人理延续保障机构.迦勒底，长年观测到诸多证据证实2017年人类即将灭绝，为了延续人类的生存，迦勒底进行制造亚从者实验，以获得对抗威胁的武器。罗马尼不忍心实验体──名为玛修的少女饱受肉体折磨又要背负如此沉重的责任，自愿担任她的主治医师照顾她。

藤丸和玛修在Dr.罗曼和达.文西的安排之下，进行了第七次圣杯探索。这次探索的时代是公元前的世界──美索不达米亚文化。突然冒出大量的魔兽袭击而来，藤丸和玛修奋力抵抗才得以脱困。魔兽泛滥的问题，正在侵蚀这片原本繁盛昌隆的土地。

在恩奇都的带领之下，藤丸和玛修慢慢地朝着乌鲁克前进。在浓密的森林里遇到了迷路的旅人，带着名为安娜的小女孩，藤丸等人自我介绍之后，旅人表示恩奇都早已过世，眼前的恩奇都应该是个假货，此时恩奇都突然露出诡计被揭穿的面貌，气氛突然紧张了起来，三方人马进入备战状态。

吉尔伽美什王是个性格阴晴不定的人，不但不愿听从藤丸表达来意，反而要藤丸拿出实力一战。战败的藤丸虽然暂时无法晋见王，王仍然下令辅佐官西杜里照顾藤丸等人基本所需，并且安排工作让他们调节乌鲁克生活。在乌鲁克地下的空洞地区隐藏着许多恶灵，安娜猜测……

来到乌鲁克已经一个月，在藤丸和玛修的努力之下，吉尔伽美什王终于主动接见，并给予他们调查远方城市──乌尔市的机会。穿过闷热又茂密的丛林，藤丸一行人抵达乌尔市，但市区内却没有受到魔兽侵扰。藤丸对乌尔市民说救援队很快就会引导他们去乌鲁克避难，但是乌尔市民表示不需要救援？

吉尔伽美什王亲自指派任务给藤丸，而且指定只要藤丸和玛修两个人去。这次的任务是波斯湾观测站的水质调查，调查工作之余亦能欣赏波斯湾的美景。根据Dr.罗曼所说，第七特异点的规模是史上最大的，正当玛修对此感叹不已的时候，雷达上出现一个不明目标以时速500公里的速度朝藤丸等人接近。

北部壁垒地区的战事持续，列奥尼达将军等人死守前线。吉尔伽美什王命藤丸前往库撒，回收以前留在那里的天命泥板。藤丸一行人来到库撒，发现那里仿佛时间停止一般，整座城市陷入一片死气沉沉的寂静。梅林提议分头去找泥板，突然间藤丸的生物反应消失在迦勒底的监控屏幕上。

受吉尔伽美什王之托，藤丸等人来到北部壁垒，战场前线的规模已经发展到一个城市的大小。面对各种魔兽不定时的侵扰，藤丸和玛修首次见到斯巴达王列奥尼达英勇奋战的姿态，以及利用吉尔伽美什王财宝为燃料的巨炮──神权印章。军队来到尼普尔，沿着满地血痕循迹前进，在那尽头站着的是……

魔兽之母──迪亚马特降临尼普尔，同行的军队死伤大半。梅林本来打算用梦魔血统带来的不死之身，与迪亚马特一较生死，却发现迪亚马特拥有将万物石化的魔眼…。面对魔兽女神强大的破坏力，连玛修的盾牌也挡不住女神的攻势。此时，晴朗的空中，突然落一下一个熟悉的身影。

魔兽母神一战之后，我方损失惨重。吉尔伽美什王察觉戈尔贡在意的并不是人类，而是其他的女神，便想到一个计策企图分裂三女神同盟。王拿出巴比伦宝物库中的秘密武器，命藤丸立香一行人前往女神伊丝塔所在的艾比夫山。伊丝塔依旧是一副傲慢的态度，直到藤丸亮出王的秘密武器……

此行藤丸等人顺利带回女神伊丝塔，吉尔伽美什王表示肯定。打倒戈尔贡的对策，重点放在的传说神具，据说神具被保管在乌尔更南边的都市─埃里都。关于南方女神的情报，伊丝塔终于松口告诉众人，南方的女神就是羽蛇神魁札尔.科亚特尔，语毕此时南门传来一声巨响。

藤丸一行人出发前往埃里都找群马尔杜克的手斧已经经过一段时间，政务繁忙的吉尔伽美什王早已耐不住等待的煎熬。在太阳神殿前，女神魁札尔.科亚特尔早已站在门口迎接藤丸，在玛修等从者们联手牵制魁札尔之际，藤丸趁乱登上太阳神殿，准备举刀破坏太阳石的瞬间，他突然选择放弃战斗。

连日操劳的吉尔伽美什王，竟然在宝座上失去意识，甚至陷入永远的沉睡之中。西杜丽沉浸在失去王的悲伤，却舍不得将王下葬。除了王之外，乌鲁克市内接二连三发生民众衰弱致死的案例，魁札尔表示很有可能是三女神同盟最后一柱所为，所有的人把视线集中在伊丝塔的身上。

藤丸一行人深入冥界，遇见埃列什基伽勒，周围的空气变的冷冽，使得藤丸的凡人之躯逐渐衰弱，即便如此，藤丸依旧诚挚地邀请她一起拯救乌鲁克。长年独自管理冥界饱受孤独之苦，并且内心充满怨恨的埃列什基伽勒，对藤丸的请求充耳不闻，甚至觉得自己受到侮辱而大发雷霆。

回到乌鲁克，安娜前来迎接藤丸等人去神塔晋见王。距离戈尔贡来袭还有两天，北部壁垒正在集结兵力准备决一死战，无奈杉木林内的魔兽数量是我军的十倍以上，吉尔伽美什王认为照这情况，人类势必毫无胜算，便改变作战策略，要求藤丸和梅林带着马尔杜克神的手斧直捣鲜血神殿……

安娜表示，打倒戈尔贡就是她被召唤这片土地的理由，她用魔眼控制住戈尔贡的行动，配合镰刀的攻击，一连串的攻势让戈尔贡几乎招架不住。梅林说戈尔贡以圣杯之力取回过去的神性，但是并非圣杯的持有者，真正的圣杯持有者另有其人……

被拉赫穆一击穿心的金固，发出了圣杯的光芒。夺走圣杯的拉赫穆变得更强壮，甚至长出一对翅膀，企图将圣杯送往迪亚马特手中，伊丝塔赶紧使用飞行能力追上前去。剩馀的拉赫穆聚集起来追杀身负重伤的金固，在金固无处可逃陷入绝望的时候……

迪亚马特神的体内存在十分强大的力量，加上海面源源不绝诞生的拉赫穆，即便伊丝塔使尽全力，仍然不见奏效；而敌方数次来袭，我方阵营的人数却急遽地骤减。在束手无策之际，藤丸想到了唯一一个能打败迪亚马特神的方法，但是身为成败关键的伊丝塔却犯下严重的失误。

藤丸和玛修内心满满的自责，认为迪亚马特神苏醒都是自己造成的，但吉尔伽美什王说预言早已预知乌鲁克的毁灭，这是无法改变的事实。眼下能做的就是，想办法阻止迪亚马特神的前进，为冥界开门的准备争取时间……

戈尔贡突然现身，即使如此仍然未能阻止迪亚马特神的黑泥入侵乌鲁克城内。众人齐心协力牵制迪亚马特神，终于争取到时间让冥界成功转移到乌鲁克地下，眼看迪亚马特神坠入冥界，胜利就在眼前，但是混沌之潮突然开始大量涌出侵蚀冥界。

众人努力之下，迪亚马特神的力量终于渐渐衰弱。然而，此时迪亚马特神却放出固有结界，企图吞噬整个冥界，消灭所有的从者，埃列什基伽勒放出宝具──发热神殿钳制迪亚马特神的活动，在那个结界里能够给予伤害的，只有身为人类的藤丸立香。

大战结束之后，藤丸和玛修回到地面，急忙确认大家的安危。消灭迪亚马特神之后，趁迦勒底还在做灵子转移准备工作，藤丸和玛修决定用仅剩的时间向众人一一道别。最后来到乌鲁克神塔向吉尔伽美什王致意，王表示认同藤丸的实力，并送他一个饯别礼……