中岛敦被赶出孤儿院，彷徨在横滨的街头。就这样横尸街头吗？不，无论怎样也要继续活下去——。下定决心去盗窃却失败了，而遭遇到了被河流冲走的奇妙的男子。这个不知从何飘来的疯子的名字是，太宰治。听说是异能力集团“武装侦探社”的社员。同时太宰的同事国木田独歩寻找着“食人虎”，知道些什么的敦瑟瑟发抖。那个虎正是，破坏一切的元凶。但是，他们想让敦协助他们的工作……。

敦虽然进了“武装侦探社”，但是却说着“自己完全不能控制那个异能力”来推辞。太宰说他也可以为敦介绍工作，便带他去某个地方。但是在路上，国木田被通知有紧急事态。奔赴侦探社的敦等人看到的是，成了人质的柔弱的事务员少女，和嚷嚷着“让社长出来！”的炸弹魔的姿态。对侦探社的怨恨？唯一，在犯人面前没有露过脸的敦，装成路过的报纸配送员在拼命地尝试说服他。

敦的入社试验合格了，正式成为了武装侦探社的一员。称为侦探修行的一环，挑战猜前辈的前职游戏，但知道太宰的前职的人一个都没有。这时，新的委托出现——。穿着西服的姿态出现的年轻女人，为了驱赶公司大楼的后面聚集着的奇怪之辈，说想要获取他们是走私者的证据。敦与谷崎、直美一起，去办只是监视的简单的首次工作，但……。

被太宰所救，好不容易从芥川的手中逃脱的敦，因为自己在黑市里被悬赏70亿的原因，知道了同伴被卷入了事件当中，产生了自责的念头。国木田也担心着“最坏的情况”，即便什么时候都显露着不动摇的姿态。不能再给受到照顾的人添麻烦——。决定从侦探社离开的敦，给假委托人·港口黑手党的樋口打电话。

尽管受到港口黑手党的武斗派“黒蜥蜴”的袭击，但武装侦探社轻松地击退了他们。按照国木田担心的“最坏的情况”，社员们被逼着收拾乱成一团的事务所。在此之中，敦被命令去乱步的工作现场。但是，对于连电车的乘坐方法都不知道的不懂世故的“名侦探”，稍微有点质疑。与在事件现场待命的箕浦刑警，和他的部下在被害的女性的遗体面前，乱步豪言道“一分钟以内就能解决”，但……。

到横滨来访的旅行客的行踪不明事件发生了，武装侦探社收到了匿名举报被告知被害者的住所。国木田依靠非合法的黑客田口六臓搜索情报源，但找到的，只有被害者的照片和称为“苍之使徒”的谜之话语。呼叫据说偶然也在11个被害者中目击到两人的司机兼情报屋的的士，敦一行人朝着目的地驶去。在太宰和国木田依旧展开无果的交谈中，不知不觉到达了奇怪的医院——。

从“苍之使徒”收到大规模的市区爆破预告。如果解除爆炸，武装侦探社会导致出现更多行踪不明事件的死者，同时，进一步让武装侦探社陷入丑闻之中。此战赌上了侦探社的存亡和荣耀，而太宰的话，在追求着之前从德废弃医院唯一救出的佐佐城信子的样子。在大学教授社会心理学的信子，说道这次的事件莫非与“苍之王”有所关联。那是，曾经被国木田逼得走投无路而最后自爆的恐怖分子。

太宰行踪不明，但是武装侦探社的社员们认为是“经常的事”并没有在意。此中，敦陪谢野晶子去买东西。但是，不知道黑手党何时何地会袭来。“从现在开始，要做一些小小的物理实验”——。列车里响着神秘的广播，乘客们陷入了恐慌之中。听这卑鄙的声音，是疯狂炸弹魔·梶井基次郎。敦为了寻找在车里安装的炸弹而奔跑着。在那里，一个少女出现了……。

为了利用超能力，少女・泉镜花被培养成暗杀者。天真无邪的镜花想把吃一次喜欢的高级汤豆腐作为揭开黑幕的条件。听着她的身世，敦变得更加地同情。但是，国木田问道，是否有背负她承担一切的觉悟。无论如何不能交给军警来处理，于是敦与镜花在横滨的街道中“约会”。那时，行踪不明的太宰被绑在港口黑手党的监狱。芥川叱骂身为“原上司”的他为叛徒。

太宰，与出现在监狱里的“原来的伙伴”中原中也交战。通过中也抱着的疑念，得知太宰如此轻易被抓，是为了寻找给敦开出巨额悬赏金的委托人。然而，敦已经在港口黑手党的手中。敦一边感受到芥川对自己的强烈憎恨，并在走私船上被运往交易地点。为了救那样的敦，镜花牺牲自己向芥川对抗。匆忙赶来的国木田，劝说他扔下镜花逃跑，但……。

芥川负了濒死的重伤，没有意识地昏睡着。由于敦的诱拐失败了，在作战的途中被消灭的组织的残党如今开始复仇，但守护“前辈”芥川的只有樋口一人。“我，不适合做这个职业――。”樋口哭想着，尽管如此她还是相信着自己的道路。另一方面，在武装侦探社，敦与宫泽贤治同行去往负责事件的现场。两人就这样进行着打听调查。敦对这个天生开朗，与街上的人们顺利接话的贤治感到佩服……。

给敦出悬赏金的黑幕，出资者正是名为“组合”的北美异能力集团的团长。仅作为下先手而访问武装侦探社的弗朗西斯，提出称之为赔罪的商谈，收买“异能开业许可证”，但理想高远的福泽对此拒绝。不过，他们一夜之间让七层楼的建筑凭空消失，以此作为无言的警告。紧接着，贤治行踪不明，直美也在街中消失了……。敦为了救出成为人质的伙伴，挑战露西的异能里空间。