2021年，东京地区。从不明生命体“原肠动物”毁灭性的破坏中复苏的人类，到现在生活中还是饱受它们的威胁。对付原肠动物的最后磐石就是民警，高中生里见莲太郎是隶属于天童民间警备公司的其中一个民警，他在某个事件的现场遇到了带著面具的怪男子──蛭子影胤。他发挥了压倒性强大的力量，别说是警官们，连莲太郎都不在他的眼里，他称自己是“毁灭世界的人”之后，便失去了踪影‧‧‧。

莲太郎接到招唤，和社长木更一同前往防卫省。在那里，东京地区有名的民警都到了。他们的委托人是东京地区的统治者“圣天子”，委托的内容非常奇怪，是去清除感染源原肠动物，并把被它吞入体内的箱子拿回来。这时，影胤突然出现，再度展现他压倒性的力量，并告诉他们，他也会出手夺取那个箱子，也就是会引起东京地区“大灭绝”的“七星的遗产”。

延珠被别人知道拥有肠原病毒的“受诅之子”，而在学校被孤立。虽然延珠还沉浸在悲伤中，却还是要去追击感染源原肠动物，并在莲太郎的面前，半自暴自弃的战斗，打倒了他们锁定的那只原肠动物。但是，在他们二人拿到箱子的时候，影胤再度出现了。影胤是“新人类创造计划”中诞生的机械化士兵，一击就让莲太郎失去力量，莲太郎想尽办法要让延珠逃走‧‧‧。

影胤一口气将29名民警们反击回去，莲太郎和延珠再度和他对峙。影胤释放出了能将一切反弹回去的绝对防御之盾，而莲太郎以自己"真正的力量"与他对抗。影胤是为了杀戮而被制造出来的影胤，他为了证明自己的存在意义而渴望斗争，莲太郎无法认同他的想法，两人产生剧烈的冲突。然而，就像在嘲笑他们两人激烈决战的结果一样，阶段V的肠原动物出现了－－。

圣子天亲自委托天童民间警备公司执行任务，任务的内容是担任她自己的保镖。莲太郎虽然意愿不大，但因为辅佐官菊之丞不在的期间，圣天子要与大阪地区的领袖齐武进行会谈，而她的护卫官们又做了一些惹人不快的行动，而让他决定接下这个委托。从圣居回来的路上，莲太郎帮助了一个被一群无赖围著的少女，而这个穿着睡衣到处走，身上处处散发著奇妙氛围的少女缇娜，和他亲近了起来‧‧‧。

天童木更因为妨碍了狙击手的任务，紧接著也遭到刺杀，想杀她的人竟是莲太莲所救下的少女－－缇娜。木更在莲太郎的救助下平安无事，二人判断敌方必定再次行动，他们提前帮圣天子更换了座车，但仍是遭受到狙击，延珠决定单独前去追击缇娜，莲太郎留下保护圣天子，延珠离开之後圣天子却对莲太郎说，缇娜的IP排行第97，而且是一名强化士兵‧‧‧‧‧‧。

延珠在缇娜手中活了下来，只是被注射了大量麻醉药，将会昏迷二天。莲太郎在调查狙击现场时却发现，缇娜同时从四个方向对延珠开枪。在那同时，圣天子与齐武总统又将举行第三次会谈，因为延珠还在昏迷，莲太郎原想放弃，却仍是觉得有责任保护圣天子，而独自一人继续接下委托，为此莲太郎请未织帮忙分析缇娜的能力，并让护卫官保胁散播假消息，引缇娜到别处。莲太郎与缇娜的决战，结果是鹿死谁手呢？

巨石碑结界突然受到原肠动物的攻击。圣天子前来寻找莲太郎，告诉他阶级IV的原肠动物毕宿五，跑进巨石碑结界，并在石碑里注入侵蚀液，使得石碑白化，而且在六天之後磁场就会消失并倒塌，但建造替代的石碑却需要九天，其中的三天如果没有人抵抗原肠动物，东京地区就会被原场动物淹没。因此请莲太郎组织由民警组成的"辅助部队"来与原肠动物作战，莲太郎能找到与他并肩作战的同伴吗？

为了保护东京地区，组成辅助部队最少要有三组六个人，但莲太郎的理想是找到五组十人。莲太郎带著延珠在人群中寻找合适的民警组时，却意外遇到许久没见的天童流师兄薙泽彰磨，有彰磨的加入，他们终於可以组成队伍了。而此时，木更也出现在他的面前，对他说她要加入，并且圣天子也解除了缇娜的剥夺排名处分。莲太郎的队伍虽然没有达到理想，也终於成行。以他们八人的力量，是否可以达成任务，成功保护东京地方呢？

在巨石碑崩塌之前，莲太郎等人还是像平常一样生活。为了分散注意力，莲太郎仍是前去帮外围区的“受诅之子”上课，并带她们去参观“回归之炎”，告诉她们回归之炎代表的意义，并察觉到，宿毕五攻击32号巨石碑，似乎有什麼特别的义意。在那同时，因为人们憎恨原肠动物，继而牵怒“受诅之子”，街上开始有人想要攻击“受诅之子”，到最後甚至用炸弹攻击外围区‧‧‧‧‧‧。

保卫巨石碑的战争开始了，里见等人和其他民警辅助部队一起投入战场。战斗中，里见他们发现有一支原肠动物的分队可能会对他们形成夹击，却没有其他人发现，於是里见无奈之下只好带著他的辅助部队擅自离开大队前去檄灭那个分队。结果却间接导致我堂团长的儿子死亡，我堂团长公报私仇，要里见独自一人去击杀毕宿五的左右手－－会用水银攻击的原肠动物“昴宿星团”。

在蛭子影胤的帮助下，里见莲太郎成功找到昴宿星团，并且和影胤联手消灭了它。但毕宿五也开始迁移，圣天子的火力支援下，仍也无法摧毁拥有不死之身的毕宿五。而当莲太郎回到营地时却发现我堂团长已死，根据规定，将由下一个IP排行最高的人接任团长之职，而那人就是－－莲太郎。莲太郎将最後决战的地点定在“回归之炎”，他能带领辅助部队顺利消灭毕宿五，拯救东京地区吗？

第三次关东会战即将揭开序幕，重要的电池却始终没有送到，但敌人已来到眼前，“细剑贯穿计划”仍是需要执行。莲太郎顺利将EP炸爆投入毕宿五体内，但没想到EP炸弹却哑火没有爆炸，唯一的解决方法是在毕宿五的体内深处造成直接的冲击，但如此一来就必需有人牺牲，莲太郎可以顺利引爆EP炸弹吗？这场大战又有多少人牺牲？人类赢得胜利了吗？