时臣和Archer虽到达未远河，可不论时臣如何劝说Archer都不愿再出手，这时Berserker出现攻击Archer，二人开始在空中打斗，时臣找到雁夜，当雁夜问及樱的事时，时臣的冷漠让他恼羞成怒。Caster的攻击越来越强烈，他凭借着无限再生能力的不死之身，让Saber等人陷入苦战，当龙之介被躲在暗处的舞弥杀害后，Caster也愈发疯狂。

Rider等人对这个大家伙束手无策，便决定暂时撤退，再作商议，他用“王之军势”把Caster控制在固有结界以拖延时间，而接下来的行动就交给Saber等人了，这时，切嗣打来电话提醒Lancer解开Saber左手的诅咒，解除之后Saber使用宝具誓约胜利之剑将Caster一招击毙。另一边，雁夜被时臣打成重伤，暗中观战的绮礼本想杀掉他，可想到Archer的话，又改变了主意。

肯尼斯从言峰璃正那里重新得到一枚令咒后，大肆斥责Lancer没能保护好索拉。这时，Saber驱车前来，两人决定一决雌雄，专心迎战的Lancer没注意到，在另一边切嗣正以索拉为质胁迫肯尼斯签订强制咒文，Lancer因肯尼斯消耗掉剩下的所有令咒而满怀怨恨的自杀离去，肯尼斯最终还是被舞弥射杀害。Saber对切嗣万分失望，切嗣离开后，爱丽丝菲尔突然昏倒。

言峰璃正被杀后，绮礼按照父亲留下的暗号将所有令咒转移到自己身上。另一边，爱丽丝菲尔答应了时臣发出的结盟邀请，但条件是让绮礼退出圣杯战争，绮礼虽口头答应但是他私下和Archer两人早有谋害时臣之心，在与时臣道别的晚上，绮礼用时臣送他的短刀了结了自己恩师的性命，并和Archer缔结新的契约。

切嗣曾经和父亲幸福的生活在一座小岛上，少女夏莉是父亲的助手同时也是切嗣心仪的对象。但平静的生活很快被打破，夏莉因父亲的试验而变成了食尸鬼，代行者和魔术师各怀鬼胎将这个全是食尸鬼的村庄烧毁，无助的切嗣为阻止父亲继续研究死徒，亲手弑父，之后跟随着他的救命恩人娜塔莉娅离开。

离开小岛后，切嗣和娜塔莉娅相依为命，并逐渐走上了和她相同的道路。在某次委托中，娜塔莉娅接到了暗杀驱使蜂之使魔波尔扎克的任务，她在飞机上轻松杀掉波尔扎克，原以为任务顺利完成，可没想波尔扎克竟将毒蜂装入自己体内，全飞机的人除娜塔莉娅以外都变成了食尸鬼，为了不让悲剧扩大，切嗣在飞机降落前忍痛将其轰进了大西洋。

爱丽丝菲尔的身体逐渐崩坏，只能静躺在魔法阵之中，切嗣从她身上取走剑鞘后便前往时臣的住所，在埋伏和潜入过程中，切嗣意识到时臣已死，这时，舞弥打来电话说Rider掳走夫人，切嗣使用令咒让Saber赶去仓库，而此时的舞弥已是奄奄一息，她拒绝了Saber的治疗并让她去追夫人，舞弥在见到切嗣最后一面，安心离去。

Saber追到Rider却没有看到爱丽丝菲尔，她用誓约胜利之剑打败Rider后离开。与此同时，伪装成Rider的Berserker将圣杯容器爱丽丝菲尔带到绮礼和雁夜身边，作为交换，绮礼安排雁夜和时臣见面，当雁夜到达教堂时却发现时臣已死，而这一幕被葵看到，误会了雁夜的葵戳中他的痛处，在精神错乱的状态下雁夜对葵发动了人身攻击。

舞弥被杀，爱丽丝菲尔下落不明，卫宫切嗣又变成了孤独一人，可他必须为了拯救世界而坚持战斗。绮礼从爱丽丝菲尔口中得知切嗣的理想后将她杀害。圣杯之争接近尾声，绮礼发出最后决斗的信号，Rider上阵前，韦伯一次下了三道命令将令咒耗尽，可Rider还是以朋友的身份，带着韦伯一起奔赴战场。

在前方等待Rider的是Archer，两人在短暂的酒宴后正式开始战斗，Rider虽使用“王之军势”，可这回Archer也动了真格，他用能将世间万物破坏殆尽的初开剑打破Rider的结界，拼死一搏的Rider，最终败在Archer剑下。与此同时，Saber在和Berserker激烈打斗中，惊讶的发现Berserker居然是自己的圆桌骑士兰斯洛特，看到沦落如斯地步的兰斯洛特，Rider话在她耳畔回响。

Saber虽于心不忍但为了自己的理想还是将Berserker消灭。同时，绮礼和切嗣两人终于在战争末端迎来殊死较量，就在双方都要给彼此发出最后一击时，切嗣进入了圣杯的内部，并在和圣杯进行问答后拒绝了圣杯，Saber眼看就要得到圣杯，可切嗣却使用了两道令咒让她将其毁掉。

在破坏掉圣杯后Saber含恨消失，而让切嗣没想到的是被破坏的圣杯所溢出的黑泥烧毁了整个冬木市，绮礼和Archer在黑泥中得到重生，而切嗣却因这样的结局难得救赎，在到处找幸存者的过程中，他发现了最后的“稻草”——士郎。最后的五年中，切嗣远离魔术平静的和士郎生活在一起，他正义使者的梦想也被身边这个少年所继承。