钟塔的君主之一，现代魔术科学部长—君主·埃尔梅罗二世，今天也带着极富个人色彩的学生们学习。在课后的钟塔会议结束后，他咒骂了这些每天都热衷争权夺利的君主们，却被自己随口说出的咒语反扑。隔天，与宿舍弟子格蕾外出时，目击了最近经常出没在自己住处的野猫，遭到车辆辗过。君主·埃尔梅罗二世察觉到有人企图要他的命，开始带着格蕾、弗拉特、斯芬追查犯人。

参加过冬木市第四次圣杯战争生存下来的少年——韦佛·维尔威特，在圣杯战争结束3年后，受恩师肯尼斯·埃尔梅罗·阿奇博尔德的义妹莱妮丝·埃尔梅罗·阿奇佐尔缇之邀，在亚奇索特宅邸内会面。莱妮丝对于韦佛不惜大量贷款，也要把埃尔梅罗教室买下来的行为感到非常有兴趣……

莱妮丝为了一个棘手的案件来拜访君主·埃尔梅罗二世，原来是二世以前的学生玛丽·法果，她的父亲突然骤逝，疑似遭人暗杀。二世带着弟子格蕾造访以天文魔术着称的艾宁姆斯菲亚一族分支－法果家，发现玛丽的父亲阿涅斯特的遗体被分尸，并以不合逻辑的陈列方式四散家中。

君主·埃尔梅罗二世在课堂上情绪失控，让特地来英国听课的露维亚感到相当不满，课后露维亚逼问格蕾之下才知道……镇上咖啡厅的电路系统明显遭人蓄意破坏，接着驱鼠公司的技师下落不明，君主·埃尔梅罗二世在调查途中负伤送医，这时候就是弟子们大显身手的时候了。

这些年来，君主·埃尔梅罗二世仍然挂心于圣杯战争，甚至拜托索菲利亚的当家布拉姆帮忙关说参战名额，布拉姆提出了一个条件……媲美神殿力量的魔术工作室，接二连三的落雷意外让法政科不得不出手干涉，所有的阴谋和嫌犯都被困在今晚的暴风雨中。

灾祸连天的宅邸内又出现新的牺牲者，无论证据多么的薄弱，化野仍然一口咬定凶手就是威尔斯，然而君主·埃尔梅罗二世尝试新的方法召唤事件关系人，果然成功召唤出一名妖精，而凶手竟然是一个意想不到的人，而法政科诬陷威尔斯又是为了另一个目的。

难得格蕾主动找莱妮丝聊天，却马上被她猜中自己的来意。莱妮丝和格蕾来到大型百货公司卡纳克，购物途中遇到露维亚，露维亚表示三人难得相遇干脆一起逛街。第一次体验百货公司购物的格蕾，被奢华的商场装潢还有美丽的衣服弄得晕头转向。突然间，莱妮丝的魔眼一个刺痛，某个术式发动把三人关进魔术空间内。

君主·埃尔梅罗二世为了追查偷走圣遗物的犯人，根据犯人留下的邀请函，跟格蕾一行人搭上传说中的魔眼收集列车——齐柏林列车。此行得知天体科阿尼姆斯菲亚家的千金小姐也参与这次的魔眼拍卖会，目标是最高等级的虹之魔眼……

受害者的死因相当不寻常，而且所有的手段都找不到犯人的线索，仿佛是透明人犯案一样。另一方面，狮子劫和露维亚调查圣遗物被盗走的居室，发现居室周围的结界没有被破坏的痕迹……时时惦记着伊斯坎达尔的君主·埃尔梅罗二世，此时眼前出现一位女子向他宣战。

列车员罗丹发现铁轨被人窜改，列车被迫朝向死徒之森前进，并且困在里面动弹不得。列车继续受困的话，拍卖会很有可能被迫取消，极欲摆脱魔眼的卡拉博召集了愿意协助的魔术师，准备对付有思考能力并且会猎食人类的魔物森林。

君主·埃尔梅罗二世陷入昏睡中。露维亚在玛丽的阐述中，得知亚宁姆史菲亚君主7年前曾经调查过圣杯战争……化野一口咬定卡拉博就是杀害特丽莎的凶手，传唤案件新证人只见奥尔嘉玛丽捧着一个大盒子走进车厢，打开后里面竟然是……

为了夺回卡拉博的魔眼，面对来势汹汹的竞标对手，梅尔文使计让拍卖会延长到午夜，让君主·埃尔梅罗二世等人得到准备应战的时间。狮子劫开车把史宾和费拉特从课外教学带走，说有个工作要交给他们。拍卖会开始，稀有的魔眼喊价金额逐渐攀升，君主·埃尔梅罗二世突然中途喊停……

莱涅斯在狮子劫跟露维雅等人的帮助之下抵达魔眼搜集列车，看见化野施法将卡雷斯紧紧捆住。觊觎圣杯战争利益、以及被过去回忆所纠缠的人们，全都聚集在这个拍卖会场里。眼看战争一触即发，此时从莱涅斯身后走出另一个卡雷斯，原来真凶一直假冒身份混在人群之中，他的真面目竟然是……

遇劫归来的君主·埃尔梅罗二世与格蕾，躺在医院里疗伤，包括考列斯等人埃尔梅罗教室的学生们分别去探望两人。斯芬在众人祝福之下完成传绶典位的仪式，仪式后的庆祝派对，每个人脸上洋溢着开心的笑容。酒过三巡，君主·埃尔梅罗二世最后不胜酒力回到书房，在迷迷蒙蒙的梦境中……