赤冢正义帮助了被不良纠缠的男性，在拿到作为谢礼的神秘石头的瞬间，手掌刻下了不可思议的刺青。次日的上学路上，正义与银发少女偶遇，两人手掌相触的瞬间产生了电流，少女见状神态严肃。放学途中，正义被早上的银发少女袭击，少女问及“咒纹”一事，但正义并不知情。正义使用祖父传授的柔术反击，却被压倒性的力量压制，遭遇性命攸关的危机。

神秘少女伊姬和其搭档汤姆隶属美军，此二人的任务是回收研究者偷出的咒纹，而正义也属于回收对象。正义的咒纹是“理法吞噬”，若是控制不当使用者本人也会被吞噬。伊姬转学到正义的班级，劝说正义成为他们的同伴，最终正义同意加入“蓝色月亮”小队。而另一边，敌人开始了新的计划。

“蓝色月亮”小队遭遇王国咒纹部队婆罗门的袭击，名为伊鲁楚弥修的附体系咒纹者，附身在正义的青梅竹马一之濑桃子身上。正义暴怒之下对伊鲁楚弥修使用“理法吞噬”，却被桃子阻拦，理法吞噬打偏，吞噬了正义家的房子。桃子的额头上竟然也有咒纹，她也被卷入了这场战斗中。

伊鲁楚弥修突袭白蔷薇组织的根据地，白蔷薇成员被秒杀到仅剩一人。而另一边，伊姬发现桃子的假咒纹竟然可以发挥咒纹的力量，与此同时她和汤姆收到了白蔷薇的求助信号，两人先后赶往根据地，察觉有事发生的正义紧随其后。途中伊姬中了拉卡的埋伏而动弹不得，正义的出现扭转了局面……

伊姬带兵堵截拉卡和伊鲁楚弥修，伊姬对付拉卡，随后赶到的正义与伊鲁楚弥修对战。面对伊鲁楚弥修的咒纹能力，正义陷入苦战，一旁观战的桃子出手相助。眼看桃子命悬一线，正义使用理法吞噬击败伊鲁楚弥修，此时王国的公主阿耶波多出现，还强吻了正义。而另一边，伊姬和莉莎联手灭掉了拉卡。

名叫布拉德的男人将正义带到阿里雅巴妲物理研究所，这里是王国在日本建立的咒纹研究基地，专门进行反咒纹研究。布拉德原本是婆罗门的一员，脱离后的他和王国处于敌对状态，这次他找来正义是打算彻底毁了这个地方。两人闯入研究所，遭遇疯狂科学家卡拉姆和他的天才部队。

正义跟随美国的咒纹部队出动，对公主的基地展开袭击，主要战斗人员有桑达斯准将、王少尉、约翰逊大尉、雷奥纳多巴兹少佐以及莉莎、汤姆和伊姬。没想到雷奥纳刚一出战，就被拥有“绝对境界”的婆罗门副队长卡尔·谢卡尔秒杀。公主赐予伊鲁楚弥修新的力量，伊鲁楚弥修化身野兽，正义等人陷入绝境。

伊姬与卡尔对决陷入苦战，布拉德救下伊姬，并要她去营救被公主抓走的正义。由于公主的克制能力，正义无法使用理法吞噬，只能任人宰割。巴兹命令众人撤退，莉莎与他并肩作战，最终巴兹被化为猫怪的伊鲁杀死。另一边，伊姬眼睁睁看着爱人布拉德被杀，而担心正义的桃子不顾撤退命令，也被伊鲁杀死。

正义体内留存着布拉德的灵魂碎片，通过机器正义看到了布拉德的记忆，他曾卧底于婆罗门的过去。布拉德通过公主的测试，正式加入婆罗门，并被赐予“无键之咒纹”。深夜，布拉德计划潜入圣殿，遇到了打着同样心思的婆罗门成员瓦尔玛。瓦尔玛是国王派来的间谍，他将布拉德拉入这边的阵营。

正义继承了布拉德的意志，按照怀兹曼的指示和伊姬等人藏身于深山中，时间转眼来到一年后，正义的飞速成长令人惊愕。王国发现正义等人的藏身之处，还留下了一段录像，公主终于准备入侵美国的第三遗迹，莉莎成了引出正义的诱饵。面对这种情况，正义他们会如何行动呢？

正义进入地下深处的遗迹，与宿敌卡尔再次相会。在之前与布拉德的战斗中，卡尔的绝对境界的控制回路被破坏，但她因此反而能使用反咒纹了，成了最强的无能力者。正义与卡尔展开激战，正义询问卡尔效忠公主的原因，卡尔称当四把钥匙将四座遗迹完全开启，作为素体的公主与姐妹们将精神完全统一，成为所谓的“神”。

公主进化为“神”，并且坚定人类必须灭亡，正义被公主攻击摔下悬崖，他的想法根本传达不到，这让正义充满无力感。正义的伤口无法愈合，但他仍坚持为同伴报仇，赶到的伊姬和玉城决定对抗公主，由汤姆带正义避难。遗迹与公主的同化即将完成，世界面临被吞噬的危机，怀兹曼的计划开始。