只记得用过晚餐后入睡的小夏醒来后发现自己在一陌生的房间里，出去时看到周围是涛涛大海，然后和3名陌生人阿岚、蝉丸、牡丹一起随木筏漂流到一座小岛。大家都是对这个突然的遭遇不知所以，只能在荒岛上等待求救并开始野外生存生活。另一边，在一个存在着类似螳螂的大型虫子的岛屿岸边生活的小花等7人在其领队踏青的带领下出海时遭遇风浪，漂回岛屿并遭遇大量虫子，踏青失足跌入虫子群，小花等人因此取得时间逃回岸边。小花为自己见死不救自责的时候，踏青却安然无恙地出现在7人面前。

阿岚怀疑牡丹是绑架犯，带着小夏离开队伍，途中遭到巨大肉食植物的袭击。这时救出他们的一个自称百舌的男子。牡丹也追上他们，开始对他们述说了“7SEEDS”计划——地球遭遇陨石撞击时为延续人类血脉而选取出部分人冻结起来，待危机过后再将他们解冻以在新世界求生的计划。另一边，自称找到“离开岛屿的关键”的踏青带着小花等7人来到一个洞穴，那里却是虫子的巢穴。原来踏青遭到虫子的寄生。踏青想起自己过去因为向往英雄而加入自卫队的初衷，恢复理智并自焚驱散虫子，指引小花等人要向西行去寻找“七座富士”。

阿岚无法接受这样的现实，无法接受女友已经不在的世界，变得有些意志消沉。在小岛行动的他们与同是夏B组的另外3名成员——阿粽、小祭和小萤相遇。那时小夏发现了小岛周围的水并非海水而是湖水，于是夏B组众人搭建木筏离开小岛，终于到达陆地。他们见到沉入海底的长崎，确定位置后在牡丹的带领下终于达到“七座富士”之一的丰后富士（九州由布岳），找到了那里的地下储备库。阿岚和小夏看到阿粽的家乡——那座已面目全非的熊本城，不经流下泪水。这时阿岚决定离队回家乡东京看看，而在意阿岚的小夏提出同行，而后铲蝉丸也跟来。于是阿岚、小夏、蝉丸开始探索新世界的三人行之旅。

踏上旅途的阿岚、小夏、蝉丸3人来到了一个村落，那正是秋组的成员搭建在神户富士上的村子。原来秋组比他们早三年苏醒，不过因为他们领队十六夜的懦弱，现在他们在秋夜和兰姐的鞭策下过着艰苦生活。阿岚等人不受欢饮，还被绑了起来，那晚，他们被十六夜所救，却发现十六夜投毒试图杀死所有人的行动。痛斥十六夜一番后，阿岚等人又开始上路，渡过大江后他们达到狄野富士，并找到那里的储备库。另一边，春组来到沉入海底的东京。小花和阿春一起行动。虽然阿春称在这个人类已经消失的世界自己终从音乐中得到解脱，但小花发现阿春总是保护双手的习惯其实对口不对心。那晚，阿春用教堂里的一架废旧钢琴演奏起来。

离开东京的小花等人来到了狄野富士，在储备库里他们除了得到各种物资外，还发现了夏B组的小夏留下的字条，确认还有其他人还存在的事实。另一边，达到东京的阿岚、小夏、蝉丸3人遇到了一个自称是冬组的唯一幸存者的留须男子，但是阿岚等人处于不信任而离开了他。过去，在北海道苏醒的冬组成员遭到类似老虎的大型猫科动物的袭击，只有新卷、吹雪、美鹤3人幸存下来。而性格软弱的新卷总是同伴的鼓励下生活着，但是旅途中吹雪、美鹤为保护他而丧命。最终新卷孤身一人到达“七座富士”之一的雌阿寒岳。他就是冬组的唯一幸存者并在新世界独自生活了15年，曾经高中棒球队的名投手新卷赢弘。

新券救下被恐龙追赶的小花，在小花的带领下与春组的其他成员相见。小花被不明细菌感染，手上长出奇怪的不明物。不知道治疗的法子，以为就这样死去的小花离开大伙。在海上漂流的小花被前往的新卷和阿春所救，三人来到了一座外形猫似的小岛。小花在那岛岸边发现了一副壁画山上发现了刻有“青田岚”的字迹。知道男朋友还活着，小花找回活下去的勇气，并通过高盐度的死潭治疗。三人先后来到了夏B组和秋组的驻地，但因为火山爆发产生的灰尘关系，那里的人早已离开。另一边，岚等人又到达了“七座富士”之一，并在发现了那里一只大船，为其取名为“象狮丸号”。

小花、新卷、阿春3人在某洞穴遇到了秋组成员。他们潜入地下深处，终来到了一处地下设施，那是过去人们为躲避陨石灾难而所用的避难所“龙宫”。他们在一具尸体旁放着的一本日记中得知这里发生的一段悲惨往事。过去，腹语演员真亚久、明星歌手玛利亚被贵士邀请到龙宫做安抚工作。龙宫的仓库遭到海水淹没，真亚久对用贵士活人作为肥料感到毛骨悚然却有不得不成为共犯。那之后龙宫又遭到X蜱虫爆发的危机。作为宿主源头的真亚久决定要关闭避难所，于是用歌声将所有人引导将仓库冻结。真亚久完成所有封闭工作后也自杀身亡。小花等人和秋组成员人离开洞穴后遭遇一班蒙脸人，他们将十六夜枪杀。那班人正是7SEEDS计划的最后一支队伍——夏A组。

阿岚等人驾驶“象狮丸号”的途中，遇到了漂在海上的沉睡少女新草云雀。另一边，小花带着秋组的人前往春组的根据地，但伙伴们早已不知所踪。后来他们发现了桃太郎落入夏A组的手中并成为他们的实验白老鼠，为了救出桃太郎而采取行动。新卷负责声东击西，小花潜入夏A组的村落，但是却被安居和阿凉识破。这时秋叶、兰姐等人也将夏A组的小琉璃捉住，向夏A组提出交换人质。就在双方即将发生激烈碰撞的时候，一大群攻击性白色蝙蝠向他们袭来。

秋组遭到蝙蝠攻击，多人受伤。面对共同的威胁，小花等人不得不与夏A组合作，消灭蝙蝠。那之后，姑且和夏A组居住在一起。但是，安居以瞧不起的态度地称小花等人为“普通人”，给他们分配各类苦工。然而，以高材生自居的夏A组因为比其他组要更早的冷冻沉睡，他们所持有的知识其实是落伍十数年。安居对阿春和小琉璃总是在一起很不满。在大伙寻找水源的时候，阿春被人偷袭，差点丧命。小花怀疑是安居所为，与安居对峙。阿凉注意到小花持有的特制刀具，这时才发觉小花的父亲贵士正是当年安居等人所在培训设施的魔鬼老师。

自从安居知道落选者的下场后就变得谨慎起来，凡事就思考千万遍，但也不知觉让让好友阿茂疏远了自己。不知什么开始，培训设施里事故陆续发生，不断有人因此死去，那正是为了选出7名前往未来的优秀生的最终测试。安居、阿茂、阿凉三人掉进入同一个地底洞穴，而他们三人之中只能有二人活下来。三人合作攀爬洞穴时发生意外，安居和阿茂命悬一线，阿凉选择隔断系在阿茂身上的绳索。经过严酷的考试，踩着无数同伴的尸体，夏A组的7名成员终于选出了，但是老师们却不知道自己所做的那一切给他们带来严重的心理障碍，埋下祸根。

安居认为是小花是靠后门选入7SESS计划，并把对老师的怨恨发泄在小花身上，对小花怒目以视，总让小花一个人没完没了地挖井，甚至还试图强暴小花。无法忍受这一切并对安居产生恐惧的小花想离开大伙。另一边，阿岚等人再次来到秋组的村落。小夏找到了小花留给阿岚的字条。在那他们还遇到了救援的小祭和百舌，众人合力救下了被困已久的牡丹、小萤和阿粽。晚上，小夏向牡丹问她为什么要祝福前夫和再婚对象的幸福的理由后，决定将小花的字条交给阿岚。

小花正收拾行李准备离开的那晚突然被阿凉叫去寻找水源。小花爬下地下岩洞探路时被阿凉隔断了绳索。原来阿凉为了安居的精神状态的稳定，决定除掉小花。大难不死的小花独自暗黑的地下洞穴存寻找出路，并在找到了水源。然而在那里碰巧遇到安居。因为害怕对方，小花不慎失足掉下水中。前往救援的新卷、阿春、源五郎、小琉璃等人看到陷入大危机的小花迅速展开行动，但是因为水流太急而无能为力。