫门的强大实力使她陷入苦战。银时加入战斗，却被一桥家的家臣用枪打伤。在银时与朝右卫门都处于劣势的僵持状况下，夜右卫门说出了银时的罪状，银时和上代当家竟然是杀害朝右卫门生父的罪人。面对杀父之仇，朝右卫门究竟会如何选择？

某个夏日的安静夜晚，公园内两名少女正热烈讨论着暑假的话题，某位少女不经意间说出了“暑假就这样永远不要结束”的话。这个瞬间，少女二人的背后出现了恐怖的身影。MADAO化身“暑假终结者”，四处讲述暑假的恐怖之处。渐渐街头巷尾流传起MADAO是“鬼故事叔叔”的传闻，银时等人会从MADAO那里听到怎样的故事呢？

登势小吃店的生意异常火爆，客人们都是来找看板娘小玉忏悔的。看到如此情景的银时，建立了“机械娘忏悔室”，想利用小玉来赚钱。刚一开店，就来了一位抱怨上司的男性和一位同样抱怨上司的女性。听着客人们的忏悔，银时丝毫没有察觉到其中的异常，直到他看到了某个自己特别熟悉的下巴……

桂将失忆的将军“小将”带回攘夷志士的大本营，一起共计崩国大计，银时则成了杀害将军的嫌疑人而遭到逮捕。为了让小将成为攘夷志士的璀璨巨星，桂决定把长年积累的“帝王学”传授与他。两人展开领导者之战，信心满满的桂屡遭打击，就连伊丽莎白也开始嫌弃他了，桂能否守护自己最后的尊严呢？

近藤邀请阿妙参加庙会，却遭到残忍拒绝。愤怒的近藤来到庙会，对着秀恩爱的情侣们乱撒气，简直比小强还要烦人。为了维护真选组的形象，总悟给近藤戴上了蟑螂的面具，将他变成了“假面蟑螂头”。没想到失意的“假面蟑螂头”在庙会上遇到了阿妙，在隐瞒身份的情况下，两人会擦出爱情的火花吗？

夏天到了，只有越过多重障碍之后，吃到的西瓜才更美味。根据这一理论，澄夜公主找到了吃西瓜的终极方法“升级版劈西瓜”，而银时和新八则成了劈西瓜的试验品。为了避免自己的脑瓜被打成脆沙瓤，银时和新八将公主指引到完全相反的方向。意外接连发生，公主竟然被攘夷党“百驮流虎”抓走了……

银时和土方被卡车撞倒，尽管两人的身体安然无恙，但灵魂却被撞出了窍，阴差阳错地进入了对方的身体。为了寻找切实可行的复原方法，土方扮演万事屋的银时，银时则扮演真选组副长土方十四郎。性格和口味完全相反的两人，开始了全新的生活。真选组变成了流氓团伙，而万事屋竟成了正义的伙伴。

在撞车事故中，由于“全自动鸡蛋酱油拌饭制造机”失误启动，导致了银时和土方灵魂互换，只有用机器两人才能复原。然而试验多次后，两人不仅没能换回身体，还造出了恐怖的黑暗料理。经研究发现，银时的一半灵魂误入了猫的尸体内，只有集齐灵魂才能复原，而拥有了银时灵魂的猫会变成什么样呢……

拥有银时另一半灵魂的死猫变成了猫怪，而阿妙竟然把猫怪当做宠物饲养。为了从阿妙手中夺回猫怪，银时和土方假意追求阿妙。就在此时，新八突然冲了出来，并以保护姐姐为名强行带走了阿妙，而近藤则带走了拥有银时灵魂的猫怪。原来一切都乱了套，大家的灵魂彼此交错，事态更加混乱。

坂本又开发了新商品，这次是能装进五千万的皮包。然而皮包全面滞销，坂本拿着剩下的包哄女孩子开心，对此陆奥十分火大，直接把坂本装在包里扔进了大海。陆奥与坂本的相遇，要从陆奥的奴隶船救起坂本说起。坂本看上了这艘船，并将奴隶和船一起买下。历史总是惊人的相似，这次救起坂本的会是谁呢？

为了救出被困的坂本，银时和陆奥展开行动。陆奥很快就解决了杂鱼，就在她进入船体的一瞬间，门突然关上了，迎接她的是海贼舰长。海贼舰长一直记恨着陆奥，这次就是对陆奥和坂本的复仇，目的是要他们的小命。他们三人之间有着怎样的爱恨情仇？陆奥一直追随坂本的原因究竟是？

万事屋三人组总是那一身行头，就连冬天银时也是短袖造型，光着半边膀子。阿妙看不下去了，提议大家改变造型，变身时尚达人。为了找到既能御寒又能增加时髦值的服装，三人一番尝试，他们的最终选择究竟是？新八家的恒道馆重新开张，但门下的学生全是只知道吃夏威夷果巧克力的闲人，这让新八郁闷不已。

在阿妙家的屋顶上，跟踪狂近藤队长与江湖人称“猿吉小僧”的侠盗相遇，猿吉小僧看近藤骨骼惊奇，于是决定让他继承自己的衣钵，成为猿吉小僧二代目。身为警察却被盗贼招徕，就在近藤准备说出实情时，土方带领真选组包围了他们。为了冲出突围，近藤只好与猿吉联手逃走，而这位江洋大盗的真实身份究竟是？

在真选组队员的录取考核中，有一位新人以出色的实力引起了大家的关注，名为柱阿腐郎的爆炸头小子。人称“爆炸头之狼”的真选组三番队队长齐藤终与阿腐郎较量一番后，破格将他提拔为三番队特别副官，而这位爆炸头小子的真实身份竟然是桂，桂的潜入真选组内部大作战能顺利吗？

三番队爆炸头部队凯旋，阿腐郎于歌舞伎町一举擒获三十六名攘夷浪士，如今阿腐郎成了真选组的偶像，大家都留起了爆炸头。原本以覆灭真选组为目标的阿腐郎改变策略，决定将队长爆炸狼取而代之。明天爆炸狼就要被依法处决了，他能否打破长久的沉默，夺回队长之位呢？

万事屋在史上最高气温这天执行任务，为了避暑，银时和新八都挤在神乐的遮阳伞之下。银时无意间抢走了神乐的伞，神乐被太阳晒到昏倒。在医院一番检查后，医生认为神乐长期受到太阳辐射，已经命不久矣，这可吓坏了新八和银时二人。而实际上，神乐只是热伤风而已，她决定隐瞒真相，恶整银时一把。

神乐装病事件愈演愈烈，神乐想说出真相，却找不到合适的时机。此时真选组和澄夜公主前来探病，本想着趁机苏醒的神乐被总悟一巴掌打昏过去。等她醒来后，发现自己被装在棺材里，葬礼还是举国默哀的国葬级别。原来总悟早就看穿了神乐的把戏，并打算趁机暗算神乐……为了庆祝某个重大事件，银时等人齐聚一堂，大家一起吃蛋糕玩爆衣，银魂动画史上最大长篇预告影像大公开！

马上就是漫画大赛的截稿日了。

身为铁匠的铁子去边境行星找迷之金属，临走前她拜托万事屋三人组帮忙看铺子。没一会儿店里就来了一位异世界的客人，来自勇者星的勇者吕登六。勇者为了打倒大魔王提拉米苏而踏上征途，他委托银时等人将银河神剑“宇宙”重新锻造。与此同时，大魔王提拉米苏也找到了银时他们……

澄夜公主用来沏茶的茶碗内被涂了剧毒，险些酿成毒杀将军的惨剧。敌人已经深入幕府腹地，曾经负责将军家警备的小猿重新担任起保护将军的职责。真选组要和御庭番众执行机密任务，护送将军离开江户，得知此事的万事屋三人也决定加入行动。而另一边，鬼兵队则策划着下一次袭击……

护卫假冒将军的任务还在继续，假冒将军的万事屋三人组一副大爷做派，拿着鸡毛当令箭。尽管气氛看起来很轻松，但其实众人心里都很沉重，尤其是负责带领御庭番众的小猿。全藏竟然成了暗杀将军的凶犯，高杉带领鬼兵队袭击另一队护卫将军的队伍，总悟与神威狭路相逢。

将军出现在将军暗杀部队里，原来将军一早就被某人秘密转移，而这个人正是全藏。百地联合全藏，故意制造出将军已死的假象。为了确保将军的安全，大家跟着百地来到忍者村，百地提议由她保护将军。此时鬼兵队的飞船侵入忍者村上空，高杉意图毁灭忍者村，全藏引爆飞船上的烟雾弹，忍者之战全面爆发。

全藏被鬼兵队的喽啰包围，命悬一线之时小猿出手相救，并带领御庭番众突袭鬼船。万事屋三人带着将军逃走，看着大家因自己而陷入苦难，将军自责不已，而此时他们也被突然出现的敌人围攻。小猿带着重伤的全藏逃脱，此刻的全藏早已精疲力竭。新八和将军滚落山崖，土方和近藤及时相救。

守护国家最后的王牌，银时VS高杉，神乐VS神威。高杉声称要夺走银时的一切，两人展开厮杀。神乐神威兄妹对峙，看似被动挨打的神乐用计重伤神威的右手，局势逆转。伴随着兄弟情的回忆杀，银时和高杉强强对决。几个回合之后，伤痕累累的两人重伤倒下， 究竟谁能笑到最后？

银时和高杉一边回忆着和松阳老师的过往，一边相互厮杀着，幼时的场景再次浮现。多年前的夜晚，松下私塾面临危机，桂、高杉、银时三人决心要保护这里，此时松阳老师出现，三人与松阳老师间的羁绊更加深厚。战斗还在继续，其实他们最大的仇敌并不是别人，而是他们自己。

高杉与银时挥拳相向，两人真情流露之际，突然某处的权杖从背后刺穿了高杉，局势更加混乱。 暗中操纵幕府的神秘组织“天导众”突然出现，并称得到了执掌国家的新人选，一桥派的一桥喜喜。无论是承载着高杉野心的一桥喜喜，还是承载着银时希望的德川茂茂，都已经不在了……

将军之战结束，茂茂放弃将军之位，大家也回到了日常生活中。两周过去了，重伤的高杉依旧昏迷不醒，鬼兵队也元气大伤。喜喜成为新任将军，茂茂和澄夜则前往京都寻觅东山再起之时。银时还在医院休养，尽管前路黑暗，但他依旧追寻着光芒。茂茂孤立无援，曾经的伙伴无一伸出援手，被毒针刺中的茂茂将会……

德川茂茂被人暗杀，真选组一众出席他的葬礼。组长近藤在萧条的真选组办事处约见银时，两人对饮片刻，见回组的今井带人押走了近藤，近藤临走前将传达给真选组组员的话托付给了银时。松平和近藤被判以斩首之刑，真选组自此解散，真选组的时代宣告结束，土方等人成了无家可归之人……

松平和近藤的处刑定在五日后，土方等人与银时在微笑酒馆借酒消愁，见回组的佐佐木和喜喜将军突然出现，还讽刺真选组全是丧家犬。喜喜包下了整个酒馆，接连挑衅土方，还滥杀无辜。就在土方准备出手时，银时一拳挥向了喜喜。佐佐木准备逮捕银时，假发男扮女装来救场。

桂与近藤在监狱里重逢，曾经的死对头现如今成了一起革命的战友。真选组全员与攘夷志士联手，打算里应外合救出二人，但总悟的一番话让大家产生了新的想法。近藤不愿大家背上叛国的罪名，因此并不愿配合桂。陷入迷茫的土方打开真选组的大门，真选组全员早已集合在此，等待着土方的指挥。真选组完全复活，营救计划开始。

真选组和攘夷党驾船前往关押桂和近藤的黑绳岛，不料遭遇敌袭，万事屋三人组和阿妙前来相助。原来这一切都是见回组设下的陷阱，目的是为了将残党一网打尽。监狱内，桂、近藤和松平三人也采取行动。黑绳岛早已严阵以待，攘夷党、真选组、万事屋强强联手，越狱行动能否成功？

银时使用空船计，成功骗过了敌人，他们打算从岛屿背后突袭，而出现在他们面前的是一片绝壁。新八对阿妙耍帅，誓要夺回大家的笑颜。而另一边，桂、近藤和松平正在试图与援军会合，突然出现的见回组拦住了他们的去路。攀上绝壁的银时等人遭遇箭雨，双方展开正面厮杀。

伴随着久远的回忆杀，佐佐木与真选组的恩怨纠葛彻底曝光。眼看松平就要成为刀下亡魂，真选组的救援部队终于赶到，土方与佐佐木展开厮杀。佐佐木曾保护过真选组，而代价是他的家人全部惨遭杀害，那封发给爱妻的简讯永远都无法送达了。佐佐木彻底洗白，他在用他的方式维护着这个世界。

真正的死神，天照院奈落的前代首领虚登场，众人面临新危机。信女、总悟、神乐三人在战场上化干戈为玉帛，信女还为神乐挡了一刀。虚的实力深不可测，信女等三人联手还是被秒杀。敌我双方乱成一片散沙，土方下令趁机撤退，而此时如同恶魔一般的虚拦住了众人，他的真实面貌大白于天下，竟然是……

银时等人被天照院一众包围，近藤从天照院手中救下佐佐木，佐佐木让近藤装死，成功骗过了敌人，赢回了战事的主动权。此时佐佐木和信女都身负重伤，人之将死其言也善，两人终于解开了心结。然而就在众人逃亡之际，佐佐木却为了牵制敌人坠入深渊，他心里的简讯也终于发了出去。

真选组成了策划颠覆幕府的恶逆之徒，佐佐木没能见到黎明的曙光，就消逝在黑暗之中。这场由幕府中枢发起，史无前例的叛乱，使得新政权面临巨大危机，世间的倒幕风气日渐高涨。桂建议真选组离开江户，煽动各地的造反势力并笼络之。为保护江户而选离江户，这意味着真选组要和守护至今的人们诀别了……