膝丸灯为了救心上人百合子，参与地下格斗会，使自生能力觉醒。突然两位神秘人找到他，告诉他百合子已死的消息。膝丸灯悲愤欲绝，神秘人米歇尔和小町小吉邀请他加入U-NASA火星探测队。为了拯救和百合子得相同病的孩子，膝丸灯决定接受人体改造，前往火星，获取A.E病毒的样本，和伙伴们一同对抗外星物种。

A·E病毒在地球流行起来，U-NASA决定在病毒流行前制作出疫苗，大型宇宙舰ANNEX1号背负着拯救人类的使命驶向火星。希拉喜欢舰长小町，她的爱慕之心所有人都看在眼里。经过39天的漫长旅程，ANNEX1号顺利进入火星大气层，所有舰员将要登陆火星。这时大家遭到火星蟑螂的突袭，众多队员遇难，计划眼看就要失败了…

火星蟑螂袭击ANNEX1号，破坏舰员们用来增强体质的药物。舰长小町向总部反映情况，他发现一切都是设好的陷阱，此时ANNEX1号主引擎发生故障，向火星坠落。小町和米歇尔及其他同盟国干部合力抵抗，杀死舰上的所有蟑螂。大家依次登陆火星，其他班成员都安全着陆，第六班却被蟑螂围攻，陷入险境。

小町带领马尔克斯和庆次，准备活捉一只落单的蟑螂，没想到蟑螂使用调虎离山之计，趁小町离开袭击飞船。关键时刻，希拉用手枪制服并活捉蟑螂，却被蟑螂喷射出的超高温气体杀害。小町发现蟑螂们已经掌握了BUGES手术，并加以利用。面对强敌，队员们该如何是好，所谓的MO手术又是什么呢？

马尔克斯得到白额高脚蛛的能力，为了给希拉报仇，他到处虐杀蟑螂。马尔克斯体力不支，关键时刻小町出手相助。米歇尔是BUGS2号舰长多纳特洛的独生女，她的子弹蚁能力遗传自父亲，爆炸蚂能力则通过后天的MO手术获得，拥有两种能力的她无疑是地球的最强战力。灯一直没忘记来火星的目的，他活捉蟑螂，希望能尽快研制出疫苗。

阿莱克斯不敌腿部异常发达的蟑螂，蟑螂趁机驾驶飞船离开，船上的队员惊慌失措。灯得到大蓑蛾的能力，他用最强韧的丝帮助队员脱困，并与拥有异能的蟑螂决战。在另一边，米歇尔被龙虱缠住，双双掉入海中。身为陆地生物的米歇尔，极限活动时间只有两分钟，这么短的时间内，她能成功脱困么？

米歇尔和灯联手干掉了龙虱，日美联合第二班暂时脱险，此时罗马第六班和日美联合第一班发出求救信号。北欧第三班同样被蟑螂袭击，班长阿西莫夫的女儿感染由“火星异种”起的未知病毒，危在旦夕。因此阿西莫夫十分憎恨蟑螂及其背后隐藏的黑幕，他超强的螃蟹能力带领队员们轻松突围。

幼年时无依无靠的阿道夫被军队收留成为M.O手术的实验体，阿道夫受尽折磨，变得不人不鬼，最终获得了电鳗的能力。阿道夫虽然可以去上学，但要接受严密监视和身体检查。在这种情况下，一位名叫罗莎的女人闯入他的生活，并成为他的妻子。某日阿道夫意外发现罗莎出轨，就连孩子也非他亲生，面对如此事实，阿道夫该何去何从……

阿道夫始终无法原谅妻子出轨，他把所有的压力倾注在战斗中，疯狂宰杀蟑螂。此时高智慧蟑螂领袖带领训练有素的蟑螂军队出现，众人被围困陷入危机。阿道夫寡不敌众，几乎丧命，众队员拼尽全力保护他。失去意识的阿道夫靠A.E.D.苏醒，他爆发出坚强意志与火星异种激烈对抗。

阿道夫使用落雷并未杀死蟑螂领袖，队员们都被捕获，仅剩伊娃和阿道夫两人。伊娃本是富家千金，却因经济危机被父母强行卖给U-NASA。阿道夫早已精疲力竭，他为了保护伊娃死在蟑螂的飞石攻击下。由于阿道夫的心脏停止时间过长而引发了他体内的自爆装置，最终全员都自愿死在了爆炸中。

庆次作为一个朴素的拳击手却有着不凡的成就，成为世界轻量级冠军的他依旧每周回家看望病重的母亲，就在他前途大好的时候视网膜却脱落了。因为眼睛的问题庆次放弃的拳击，而母亲也因病过世，在接受人体改造时他选择了视力最好的生物，因为他想从本岛看到母亲长眠的小岛，如今踏上火星上的他再次找到了出拳的理由。

小吉舰长眼前的蟑螂所掌握的BUGS手术是蚕蛾，而这本应该属于他深爱着的秋田奈奈绪，这场对战让他的思绪回到了从前。欧洲第三班调查的金字塔其实是火星异种的仓库，他们意识到蟑螂们已经掌握了很危险的武器，而前来火星的某个班已经叛变。用作飞船推进器的燃料罐攻向了日美第一班，缺少药物无法变身的队员们在火海中又遭遇了大批蟑螂的攻击。

一班二班已经汇合，由于人为干扰，火星与地球的通讯完全中断，此时上千只蟑螂包围了漆丸灯等人。在救助舰到达前的39天里，为了灭杀蟑螂，每个人的能力都运用极致。然而地球方面，并未依照计划发射救助舰，而蟑螂一早就知道ANNEX1号的整个计划，战士与阴谋家的战斗开始……