5年前，在政变中被推翻的阿卡迪亚旧帝国皇子·路克斯，成为了亚提斯玛特新王国的罪人并签订了接受国民们各种杂役委托的契约，每天都努力做着各种各样的工作。直到有一天，不幸屋顶坏了，路克斯追逐目标而掉落进少女们就读的学园的浴场里，正好看见了新王国的公主·莉姿夏尔蒂的裸体。

在为了培养与装甲机龙适应值高的少女们而设立的学园里上学的路克斯，被少女们用好奇的目光注视着的同时，也被委托了各种各样的琐碎杂务。而在学园里首屈一指的才女·库露露席法，却开始试探路克斯是否就是传说中毁灭旧帝国的“黑色英雄”。

学生们为了庆祝路克斯入学而举行了聚会，而雷莉学园长却拿出了一堆女学生们给路克斯的委托书，并作为余兴节目筹划出“路克斯争夺战”的提案：为了消除没有委托到路克斯的学生们的不满，只要能夺走路克斯的特别委托书，就能连续委托他一个星期的杂役。

前往未解之谜的遗迹进行调查的路克斯们，库露露席法虽是别国的留学生，却也执意要参加这具有危险行动的遗迹调查。出发的那天，巴尔泽利多现身在众人面前， 声称是为了自己的未婚妻，要一同前往提供协助。

一切全都是巴尔泽利多策划的阴谋：他知道库露露席法出生的秘密之后，为了得到她的力量而接近库露露席法。巴尔泽利多用不可思议的力量击败了充分准备后的库露露席法，正当她穷途末路之际，月夜的天空下出现了黑色的神装机龙。

学园内出现了可疑的不明人物，谢里丝们委托路克斯穿上女装后去巡逻。不得已而同意的路克斯，在巡视时被突然出现的可疑人物用刀威胁。这时，出现并帮助他的正是四大贵族的大小姐，被称为“学园最强”的骑士团团长——赛莉丝缇雅·兰格里斯。

路克斯们为了强化合宿而来到海岛上，少女们却换上泳装，在海边尽情的嬉戏。但是，学园长雷莉也一同前往，并要求路克斯和赛莉丝决斗胜负。而当二人激战之时，幻神兽却突然闯入演习场，其背后有可疑之人暗中活动着。

巨大的船型遗迹突然出现，合宿的真正目的就是调查这个遗迹·方舟。分为4个小组，路克斯们进入遗迹调查，并在瓦砾下发现了一位横躺在地的少女。少女自称是方舟的管理者，并且方舟因大半功能停止而有修复的必要。

从海兹口中路克斯了解到菲尔菲被隐瞒的真相，并且从自己残存的记忆中得到证实。路克斯想起来，年幼时是菲尔菲拯救了处在绝望边缘的自己。从那时起，路克斯就有了为菲尔菲而战的约定。路克斯决心这次一定要将菲尔菲救出来并向遗迹挺进。

亚提斯玛特新王国的国庆节近在眼前。为了能在持续数日的节日盛典中与勒克斯度过，少女们都希望与他进行约会。但因为还有积压的委托，路克斯空闲的时间并不多。因此蕾莉建议，让路克斯从众人中选出3人进行约会吧。

路克斯从宰相那里听到“帝都夺还计划”这个阴谋。据说在建国纪念祭上，全龙战结束时这个计划就会进行。为了阻止这个阴谋，路克斯被要求合作，并担任引诱隐藏在暗处的100只幻神兽的诱饵。还有，被要求在全龙战中取得胜利。

一切都是准备周祥的圈套，莉夏也因此被敌人抓住了。拉葛利多率领着叛乱军杀来，新王国军防御的同时，巨大的阴影出现了。为生死存亡的巨大危机下，为了保护亚提斯玛特新王国，决死的战斗开始了。