白垩纪是恐龙横行的时代，天空中突然出现了巨大的机器甲虫，将白垩纪的丛林搅得一团乱。不仅如此，各个时代都相继出现了这种机器甲虫。这种机器甲虫由一个少女操控，她被人追击，最后迫降在了2016年的日本。迟到的十四岁少年时夫目睹了机器甲虫穿越时空的过程，没想到自己就这样卷入了一系列的时间事件当中。

 平凡的初二男生时夫成为了时空管理局JJK的队员，过上了一边上学一边处理JJK事物的日常生活。这天，时夫正在上体育课，突然接到了JJK的集合通知。可怜带着时夫穿越到24世纪，在24世纪小宇宙时空库24里，时夫和可怜成为了搭档。他们这次的任务是去莱特兄弟所在的时代，在那里他们会遇见什么样的人和事呢？

时夫和可怜接到了通知称发现了桃太郎的真历史，于是时夫和可怜乘坐上机械甲虫，去探索关于桃太郎的真实历史。到了桃太郎的时代，时夫和可怜在河里发现了一颗大桃子，没想到大桃子竟然从河里站起来，原来那只是红鬼的屁股而已。红鬼向时夫哭诉，说自己被比恶鬼还恶鬼的家伙洗劫了，这个人到底会是谁呢？

 恐龙的真历史出现了，时夫和可怜来到恐龙的时代中生代去一查究竟。没想到刚一落地，时夫和可怜就被凶恶的恐龙袭击，在千钧一发之际，一个老爷爷现身救了他们。原来在中生代就已经有人类出现，而且这些人类还把恐龙当做自己的宠物来饲养。时夫非常羡慕，他也想养一头属于自己的恐龙。

 今天是万圣节，街上到处都洋溢着节日的气息。时夫收到了集合通知，时空管理局的大家都已经换上了万圣节的装扮。这次的真历史是跟万圣节有关的，可怜带着时夫来到了明治时代初期的日本鸟取沙丘。时夫很迷惑为什么万圣节要来鸟取沙丘，突然一个说着英文的男子出现，二话不说就开始给可怜和时夫出题。

可怜本来约时夫在涉谷八公像前集合，可是突然她又改变主意让时夫到时空管理局来。这次发现的真历史似乎与忠犬八公有关，他们来到了1933年的的涩谷车站周边，原来可怜约在八公像前面集合是有原因的。1933年的涩谷车站，忠犬八公还在这里等待主人的回来。可是真历史却不是这样，为了获得真相，可怜和时夫决定先去会会车站那只正在等待的狗。

 时夫正在对着电脑发呆，可怜突然出现在他家阳台上。这次真历史的反应跟美国有关，哥伦布当年发现的有可能不是新大陆而是别的东西。坏蛋三人组又在暗中计划阻止新历史的发现，他们出发前往加勒比海。与此同时，可怜和时夫也到达了西班牙的帕洛斯港口，这里就是当年哥伦布出海寻找新大陆的出发地点。在这里，可怜探测到了真历史反应。

  时夫正在买甜甜圈，突然收到了可怜的集合通知。今天的真历史反应是关于西顿野生动物故事集的，这本书是欧尼斯特汤普森西顿以自己的真实体验为基础写下的有关动物的各种故事。可怜和时夫来到了1898年的纽约，他们首先要去的是西顿的家。路上时夫发现这里的警官人手一只甜甜圈，原来1989年的纽约还没有24小时营业的餐饮店，值夜班的警官要吃饭只好到营业到深夜的甜甜圈店里来填饱肚子。

可怜和时夫来到了1961年的苏联拜科努尔航天中心，这里就是诞生人类史上首位宇航员尤里加加林的地方。真历史反应显示这里出现了异常，可怜和时夫来这里调查历史的真相。他们变装成受训的宇航员来进行潜入调查，没想到却遇上了同样变装潜入进来的恶党坏蛋三人组。

  可怜和时夫来到了1560年的日本尾张国，这里就是著名的战国时代。可怜和时夫发现了一座外形特异的城堡，这座城堡的外形神似一只独角仙，经过调查可怜发现这居然是织田信长的城堡。原来在真历史里，织田信长是一位非常喜爱昆虫的人，战国时代的国家争夺战其实就是昆虫争夺战。

时夫刚洗完澡就出现了真历史反应，这次的真历史是关于火枪传入的。火枪传入是指，火枪首次从外国传入日本，据说在1543年，葡萄牙人漂流到鹿儿岛种子岛，岛上的藩主买下葡萄牙人的火枪，这就是火枪传入的开端。可怜和时夫来到了火枪传入的时代，结果却发现藩主买下的不是火枪，而是葡萄牙人的内裤。

历史天堂社的恶党们对自己的工作有很多不满，今天他们也在老大的训斥下去给真历史捣乱。这次的真历史是有关圣女贞德的，时夫和可怜立刻前往去搜寻真历史。恶党们先到达了1429年的法国中部街区奥尔良，圣女贞德就是在这个街区大展身手的。可怜和时夫也来到了奥尔良，他们发现了贞德的身影，令人吃惊的是她竟然是个魔法少女。

圣诞节就要到了，时夫希望能收到最新的游戏机，还没等他许完愿，可怜就带着时夫去追寻新历史了。这次的新历史跟圣诞老人有关，他们来到了2016年的格陵兰岛，这里常年被冰雪覆盖，据说是圣诞老人的居住地。可是可怜为什么要带着时夫来到现代呢？关于圣诞老人的真历史又是什么样的呢？

新年初始恶党三人组去电影院观看忍者电影，刚看完就收到了老大发来的影像信息。这次他们发现了新历史反应是有关于服部半藏的，恶党三人组被逼无奈只得在新年假期中加班去寻找真历史反应。可怜和时夫也来到了1585年安土桃山时代的日本，他们要赶在恶党三人组捣乱之前追回真历史。

恶党三人组这次卯足了干劲，因为他们的老大说只要这次成功了，就可以吃到鳗鱼大餐。24世纪小宇宙时空库24收到了新历史反应，这次是有关毕达哥拉斯时代的。毕达哥拉斯是生活在公元前500年左右的古希腊数学家和哲学家，毕达哥拉斯为现代科学和数学带来了巨大的影响，是个超级数学宅。到了古希腊时代，可怜和时夫发现毕达哥拉斯竟然是个餐馆的店长。

现代日本开始流行说唱，时夫也想蹭个热度却被可怜吐槽。可怜收到了新的新历史反应，这次的新历史是有关伽利略·伽利雷的。伽利略·伽利雷是一位物理学家，同时也是一位天文学家，他发现了日心说，改变了人们一直以来的地心说认知。可怜立刻带着时夫前往伽利略的时代，他们会在那里发现什么新历史呢？

历史天堂社设有副业，恶党三人组在各时代肆意在Yo-tube上发布视频，借此来获得点击率。时夫在网上看到了恶党三人组的视频，他也想自己试试，结果被可怜抓了个正着。可怜带着时夫去发现关于三藏法师的新历史，他们来到了629年的中国唐代，三藏法师正在训斥不听话的徒弟悟空。

达了发现真历史反应的消息，可怜带着时夫来到了纳斯卡线条的时代，也就是现在的南美秘鲁。恶党三人组抢先一步到达了纳斯卡线条的出现地，但是他们不去探寻纳斯卡线条的秘密反倒开始对自己的现状吐起了槽。可怜跟时夫随后来到了纳斯卡线条的出现地，但是却没有发现纳斯卡线条的踪影。

今天是情人节，时空库24下达了探索新历史的命令，这次可怜和时夫要去搜寻关于紫式部的新历史。时夫的关注点完全不在新历史上，他只想知道可怜手里拎的巧克力会送给谁。可怜并没有把巧克力送给时夫，她带着时夫来到了紫式部所处的平安时代中期的京都，发现原来所谓的紫式部，竟然是一群疯狂热爱紫色的女子组成的社团。

时空库24调查到了新选组的新历史反应，可怜和时夫受令去幕府时代调查新选组的新历史。时夫对于穿越回幕府时代有点恐惧，因为他所知道的新选组是个强硬做派的组织，稍不留意就可能殃及到自己。突然一群穿着新选组队服的人们捂着脸边跑边喊例行检查，这群捂着脸的男人就是传说中的新选组。

时夫已经是中学生了，他不希望再跟着妈妈一起去买衣服，下定决心走进服装店，为自己选购一些能招桃花的好看衣服。正当他犹豫的时候，可怜现身带他去探寻真历史。这次的真历史反应来自于十八世纪法国国王路易十六的王妃玛丽安托瓦内特，她生活奢侈，大肆挥霍金钱，还广征税金，将国民坑的苦不堪言。这次可怜带着时夫造访十八世纪，关于玛丽王妃的真历史到底是怎样的呢？

时夫正在家里观看当时人类第一次登陆月球的视频，突然阳台上出现一个蒙面人，手里拿着一张写着“不能再继续跟真历史扯上关系”的纸条盯着他。原来这是可怜想出的恶作剧，时夫对此非常生气，愤怒的他想罢工。这次的真历史是有关阿波罗月球登陆计划的，时夫听到后瞬间有了干劲，立刻跟可怜一起前往了当时的美国。

可怜一直苦恼着一个问题，她一直找不到男朋友，她很怀疑自己的男朋友会不会是虚构的。恰巧时夫受召唤来到了24世纪小宇宙时空库24，刚好看到了可怜自哀自怨的这一幕。为了化解尴尬，他们赶紧去查看真历史。今天的真历史是关于南丁格尔的，可怜带着时夫来到了1820年的托斯卡纳大公国，恰巧碰到了南丁格尔夫妇。南丁格尔夫人正处于临盆状态，可怜就临时充当护士，去为南丁格尔夫人接生。经过一段时间的奋战，弗洛伦斯南丁格尔出生了。

这次的真历史反应是有关达芬奇的，坏蛋三人组盯上了这最后的机会，决心要大干一场。可怜和时夫也接到了任务，一起去探索关于天才达芬奇的真历史。坏蛋三人组先来到了1500年左右的佛罗伦萨共和国，发现有个奇怪的老头摆着维特鲁威人的姿势站在路中央，这是达芬奇一副非常著名的素描。比玛乔以为达芬奇是个三人组，没想到老头们报数后竟然有24个人，人称列奥纳多24。