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E.U.联盟和布里塔利亚帝国旷日持久的战争在皇历2010年发生转机,帝国派出压倒性的兵力突袭远东日。在很短的时间内,日本这个国家不复存在,从此作为“11区”写入历史。旧日本人民流往世界各地,饱受歧视,心中满是愤懑和不甘。2017年,E.U.联军132部队向圣彼得堡挺进,但遭到帝国军队的围困,面临全军覆没的危险。联军少校蕾拉·玛露卡尔(坂本真绫 配音)将旧日本青年组成非正规军W Zero部队,并提出以这支部队营救132部队的建议。但是在最为凶险的前线,他们不过肩负着牺牲自己来营救友军的悲哀命运。惨烈的对决过后,W Zero部队的中尉日向瑛斗(入野自由 配音)成功完成任务。而战争还远远未曾结束,新的阴谋与危机浮出水面……
革命历228年,E.U.联盟联军少校蕾拉·玛露卡尔(坂本真绫 配音)和中尉阿基德(入野自由 配音)在巴黎期间化险为夷,将企图绑架吉恩·史麦拉斯将军(石冢运升 配音)的11区日本少年成濑幸也(松冈祯丞 配音)、佐山流(日野聪 配音)和香坂彩乃(日笠阳子 配音)招募到W Zero部队。在另一边的帝国内,信·修加·夏音度(松风雅也 配音)成功篡位,被封为圣米迦勒骑士团的团长,即将迎来和阿基德的宿命重逢。E.U.联盟对成濑等人充满不信任感,时刻密切监视着他们。不久,联盟决意将W Zero部队空投至帝国的腹地华沙执行死亡任务。蕾拉坚持和阿基德以及新加入的三个战士同往,等待他们的是圣米迦勒骑士团的强敌……
E.U.联盟和布里塔利亚帝国的战争仍未迎来终结的时刻,而此时双方内部则悄然发生这足以引起严重连锁反应的巨变。张扬跋扈、不可一世的朱利叶斯•金斯利(福山润 配音)在枢木朱雀(樱井孝宏 配音)的陪同下取得了前线指挥权,凌驾于布列塔尼亚帝国所有权贵重臣之上。在纷纷扰扰的权力斗争中,圣米迦勒骑士团的团长信•修加•夏音度(松风雅也 配音)躲在暗处,相机而动。对手一方,名为“方舟船队”的革命组织扬言发动恐怖袭击,从而在E.U.控制下的巴黎引发暴乱,军方的反对派势力则趁机蠢蠢欲动。此前空降到华沙的阿基德(入野自由 配音)和蕾拉•玛露卡尔(坂本真绫 配音)等人因种种原因流落街头,他们遇到了一群奇怪的老太太,从而过上了几天难得的轻松生活,彼此间似乎也多了些心灵上的交流。这是风暴前夕最后的平静时刻……
革命历228年,欧洲共和国联盟(E.U.)因布里塔尼亚军师朱利叶斯·金斯利的计策而濒临崩溃。 为阻止布里塔尼亚的进攻,阿基德等人驾驶亚历山大空降奇袭布里塔尼亚的飞行兵器,并在当中与的无人机激烈交战。一心想要为同伴约翰尼报仇的阿修雷·阿修罗早已埋伏于此,与阿基德、佐山流等发生战斗,最终因阿基德的Geass导致自己的红色knightmare被毁。当阿基德将要杀死阿修罗时,幸也、绫乃等通过脑电波阻止了阿基德。只是,在这个时候,安排在飞行兵器中的定时炸弹,也倒计时结束了…… 夏英格亲自率领的圣米迦勒骑士团,以摧枯拉朽的强大攻击力荡平城中的守备力量。另一方面,E.U.东部前线部队撤退以及内部政客自乱阵脚,致令联盟发生毁灭性的动荡。
革命历228年,冬。从属于E.U.联盟联军的W Zero部队中尉阿基德(入野自由 配音)迎来了与哥哥——布里塔利亚帝国圣米迦勒骑士团的团长信•修加•夏音度(松风雅也 配音)的决斗。成濑幸也(松冈祯丞 配音)制造的炸弹虽然摧毁了帝国1/3的战斗力,但是他们仍然面对着为数众多的对手。敌我差距悬殊,获胜希望渺茫。关键时刻,骑士团下的阿修罗队队长阿修雷・阿修罗(寺岛拓笃 配音)临阵倒戈,加入阿基德他们一方。决战前夕,阿基德剪下自己的一撮头发,交到蕾拉•玛露卡尔(坂本真绫 配音)的手中。历经战火的洗礼,他们之间的关系悄然发生着改变。希望还是绝望,前路迷茫……