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一向奉行节能主义，能不做的事就不做的折木奉太郎，因为姐姐的命令，只好加入了面临废社的古籍社。在那里，他遇见了对凡事都充满好奇的大小姐千反田爱瑠，奉太郎期望中风平浪静的高中生活，似乎眼看就要不保？
继福部里志之后，古籍社的最后一名社员，伊原摩耶花登场。同时身为图书委员的摩耶花，最近图书室有一件事一直令她百思不解。千反田一听说此事，难掩爆发的好奇心，立刻就找上了奉太郎……
这一话中将有型男学长远垣内将司登场。奉太郎决定要编社刊好按往例在文化祭时发行，并顺便调查千反田舅舅之事。为了得到古籍社的旧社刊，奉太郎用计逼得远垣内没有退路，忍不住当场发飙……
千反田邀请奉太郎他们到自己家里来玩，并一起从手边的资料来找出，千反田当年担任古籍社社长的舅舅关谷纯，后来为何离开学校的原因。古籍社四位社员每个人都要提出自己的推论，而奉太郎的推论是……
45年前事件的真相，知道这事真相的竟然是位意想不到的人物。这位人物和千反田的舅舅关谷纯之间，当年到底发生了什么？令当时年幼的千反田号啕大哭的原因，终于即将揭晓……
今天古籍社里气氛十分的糟。里志不知是哪里惹到了摩耶花，令摩耶花大发雷霆。但话题不知不觉转到了千反田为何从来都不会生气，这时奉太郎想到今天稍早似乎听到在隔壁班的千反田生气的声音，不禁好奇了起来……
温泉旅行篇。这一话中会有摩耶花的亲戚，善名姐妹登场。暑假期间，古籍社的四人一起到摩耶花的亲戚所经营的民宿泡温泉。在刚听过民宿内曾发生的不祥事件后，当晚摩耶花就看到了对面房间窗口悬吊的人影……
因为熟识的学姐的邀请，千反田找了古籍社其他社员一起去参加了即将在文化祭中上映的某部学生自制电影的试映会。但实际看过电影之后，四人才发现那部电影原来根本就还没拍完，而学姐其实也另有目的……
为了找出未完成电影真正的结局，拍摄电影的班级中有三位同学自告奋勇愿意担任侦探推理的角色。至于奉太郎他们这几个古籍社社员的任务则是，听过这三人的推理后，判断究竟合不合理……
最初提出试映会邀请，也是主导整件推理案的入须冬实学姐，这回竟然以暧昧的态度单独邀奉太郎喝茶。一向冷静沉着的入须学姐这不寻常的表现，老实说令奉太郎还颇为受用。但入须学姐邀奉太郎的真正原因又是什么呢？
奉太郎虽然提出了看似完美的结局，电影也因此顺利拍完，并受到同学们好评，但放映结束后，摩耶花、里志以及千反田却先后向奉太郎提出了他们对电影结局的质疑。奉太郎不禁也开始怀疑起自己的推论……
神山高中的文化祭“KANYA祭”，在学生会长的开幕致词后终于正式拉开序幕。原本应该是热闹开心的文化祭，但古籍社的四位成员不知为何却个个愁眉不展。原来是社刊不小心印得太多，30本变成了200本……
为了销出不小心印太多的社刊，古籍社成员纷纷开始想办法。千反田到处奔走看有没有社团愿意帮忙，里志则参加了猜谜大赛，好顺便在大赛中宣传。就在这时，摩耶花和河内学姐在漫研社起了冲突……
为了宣传社刊《冰菓》，除了留守的奉太郎外，古籍社其他三位成员都参加了烹饪研究社举办的烹饪比赛“WILD FIRE”。第二棒千反田的手艺绝佳，却因为做得兴起几乎把食材都用光了，令下一棒摩耶花陷入了困境……
在KANYA祭中，参加的社团纷纷遗失了东西，并且都在现场发现了以“十文字”署名的犯案声明。由于全校都对这位怪盗十文字产生了兴趣，古籍社便想说藉由找出怪盗身分，来打响知名度以推销社刊……
由于根据怪盗十文字的犯案逻辑，古籍社很可能便是他的下一个作案目标，这使得古籍社有机会让社长千反田接受午休时间的校内广播访问，加上壁报社的推波助澜帮忙宣传，顿时古籍社成了大家注目的焦点……
就在众目睽睽之下，古籍社还是遭到了怪盗十文字的毒手，被偷走了目标物，社刊的校毕原稿。古籍社看似落败，但也达到了目的，社刊因此销售一空。而且实际上，奉太郎也已经掌握了怪盗的真面目……
在一个平和的日子里，古籍社四名成员照例待在社团活动室里学习。这时飞过校舍上方的直升机，让奉太郎想起了国中时代的英文老师小木正清很喜欢直升机这件事。但是和奉太郎念同一国中的里志和摩耶花，却不记得有这样的事，令奉太郎心中不禁起疑……
千反田称赞奉太郎具有推理的才华，奉太郎反驳说其实凡事要编个道理出来很简单，那根本算不上是什么才华。就在这时，突然传来一段校内广播，奉太郎於是决定利用这段广播来证明，自己的推论是靠不住的……
奉太郎大年初一就被叫了出去。原来是千反田邀他一起去神社做新年参拜。参拜之余，两人也顺道探视了来神社打工担任巫女的摩耶花，却不小心被关在了仓库里……
还在念国中时，里志就曾拒绝过摩耶花做的情人节巧克力。今年的情人节又要到了，摩耶花找了千反田商量，立志这次一定要做出让里志满意的巧克力。但是到了情人节这天，原本放在社办的巧克力却不翼而飞……
奉太郎答应了千反田的请托，临时在“生雏祭”中扮演帮皇后雏娃娃撑伞的角色。但是到了会场一看，那里简直像是战场一样，每个人都忙得不可开交。偏偏就在此时出了状况，在游行队伍路线中的一座桥，竟然因施工而无法通行……
