在雾深的夜晚——。织田作之助前往“鲁邦”酒吧，而太宰治已经先到了。在那里，还与把走私品收购回来的坂口安吾会和了。这是个所属于臭名昭著的“港口黑手党”的男人们的往常之夜。但是，在那天以后安吾就断了消息了。同时，其中一个用密码保护的最高保管库被“Mimic”组织袭击。受到老大森鸥外亲自指令的织田作，开始着手调差安吾，但……。

织田作路过某个西餐店，不只是吃喜欢把什么都混在一起的咖喱。小孩子——在两年前发生的战争中失去双亲的孤儿们放在了店主那寄养。织田作寻求安吾的足迹，去往了和他第一次相遇的设施。另一方面，太宰去确认为了生擒Mimic兵而设陷阱的成果。但是，等待着他的却是无法说话的尸体。而站在那里的是部下芥川龙之介。

五大干部被召集起来，并被下达以港口黑手党全战力迎击犯罪组织Mimic的命令。街上受到奇袭的武斗派成员们展开战争，而Mimic的首领·纪德出现，并把芥川压倒。被织田作所救后，说出他似乎能预知的话。然后，夜幕降临——。来到往常的酒吧的太宰和织田作的面前，从Mimic之手救出，与谜之黑色特殊部队一起消失的安吾现身了。

因为安吾的居中调停，港口黑手党的首领·森鴎外与内务省异能特选课的最高指挥官·种田山头火长官进行会面。太宰对与Mimic袭来而开始做抗争的三个组织好不容易有了隐藏的想法。但是，孩子们遭到惨杀而失去梦想的织田作并没听从他的建议，仅仅一个人冲进敌阵。迎来了宿命之时，织田作和纪德，两人同样拥有未来预测的异能力的战斗，马上引起了奇妙的现象……。

相信着不杀人活下去的道路，镜花面临武装侦探社的初次工作，但却在派遣地引起了骚动。于是敦鼓励着垂头丧气的镜花。那时，本应该不会再响的手机响了，并被某人命令“夜叉白雪”，然后敦被刺中。声音的主人是港口黑手党的干部·尾崎红叶。来领回疼爱的镜花。国木田他们为了救援而赶去，武装侦探社和港口黑手党敌对者。但就在那时，组合（Guild）的异能力者们出现……。

玛格丽特·M和纳撒尼尔·H，守护着组合（Guild）作为据点的豪华客船。一封信飞到那里。上面写着“消灭船和两人的性命”，这是来自港口黑手党的老大·森鸥外的预告信。接下来船员绑住了一个可疑的男人――梶井基次郎。两人小看了梶井，不久后便知晓他所持有的真的异能。然后，在沉没的船上出现下一个刺客的身影……。另外鴎外还把中原中也和某个“礼物”一起派往武装侦探社。

受到港口黑手党泄密，组合（Guild）的约翰·S和洛夫克拉夫特出马诱拐在郊外避难的直美和春野。在危险的地方，谷崎以超越常见道德观的的爱去拯救。另一方面，敦和太宰为了保护逃跑的她们直到安全的地方而在车站等待着。注意到自己被监视的太宰，离开了敦身边把樋口和黒蜥蜴引出来。但是在那里，可以说是最坏的展开。鴎外解放了不祥的“Q”，然而――。

音讯全无的镜花挡在打算带走敦的弗朗西斯·F的面前，有生以来第一次决定“战斗”的想法浮现在心中的镜花，托着敦的手就跑。但是，对Guild的参谋长官路易莎·A的作战不能疏忽大意……。终于把敦强行拉到在空中漂浮的异能要塞中。然后，弗朗西斯·F将一直在寻求的“人虎”收于手中，并且还拘束了Q，还命令发动将横滨的街道陷于混乱之中的“紧急计划”。

侦探社与港口黑手党的共同斗争。敦那样荒唐无稽提案，劝动两组织的首领向密谈之地前进。但是，鸥外没有接受一时停战的请求。福泽牵制道“唯独今晚不要来碍事”。那个夜晚，等待着去夺回Q的太宰的，是组合（Guild）的陷阱，然后……。太宰和中也。实现仅一夜的复活，被称为黒社会最恶的组合“双黑”。那才是，鴎外最适合解决的。隐藏对付组合（Guild）的共同战线，反击的狼烟升起——！

“推理游戏的邀请”送到乱步手上。那是，坡6年前失败后为了得以雪耻而同乘组合（Guild）的远征船的挑战书。以赢了的话就说出“组合（Guild）的弱点”为条件，乱步和与谢野一同接受一决胜负。另外太宰，为了救出被军警逮捕的镜花而去看望入院中的安吾。然后，侦探社提出让敦单独潜入白鲸的作战，但……

寻找白鲸的控制终端的敦在船内奔走。但是，向敦复仇而燃起来的芥川在那里阻挡着。眼看城市就要毁灭的时候，对着说着我来杀你了的芥川，敦丝毫都不能理解，两人应该也没能互相理解。在太宰的指示下总算逃掉了，在那之前守护着控制终端的是——。极其背运的敦迎来了“最坏的状况”。在横滨的上空，激烈的战斗开始了。

通过敦和芥川的合作一击打破了赌上自己的一切的弗朗西斯·F的野心。但是，就在控制装置到手后放心下来的那一刻。不知何人，再次让白鲸向地面迫近。“还有方法”——。已经到此为止了吗并想要放弃的时候，传来了镜花的声音。打算让自己乘坐的无人飞机撞击，降落至大海。尽管，她的身体被连接着硬锁也……