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离开故乡空守村，在东京过著安稳大学生活的枸雅匡平，本想向系上同学日日乃告白，却因告白不顺而喝得酩酊大醉。回家路上，两人在电梯里撞见了惨死的屍体…另一方面，酿成某事件而遭幽禁的阿几，得知匡平离开了村子而逃狱。此外，能操控名为案山子的神明的匡平妹妹‧诗绪，也为了追捕阿几而来到东京…
诗绪一行人来到河边，进行名叫玖吼理的案山子的操纵训练。同一时间，大学的真‧科学社社办发生爆炸，空张久羽子及社员都失去了意识。听见爆炸声，诗绪操纵著玖吼理想要救助两人。久羽子就是正在追查案山子事件的刑警‧恭助的女儿…
捕缚阿几后，工作人员带着他准备回村。但阿几却再度逃亡…日日乃带着诗绪一起上街，玖吼理再次引发了一场骚动。另一方面，逃亡的阿几跑来见匡平，以日日乃要胁匡平并惹怒了他。之后日向家的勾司朗也为了捕捉阿几来到了东京…
被勾司朗与阿几的战斗波及的久羽子，为了问出案山子的事而将倒地的阿几带回家中。在久羽子的住处与阿几对峙的匡平，被提及往事而当著日日乃的面大发雷霆。当他们追著再次消失踪影的阿几时，遇见了与诗绪长得一模一样的男孩子…
玖吼理和武未祸槌在街上大打出手。激斗之下两具案山子都大受损伤。由于案山子只能在空守村修复，因此匡平等人带着玖吼理前往村子。另一方面，和诗绪一模一样的男孩‧桐生也回到日向家，因弄坏武未祸槌之事而被宗主严厉斥责…
武未祸槌与玖吼理同样被送到了修理案山子的器师‧霭子家。诗绪从枸雅家的宗主口中得知，原来桐生是她的双胞胎弟弟。在日向家饱受虐待的桐生，被勾司朗以搭挡的名义收养回家。为了和弟弟桐生和睦相处，诗绪烦恼著该如何展现姊姊的一面…
匡平对日日乃道出了在空守村的往事…来到村子任教的女教师‧千波野，与孤独的阿几变得亲近。但阿几同父异母的兄弟‧笃史却执拗地纠缠著千波野。违逆村子规矩的千波野受到孤立。某一天，笃史操纵暗密刀攻击阿几，却被千波野挺身相护。当暗密刀回到过去的操纵者阿几之手的瞬间，悲剧发生了…
满心期待著初体验的海边，诗绪一行人来到了渡假小屋。但渡假小屋却不幸屋漏偏逢连夜台风，房子被吹毁，使得诗绪不得不操纵玖吼理进行救难…某一天，日日乃在图书馆撞见了阿几。目赌这一幕，诗绪便操纵玖吼理进行攻击。对於阿几所说的「我们的神只会杀戮跟破坏」，诗绪不禁思考神明存在的意义…
霭子为了为案山子定期维修而来到东京。另一方面，一直在调查案山子的久羽子追溯到了空守村，於是便逼问同居中的阿几。匡平则是思考著诗绪与桐生的事，计画著透过勾司朗让两人合好。本以为诗绪和桐生的的会面能顺利进行…
诗绪和桐生和好的场面上，真昼操纵著祸津妃出现捣乱。为了见匡平而出村的真昼，对匡平以外的人视若无赌。被勾司朗问及与真昼的关系，匡平道出过去与阿几、真昼三人遭遇了神秘案山子的往事…
听阿几说日日乃是匡平的女友，真昼大为激动。对此一无所知的日日乃在与霭子出门购物的途中，突然遭到真昼绑架。真昼出现在慌张的匡平面前，苦苦哀求他与自己一起回村…
发觉日日乃遭绑架，久羽子便前往搭救。但却在现场与平城遭遇并不慎开枪，之後逃离了现场。而真昼则是再次出现在日日乃面前…
想要救助日日乃的匡平，跳到了失控的祸津妃身上。在战斗当中，玖吼理也突然变得不听诗绪命令，将先前占上风的祸津妃逼得走投无路…
