翠川诚从小就拥有读取碰触到的物品的记忆的力量。诚一边隐藏着这种无法控制的力量，一边担任警察特殊搜查官。在某个爆炸事故现场，他见到了一段不可思议的记忆。围绕着影响人类精神的物质“XM”，城被卷入一个巨大的阴谋之中。

诚在爆炸现场遇到一名失去记忆的女性莎拉。她似乎知道巨头企业休伦的某个秘密。为帮助莎拉的诚被休伦的人追赶着。在一同逃跑的二人面前，一个自称叫做杰克的男子出现了。他是通过XM发挥出特殊能力的“高感者”。

摆脱杰克的追踪的诚和莎拉，前往被认为存放着休伦的阴谋的证据的所在地京都。途中，莎拉说出了诚也是高感者一事。诚运用这个能力，为保护莎拉而战。但是，杰克，还有休伦派来的刺客将他们逼入绝境。

休伦所研究的，是远比XM危险的“暗黑XM”。达到目的地的诚和莎拉，率领着休伦的男子刘天华阻挡在他们的面前。刘天华想杀掉诚、活捉莎拉。莎拉为了保护诚，作出了痛苦的抉择。

莎拉被刘天华绑架了，被带到了海外。为了救出莎拉，城和敌人杰克联手。杰克的上司布兰特也被休伦所杀害。为了打倒共同的敌人，诚和杰克乘搭飞机前往海外，然后休伦再次派来了刺客。

飞机坠落了，诚和杰克奇迹般地生还。莎拉经由XM传来的讯息，他们得知了莎拉被囚禁在瑞士的欧洲核子研究中心CERN。为了前往瑞士，诚和杰克在印度的荒野上展开旅途，这时一个未知的敌人出现在他们面前。

在印度某地，已经成为启蒙军和反抗军对立的抗争场所。围绕着采掘出“暗黑XM”的“圣地”，两派阵营展开激烈的战斗。而且那背后有着休伦的暗中活动。启蒙派的代表人物汉克·约翰逊为了停止抗争，拜托诚他们去做某件事。

和诚通信的神秘人，是曾经发现XM的人工智能“ADA”。得到ADA的协助，诚他们为了救出莎拉前往CERN。但与此同时，杰克的脑海里浮现出奇怪的记忆。刘天华出现在疑惑的杰克面前，告诉发生在杰克身上的残酷真相。

和诚通信的神秘人，是曾经发现XM的人工智能“ADA”。得到ADA的协助，诚他们为了救出莎拉前往CERN。但与此同时，杰克的脑海里浮现出奇怪的记忆。刘天华出现在疑惑的杰克面前，告诉发生在杰克身上的残酷真相。

杰克是由“暗黑XM”制造出来的，人类的仿制品“仿体”。杰克下定决心用剩余的生命保护诚和莎拉。但是，重逢的喜悦只是一霎间，幕后黑手开始施行变更后的计划。

一切的幕后黑手，原来是本以为死去的布兰特。他偷偷地活下来执行他计划，最终地球被“暗黑XM”笼罩着。将未来托付给诚，杰克挺身而出。继承他遗志的诚和莎拉，以及全世界的特工们，开始了最后的战斗！