西元3000年，这里是个魔法理所当然存在的世界。转学进入康士坦魔术学院，怀抱着成为大司祭的梦想迎接新学期的纱伊阿九斗，在入学第一天接受健康检查时，被人工精灵八咫乌判定将来会成为“魔王”，使得原本已经缔结友情誓言的服部绚子向他下战书，决战时又被名为萤娜的女孩闯入，使得误会越来越深。未来可能成为“魔王”的阿九斗，开始面对解除误会的考验！

入学第一天，阿九斗就被诊断为“魔王”。虽然努力要解除他人的误会，但所有的行动全部造成反效果，使得他总是受到冷眼相待。而且政府还派遣人造人可萝奈随时监视，加上忽然现身的萤娜不知为何全裸抱住他，发生了各式各样的骚动。不过校内第一偶像，女生宿舍的宿舍长江藤不二子却能体会阿九斗的不幸，并且表示愿意协助他与绚子和好……

为了与绚子和好，阿九斗接受不二子的建议，申请成为风纪委员，但这个职务是要肃清违反风纪的人，非常适合他这名“将来的魔王”。虽然阿九斗开始感到质疑，但不二子协助他与绚子见面，阿九斗也收起疑心前往指定地点。然而阿九斗在那里遭受不良少年的袭击，即使成功打退对手，却被迟来的绚子目击，误以为他要统整不良势力征服学院，因此绚子向校方申请讨伐，阿九斗也成为全校公敌……

在萤娜的协调之下，阿九斗好不容易与绚子和好，却在魔力控制课程再度误伤绚子。见状的美津子老师，建议阿九斗前往精神修养房修行。阿九斗抱著沉重的心情前往修行，但可萝奈与萤娜也莫名跟来，变成三个人得挤在小小的房间。不过众人在阴错阳差之下发现一张藏宝图，萤娜也对此兴致高昂。隔天，萤娜复制藏宝图贴满全校，在校内引起轩然大波，但不二子却对地图上的字迹有印象……

萤娜到处散布藏宝图，接连有学生为了寻宝而受伤。阿九斗以风纪委员的身分，呼吁全校学生不要再去寻宝，却被忽然闯入的照屋荣子要求阿九斗前往地图标示的地点确认。阿九斗、可萝奈与宽就这么进入地图标示的学院地底迷宫探险，然而地图所标示的位置，隐藏着当年魔王所拥有的秘密宝藏……

为了保护不二子，阿九斗收服了魔王的秘宝，也就是名为彼得豪森的龙。即使不是自愿，但阿九斗如今已恶名昭彰，而且因为受到政府监视，所以无法前往学院的临海学校，令阿九斗心情更加低落。不过可萝奈愿意负起全责，顺利担保阿九斗来到临海学校，阿九斗就这么和众人一同来到海边玩得尽兴，也和绚子越走越近，但可萝奈与萤娜依然发挥少根筋的本领大闹一场。

临海学校所在的岛屿，原来是宽的故乡。这里有一段传说……当魔王复活时，魔兽将会出现，但勇者会现身打倒魔兽与魔王。虽然只是传说，但宽显得无精打采。当天晚上，宽的妹妹雪子前来寻找魔王，她坚信哥哥宽就是勇者，认为只要有魔王，哥哥就能成为勇者，但阿九斗否定自己是魔王，使得雪子哭着夺门而出，但雪子却被忽然出现的神秘男性抓走，巨大魔兽也出现在宽等人的面前！

宽得到传说之剑，成为勇者Brave打倒魔兽，但他不敢把真相告诉他人。另一方面，阿九斗认为萤娜的发饰是自己小时候送她的，因此开始在意萤娜。但当事人萤娜毫无记忆，依然过着每天跷课的生活，阿九斗只好努力说服萤娜上课，绚子则是以忧伤的眼神看著他们的互动。从临海学校回来之後，绚子就一直有些不对劲。不久之後，可萝奈劝绚子回到家乡和阿九斗相亲……

众人擅自安排绚子与阿九斗在伊贺之里相亲。对阿九斗有意思的绚子不敢明讲，而是以其他理由邀请阿九斗一同返乡，不知情的阿九斗认为要对自己造成的骚动负责，因此决定陪绚子回家。当天晚上，绚子下定决心前往阿九斗的房间，不过再度因为误会而引发骚动。在混乱的状况中，阿九斗从照屋荣子那里得知须原神认定萤娜是危险人物，并且对照屋家下达暗杀指令，对此感到惊愕与愤怒的阿九斗因而觉醒成为魔王！

差点遭到杀害的萤娜，被内阁魔术情报官大和望一郎相救。但只是为了得到能够统治神的“自同律”萤娜。发挥魔王之力赶回学院的阿九斗与望一郎交战，却被望一郎凌驾于魔力的攻击打成重伤。在这个时候，不二子率领魔兽救出两人，回到彼得豪森的所在处。另一方面，照屋荣子率领政府军聚集在校外，开始进行破城槌作战讨伐魔王，就这样，魔王终于率领魔兽，和人类展开一场大战……

为了保护萤娜而决定弑神的阿九斗，和彼得豪森一同飞向天际，但内阁魔术情报调查室的成员2V，却操纵政府军的巨大航空母舰“玄鹤”击坠阿九斗。另一方面，照屋荣子率领的政府军进入校内要讨伐占据学院的魔兽，却被学生会长白石莉莉挡住去路。荣子派服部优子保护自己，并且下令打倒莉莉…！阿九斗的死令不二子失魂落魄，但萤娜相信阿九斗还活着，望一郎则是在此时再度现身掳走萤娜。

望一郎带着萤娜来到须原神殿，想让“自同律”萤娜缔结契约统治神，然而阿九斗在此时现身，两人就这么在神的面前交战。后来阿九斗终于打倒望一郎救回萤娜，并且得知魔王就是用来与“自同律”缔结契约，代替神消灭人类的存在。然而阿九斗拒绝执行这个任务并誓言弑神，使得神启动防卫机制。为了让“神创造魔王”这种矛盾的剧本终结，阿九斗赌上自己的生命和神对决！