有着与人类相同的样貌，但是却只能靠吞食人类的血肉才能够存活的存在“喰种”。为了保护人们免遭他们危害而设立的“CCG”（喰种对策局），组建了一支被称为“库因克斯”的小队。他们由一群经过特殊手术之后获得了喰种能力的人类所构成，作为导师统管该小队的佐佐木琲世，不知出于什么原因没有两年以前的所有记忆。然后他身上，有一个CCG内部人员广为知晓的秘密。库因克斯成立之后没多久，就频繁发生与只侵害女性并且只捕食躯干部位的喰种“TORSO”有关的事件。就在CCG积极搜查之事，库因克斯的班长－瓜江久生开始了独自搜查，小队成员知吟士也顺势与其一起行动。随后一名自称掘千绘的自由摄影师找到了他们两人并称自己可以提供情报，然而她却要求拿和他们有关的“某样奇怪的东西”作为报酬……

在库因克斯的成员六月透奋不顾身的追踪之下，TORSO被及时赶到的瓜江、不知逼入了死角，无路可逃。但就在这时，一个被称为大蛇的喰种突然出现，局面随之逆转。稍微晚到了一会的琲世前来增援，他单独一人与大蛇对抗，但大蛇是被指定为“S～（S以上）级”危险度极高的喰种。琲世因为他那恐怖的实力而陷入苦战。为了保护部下们，琲世决定倾全力战斗，但那样需要解放他体内那份过于强大、甚至自己都难以驾驭的“喰种之力”。

一心想着要在CCG内往上爬的瓜江，为了获得更加强大的力量，通过伪造自己上司琲世的许可，从而接受了提升自己体内的赫子的运转等级的手术。另一方面，库因克斯班和由精英搜查官铃屋什造率领的铃屋班，开始一起执行对一个被称作“胡桃夹子”的喰种的联合搜查。接着他们得知，胡桃夹子为了在与SS级喰种“Big Madam”有关的拍卖会上展出商品，正在不断绑架人类，对象主要为年轻女性……

由于六月顺利地从胡桃夹子那里套出了情报，众人得知了下一次拍卖会的概要情况。CCG内部决定借此机会展开大规模的喰种讨伐作战，让六月以及自愿报名的什造作为商品潜入会场。当天，会场内充斥着各式“商品”、顾客、还有Big Madam雇来当保镖的青桐树成员。被逼和什造分开，并且断了与外界联系的六月，怀着不安，就那样被带去拍卖会……

由于什造的奇袭，整个拍卖会场陷入一片混乱。在外面待机的“CCG”部队借此机会纷纷冲了进去。在大乱战之中，六月总算是成功逃了出来，然而侍奉月山家的喰种，叶·冯·罗斯华尔德却对他穷追不舍，将他逼入了绝境。紧接着琲世和库因克斯班赶到了六月身边，但是…！？另一边，正在执行讨伐作战的CCG搜查官们，在面对实际战力比报告中记载的更强的胡桃夹子，以及一个“半喰种”，被称为“枭”的青桐树成员时，被迫陷入预料之外的苦战之中。

脱离战线的六月和负责保护他的瓜江，发现了许多企图通过暗道逃亡的喰种。他们和从另外一条路寻来的什造一起，进入了战斗。阻挡在他们面前的是，与什造渊源颇深的Big Madam。另一边，原本和不知等人一起负责驱逐胡桃夹子的绯世，在作战总指挥准特等搜查官·和修政的命令之下，独自一人留下与拦住去路的枭对峙。枭是琲世的上司真户晓以前的同僚泷泽政道，他在经过喰种化手术之后变成了那副模样。他在看到境遇与自己相似的琲世之后，展露出了对抗意识，并向他发起了猛攻。

突击拍卖会场的喰种讨伐作战和同时进行的CCG移送车辆的护卫全部结束。结果不论是搜查官还是喰种都出现了众多伤亡，绯世提出要求，取得了了解“过去的自己”的喰种少女笛口雏实的“所有权”。在本次作战中表现出色的库因克斯班，与同样被评有功的其他搜查官们一起获得了升迁，随后绯世邀请了上司晓以及私交甚笃的特等搜查官有马贵将，准备举办一次庆祝成员们升迁的家庭聚会。但是，在聚会当天，某位熟知绯世体内的另一个人格金木研的人物，给他寄来了一个奇妙的礼物——一份眼罩和一本书。

CCG开始对由大量绑架犯组成的喰种集团“蔷薇”进行搜查。然而他们接受过精密的训练，作案几乎不留痕迹。CCG始终未能找到能逼使他们现身的有效手段。就在搜查工作迟迟没有进展的时候，绯世从寄给自己的面具中得到启发，想到了一条计谋。另一方面，在之前的拍卖会上对六月出手的叶，在看到自己的主人月山习因为巨大的丧失感而患上心病的样子后，感到心痛无比。紧接着月山的友人掘千绘找到了叶，并向他提供了一个拯救月山的作战计划。

月山看到了掘千绘送来的关于绯世的照片，得知了“金木研”仍然活在世间，于是便欢天喜地地前去找他。但是绯世已经失去了作为“金木”时的记忆，没有认出月山。与此同时，CCG的木岛式将拷问因玫瑰一案而被捕的月山家佣人悠马的视频上传到了社交网站上。那令人震惊的图像不仅给月山家的佣人们带来了冲击，连绯世以及因为胡桃夹子一案而心生迷茫的不知等CCG的内部人员，都对此产生了反对意见。月山想要设法救出悠马，他打算去寻求身为CCG搜查官的绯世的协助，然而……

为了对依然未能掌握全貌的蔷薇进行搜查，绯世想出了利用库因克特性的“面具作战”。同一时间，为了从喰种们那里获得情报，库因克斯班的成员们假扮成喰种。但是在进行搜查的过程中，绯世得知原来还有一种连喰种害怕的“眼罩喰种”的存在，并开始想要调查关于它的详细数据。接着，在CCG的资料室中，绯世发现了已经殉职的搜查官亚门钢太朗所遗留下的一份报告……就在此时，在木岛构想出的新策略之下，有关蔷薇的搜查有了极大的进展。

CCG终于闯入了府邸，逼使全部人投降。千钧一发之际，月山和亲信松前一起逃了出去。一想到有许多人赌上自己的生命，只是为了要让他存活下去，月山深切体会到了作为“当家”的责任。而此时，绯世以“CCG搜查官”的身份，拦住了月山的去路……另一边厢在月山家驱逐作战中，与伊东仓元所率领的伊东班会合的库因克斯班，遇见了一个被称为野吕的喰种。面对拥有惊人再生能力的野吕，库因克斯班使出了用胡桃夹子的赫子制作出来的武器对战，然而……！？

同伴们一个接一个地在同野吕的战斗中倒下，不知仍然顽强地奋力死战。看到他的身影，瓜江拼命地试图站起来。两个人使出浑身力量发动的攻击命中了野吕。另一边，叶在月山陷入绝境时及时赶到，并发动了如同怒涛一般的猛烈攻势，但是她遭到了开始取回“金木”记忆的绯世的反击，受了重伤。就在此时，被称为“独眼之枭”的半喰种干支突然出现，并不断散布她的恶意。叶鼓起了最后的力气，然而……接着，绯世终于完全觉醒成了“金木”——

CCG为了要调查喰种的组织“青桐树”的根据地“流岛”，派出人手去执行歼灭作战。就在他们展开激战之时，作家高槻泉（即芳村干支），召开了记者会，主动公开自己是一名喰种。从以前开始就一直追捕干支的金木，以搜查官的身份将她带去了喰种收容设施“COCHLEA”，干支在那里托付他一件事。

被囚禁在COCHLEA中的喰种少女笛口雏实，对她的“处分”已经决定下来了。自幼便认识雏实的金木，抱着失去一切的觉悟，前去营救她。与此同时，由青桐树的成员雾岛绚都和万丈数一所统领的团伙，也同样为了营救雏实而对COCHLEA发动突袭。但是人称“死神”的CCG最强的搜查官有马贵将却挡在了绚都等人的面前。绚都的姐姐雾岛董香及叔叔四方莲示现身援护，但就连他们也无法与之匹敌，一群人被逐渐逼入绝境。就在此时，出现了一个人与有马对峙，他就是曾经在搜查官时代尊有马为师的金木——

CCG与喰种在流岛各地持续进行着激战，就在此时，喰种搜查官阿原半兵卫遇见了对他敬爱的班长“铃屋什造”怀有仇恨的半喰种安久黑奈。他彻底被拥有高战力和强韧肉体的黑奈逼入了绝境。而恰巧赶在此时出现了救兵。另一边，青桐树的干部多田良拦住了法寺项介和真户晓所率领的部队的去路。为了扫除与法寺之间的旧怨，多田良毫不留情地发动了攻击。而就在此时，被称为“猫头鹰”的原喰种搜查官，半喰种・泷泽政道突然介入了进来……！？

晓意想不到地遇见了原本应该已经殉职的同僚“泷泽”和过去的上司“亚门钢太朗”。但是他们俩如今已经成了作为“实验体”而被植入了赫包的半喰种。晓惊愕又混乱。此时，瓜江久生所率领的库因克斯班赶到了。所谓的库因克斯班，是一队由CCG人工制造出的半喰种所组成的队伍，在法寺・真户班的援护之下，众人一起联手将泷泽等喰种逐渐逼入了绝境。另一边，金木和有马在一番激战之后，有马尝到了搜查官人生中的第一场败北。有马托付了金木一件事，而它跟干支之前托付给金木的事完全一致——

接受有马的命令、帮助金木等人逃亡的原CCG“0番队”平子丈等人，和逃离流岛的喰种一起聚集在了隐匿处。原本互相敌对、水火不容的喰种和0番队，为了各自坚信的事物而决定联手，组成了“黑山羊”。而金木成为了统领他们的首领“独眼之王”。然后，成功逃离流岛，寄居在金木等人处的晓和亚门，在经历了一番迷茫和烦恼之后，最终决定顺从自己内心的想法……

才刚刚失去最强搜查官“有马”的CCG，高层和修一族又遭遇暗杀，因而陷入了一片混乱。就在此时，一个名为“小丑”喰种集团，向各区的CCG分局同时发动了袭击。针对这一事件，新局长旧多二福推测“那些喰种的下一个目标是总局”。他制定的作战计划是各区的防卫维持原样，总局的防卫由顶替有马成为最强搜查官的铃屋什造来负责。就在各区激战正酣的时候，统领库因克斯班的瓜江，见到了与他们纠葛颇深的喰种多纳特・波尔波拉……！？

“CCG”新编的库因克斯部队“OGGAI”作为新战力投入使用。在他们的活跃，以及新局长·旧多的本领下，喰种们陷入了窘境。为了拯救更多的喰种，虽然金木与黑山羊成员一同战斗，但也无法拯救一切。此时，金木在“:re”咖啡店的短暂休息时间里，听到董香的突然告白而动摇。然而金木在“CCG”时代的部下，六月透却在那里出现了。对金木抱有恋慕之心的六月，无论如何都想把金木带回去，并陆续发出猛烈的攻击——！？

在局长旧多的管理之下，CCG施行了强硬手段，不单单是喰种，就连与他们有所接触的民间人士都将遭到严格的处罚。尽管CCG内部也出现了像库因克斯班的米林才子等反对这一方针的人，但旧多坚决不放宽排除喰种的手段。瓜江和搜查官老手黑磐巌，为了阻止旧多的失控，决定对其加以调查，然而出现在他们面前的却是！？随后，CCG终于发现了许多喰种藏身的黑山羊的基地，于是CCG开始了大规模的剿灭作战――！！

为了保护珍视之物，金木和阻挡在其面前的什造以及OGGAI交手了，然而他却受了比预想中更为严重的伤。无法动弹，被逼入绝境的金木，准备采取某种行动，但是……！？然后――巨大魔兽“龙”在“东京”诞生了！随着龙的诞生，城市遭到破坏，出现了众多伤亡。而就在此时，一直以来以谜之人物“稻草人”的身份旁观的金木的挚友永近英良，为了保护金木和金木珍视的东西而行动了起来！

在与什造等人鏖战的过程中，丧失记忆的金木突然觉醒，出现在了一片不可思议的空间―金木在那里再次遇见了给自己带来坎坷命运的始作俑者，喰种神代利世。尽管利世嘲讽金木是一个“杀人犯”，但金木却向她道出了自己的决心。另一边，由于“核”金木被救出，龙维持不了原形，逐渐崩溃。然而，龙孕育出的可怕产物们不断散播毒气，导致各处都开始发生恐怖的现象……

为了对抗龙和弃子的威胁，对“产物的毒”有耐性的金木，向喰种研究者西野贵未等人所指定的龙的核心进发。此时，黑山羊的本部遭到了服侍和修家的武装集团“V”的袭击。月山习、西尾锦等人和“CCG”合作应战，但和V联手的小丑投入了“秘密兵器”，并展开了一场更加激烈的战斗。另一方面，和绚都一起前去调查的金木，终于与主谋者旧多对峙——

黑山羊&“CCG”与V展开激烈的攻防战之时，金木和旧多在地下的战斗开始了。在和修分家中出生的人们当中拥有突出才能的旧多非常不好对付，金木被迫陷入了苦战。虽然遍体鳞伤，各自的想法互相碰撞，金木和旧多持续着炽烈的战斗。“那时，如果没有遇到利世的话——”那究竟会是“悲剧”吗……？而在那前方的未来会是？