主角苍真就读的学校出现学生离奇失踪事件，苍真和同伴在调查期间，西园寺和蛭田也失踪了。苍真和吴羽在等待雾谷和椎名时，苍真向吴羽告白失败，之后 遇上一只怪兽和兽人。另一方面，雾谷和椎名在出门时看见很久没有绽放的樱花居然盛开了，正当他们感到奇怪的时候，雾谷回想起古书中的记载。 而苍真协助兽人Mao打倒怪兽后，却被卷到异世界。在途中，苍真在一个奇异空间遇见ZERO，ZERO说出要苍真代替他来守护世界后，便消失了。苍真和吴 羽刚到达异世界，便被很多怪兽追杀。苍真拼命保护吴羽，二人也差点送命，最后苍真在吴羽身上得到“灵剑 - 雪月华”，勇猛地打退敌人。

刚到达异世界，连现在的情况也搞不清便遭受袭击的苍真，得到从吴羽胸口中出现的“心剑”后，以压倒性的力量击退怪兽。一个路过的狼兽人知道苍真是是 心剑士后，便邀请二人到兽人国・セイラン在这个世界被称为“救世主”的“传说中的心剑士”正是苍真，他受到セイラン国的宰相请求，希望能借助苍真的力量。 苍真看见战争令生灵涂炭，人类和兽人们都因而受苦，就答应了他的请求。然后，苍真到达了战场的最前线，正当他打算出手的时候，却看见好友雾谷的身影在战场 上出现，双方也感到错愕万分。

在战场上重遇好友雾谷的苍真，因为互相的立场已经不同了，他们现在已经是敌人，不得不拿起心剑，挥向对方。在打斗途中，苍真的心剑突然消失了，因为 一直暗恋雾谷的吴羽，受不了他们要战斗。苍真和吴羽因为雾谷的说话而开始怀疑セイラン国的宰相。宰相察觉到后，便挟住吴羽为人质，然后离开了失去吴羽和心 剑的仓真大受打击，没有听到雾谷的劝勉，一个走到荒野。在荒野中，他仔细想了很久，发现自己并没有讨厌雾谷，只是看不顺眼雾谷一直不知道吴羽的心意。后来 他终于想通了。当前往拯救吴羽的雾谷等人面临危险时，苍真出现了并和大家一起合力逃脱了。之后，苍真提出要跟雾谷再比剑，要求吴羽给他心剑，并说这是最后 一次。这一次，他们也没有分出胜负，因为苍真在途中把心剑交了给雾谷，同时把吴羽推向他，自己则再次离开了。苍真去了找セイラン国的宰相，打算杀了他，但 被捉住了，并快被置以死刑。在危急关头，セイラン国的营地遭到袭击。苍真被波及，生死未卜，不知去向。

苍真遇袭的消息传到雾谷等人耳中，他们十分伤心并后悔莫及，都认为是自己的错。但在此时，他们遭受魔装錬金帝国的袭击，更发现以前的朋友西园寺春人 成为了那个王国的皇帝。雾谷并不想跟他战斗，他们迫不得意地逃走了。而苍真其实并没有死，而是被ZERO救了。ZERO再次说出要苍真代替他来守护世界， 并把手中的其中一只双龙戒指交给苍真。苍真还是对自己没有信心，但也无奈地去了看世界的现况。途中受到铁人春人的袭击，苍真最后为了救拉萨拉斯，终能再次 拔出琉娜的心剑“圣龙剑”，击退了铁人春人，并重拾自信，开始重新思考自己今后的去向。

苍真和琉娜，拉萨拉斯混入了被暗之力污染了的妖精森林中观察，遇上同是ZERO以前的同伴-艾尔薇。艾尔薇协助他们逃离森林，并跟随了他们。而雾谷 和铁人春人再次对战，在中途雾谷和泽库蒂掉进地下，二人单独相处了一会儿，产生了某种感情，最后被众人救出。另一方面，苍真等人找到蛭田改造黑暗妖精为士 兵的研究所，苍真发现她原来是双重人格。在战斗中，苍真得到艾尔薇的信任，并成功从艾尔薇身上拔出心剑，再次获胜。

雾谷等人凭着自身的知识暂时击退铁人春人的部下。而苍真等人则到达了炎热的沙漠，沙漠中有一间异常冰冷的冰屋，苍真在这里遇上了ZERO以前的同伴 －冰之魔女，但她对持有双龙指环的苍真抱有怀疑，对苍真的态度冷淡。因为泽库蒂失控逃走，铁人春人和部下四出寻找遇到苍真等人，两方再起冲突。在战斗中， 苍真同时从琉娜和艾尔薇身上拔出心剑，两手各持一把心剑。而苍真最终亦能得到冰之魔女的承认，并成功从其身上拔出心剑，更把属于蛭田的心剑破坏，令蛭田能 变回以前的蛭田。失控的泽库蒂则遇上雾谷等人，但雾谷认定一切都是蛭田和铁人春人的错，更向蛭田挥剑，在此时，苍真出现并指雾谷正在做跟铁人春人一样的事 情，更表示自己不属于任何一方的势力，也没有打算偏袒哪一方，自己只是作为一个世界的看守者而存在，但不会容许有人破坏这个世界。说毕后，苍真回到同伴们 身边原来ZERO来找他们，苍真不再要求ZERO解释一切，因为他已经开始明白自己背负的使命和今后自己该做的事。

明白了自己去向的仓真相约了雾谷和铁人春人，过去的同伴到光风馆，希望可以说服他们令他们不再战斗，合力令这个世界回复和平，但以失败告终。雾谷和 铁人春人的最终决斗终于到了，仓真阻止他们不果，而就在铁人春人快要杀死雾谷之际，泽库蒂出现为他挡了，泽库蒂临死前说自己会化成风，一直默默地守护雾谷 和铁人春人，希望他们不要再战斗。而泽库蒂的死，却同时令泽库蒂的哥哥，铁人春人的部下-基鲁雷因失控。他要把没有泽库蒂的世界完全毁灭，令所有人陷入黑 暗。

世界被黑暗力量形成的冰封着，被ZERO救了的仓真，跟ZERO一起回到光风馆。就在等待艾尔薇等人回来的时候，ZERO终于说起自己的过去。曾经 有一个名为西昂(Xion)的少年，失去记忆的来到这里，遇上了不同的同伴，组成了白骑士团，拯救了当时快将灭亡的世界。但原来西昂手中的双龙戒指却是象 征混沌，而佩带它的指引者则会把世界指向毁灭。当时的琉娜被混沌入侵了，西昂误杀她后，以自己的身体去阻止混沌的行动，黑暗化的西昂杀死了拉萨拉斯。此 时，玛奥叫出了他的名字，唤回西昂内心对秩序的渴望。西昂最终没有成为混沌，而是混沌和秩序两者共同存在，令他不再是人类，成为ZERO。亦因如此， ZERO要苍真代替自己，他害怕自己体内的混沌总有一天会失控。仓真闻言后安慰他，说出他还有同伴的支持，同伴会在他的身边，艾尔薇等人回来后，让苍真加 入了白骑士团，并推举苍真为代理团长。

仓真和艾尔薇一起去找铁人春人，希望可以合作退敌。但铁人春人只是把象征希望的一个容器交给仓真然后就协助仓真和艾尔薇逃走，自己则被基鲁雷因捉 住。仓真在逃走时被一只迷样生物救了，回到光风馆时却发现ZERO已走了。而为了答谢拉古那村的矮人的帮助，白骑士团为保护他们的村子而战斗，在过程中， 仓真除了跟艾尔薇和琉娜有很好的合作，也从拉萨拉斯的身体拔出心剑。仓真为了世界而努力，但雾谷却仍然沉醉在悲伤中。

平安无事的玛奥终于与仓真重遇，雾谷等人亦到达了光风馆，仓真把象征希望的泽库蒂交给雾谷，令雾谷很开心，并回复正常。仓真向玛奥解释一切，说明琉 娜和拉萨拉斯已经复活了，不过被西昂杀死却是事实。玛奥想跟ZERO说清楚，但仓真也不知道他在哪里，所以说是自己不让他们见面，担心会对ZERO造成影 响。但ZERO当时正在门外，听到他们的对话，内心动摇了。仓真和雾谷所有人为了拯救世界而联手，希望解除天风之塔的封印，在风之精灵王的带领下，他们向 菲利亚斯北方的森林进发。在途中，仓真跟玛奥单独相处时，觉得玛奥仍很在意ZERO的事，打算把双龙戒指交给她，不小心掉进河中，同时遇上铁人春人的部下 -基德，其实基德是被黑暗力量控制了的王子，最后仓真从玛奥的身体拔出了心剑“圣兽刀-狮子王炎舞”，解放了基德的灵魂。仓真载回戒指，玛奥也解开了心 结。

仓真和雾谷等人终于到达了妖精的圣地，遇到瑟蕾丝蒂亚，泽库蒂得到风之精灵王赐予力量，成为天风之巫女，解除了天风之塔的封印。但世界还未回复正 常，一行人因而要前往基鲁雷因所在的黑之塔，要把他打倒。但因为被结界防阻，他们要利用蛭田的研究所中的传送器。到达后，蛭田却被黑暗人格所控制。为了平 安地救出蛭田，仓真拔出心剑黑暗蛭田的心剑，再由雾谷将之破坏，而途中雾谷拔出了吴羽的心剑，最后成功打败黑暗蛭田，令她取回身体。全部人为了救出西园寺春人和打倒基鲁雷因，向黑之塔出发。

众人来到黑暗之塔………看到西园寺春人被囚禁在保护罩里面………各人没办法 ，最后蛭田丽亚做到了

西园寺春人和蛭田丽亚为了让森林恢复美貌而留在了异世界的森林里。秋月苍真为了真麻（玛欧）留在了异世界，最后另外的三人回到了那边的世界