在经历了和天顶星人的那场近乎导致人类灭亡的星间战争之后，幸存下来的人类和天顶星人彼此融合，开始了以种族延续为目的的银河播种计划，为寻求可居住的行星而不断在银河系中探寻新天地。 公元2059年，超长距离移民船团Macross Frontier，航行于银河系中心附近。与Frontier临近的第21移民船团Macross Galaxy上的偶像歌手雪露·诺姆为举行演唱会来到Frontier。少女兰花·李在去演唱会途中邂逅作为飞行员候补生的早乙女阿尔特，三人的不期而遇，从此彼此的命运相互牵系！ 而在此时，Frontier遭遇不明敌人的强力攻击，一次偶然的机会，早乙女阿尔特登上了一架VF-25……移民船团上的人们又将何去何从？新的Macross物语即将展开！