35年前，突然出现的新大陆“圣洲”。为了寻找全新种类的动植物与贵重矿物，众多探险家们向新大陆发起挑战。以救援探险家们为职业的拾人者因又，一个寻找下落不明者的探索委托找上了他。最初还是毫无干劲的因又，在听到弄灵花果这一词语后……

艾米利亚为了从出现在生物应用研究所的“魔角熊”中救出父亲，向因又发起了救援委托。然而，因又看不惯研究所的做法，把这次的救援看做非常普通的事情而拒绝了委托。即使如此找不到其他能够拜托的人的艾米利亚说出了拾因这一名字后，因又接受了委托赶往了第七区所在的研究所。

以10亿界币成功拍下了超级稀有的动物“七彩鸠”的富豪·德萨姆。30年前曾经居住在圣洲的他所给的委托是，进入曾经的居住区。然后，寻找出自己下落不明的朋友，以抚平自己的内心。在猛毒生物所在的第45区所找到的是，一个壶……

阿零和因又在吃东西逛着街的时候，看见围在一起的人群。在那里的是，被称为奇迹之女的贝雷娜。为了救助孤儿院，前往了冒险的她却在圣洲失去了音信。对这个委托持以冷淡态度的因又，说出了像是知晓贝雷娜的过去与本性一样的话语。

探险家用具店的店主·田叔，对于因又过分的砍价而感到困扰。虽然这次花重金做好了万全的对策来应对他的砍价，却还是被骗受到了巨大的损失。于是，田叔为了一夜暴富而打算去圣洲冒险。骑上自己的机车，爽快地开了出去，而因又和阿零却将这一状况看在眼中。

对于央求要饲养小猫的阿零，因又却告诉她不能饲养。而这其中的理由，因又说起了抚养了自己的拾因的故事……数年前，身为小孩子的因又也能够使用些许的“构造能力”。然而，因又还是没能够得到与怪物战斗的许可，总是被拾因当成小孩子看待。

以大量的棉花糖作为主食的因又等人，艾米利亚的父亲邓斯特前来委托他们。这次据说是因为女儿艾米利亚行踪不明了。虽然他们清楚地知道自己对圣洲的认知过于肤浅，但是为了能够获益还是接受了调查飞机被迫降落事故的原因。然而，在那里等待着艾米利亚等人的是圣洲的原居民·原着者。

来到圣洲收集食材的因又，在村落遗迹中受到了一位老人的袭击。那一带只有那位老人独自居住，就在因又觉得被逼上绝路的时候，没想到什么都没做就被释放了。再次开始食材收集后，地底下出现的巨大怪物抢走了自己的猎物，因难得的食材从嘴边飞走了而感到失望的因又，来到了一片荒废的墓地。

阿零梦到了自己被因又作为宠物进行对待。阿零无论如何也想要得到作为成熟女性的魅力，却都以身高问题而失败告终。即使如此也没有放弃的阿零，决定去圣洲寻找“吃了能够长高的果实”。与艾米利亚和田叔一起克服了重重困难，终于找到了那个果实……

顺利完成了委托的因又，遇见了研究着圣洲生态的鲁博尔特。虽然对他保持冷漠敷衍态度的因又刚开始非常困惑，却不怎么讨厌温柔又喜爱动物的鲁博尔特。然而，随着为了视频播放量而不惜践踏动物生命的二人组的乱入，一系列骚动也因此发生。

最近因又的样子有点奇怪，最近老是很早起床，没有任何理由就经常出门。出现在感觉自己被排挤在外而有些不高兴的阿零面前的是，自己曾经的主人·巴顿。巴顿好像打算加害于以田叔为首的自己身边的人，强行要求阿零以“实验体零号”的身份回到他的身边。

阿零遭到巴顿囚禁，再次被作为实验体所对待。在研究所里，那些以前的实验体们仍然被囚禁着，他们早已经放弃了逃跑的念头。同时，因又从爆炸中逃了出来，为了救出阿零而赶往巴顿所在的研究所。等待着他的巴顿，打算利用没价值的实验体，实行非常恐怖的计划……

通过夺取实验体的能力，巴顿成为了构造者。虽然对峙的两人势均力敌，但由于巴顿激烈的复仇心和老奸巨猾的性格，因又逐渐被压制，被迫陷入苦战。虽然因又一次次跌倒，但遍体鳞伤的他还是再次站了起来，并对阿零呼喊道回忆起我们相遇的那一天！