宗吾住在因吉夫特矿石采掘而繁荣的小镇，收集稀少矿石正是他的乐趣。某天，宗吾挖掘出一块罕见的红宝石，而红宝石里似乎蕴含着未知的力量。就在此时，宗吾被卷入同级生佳音、罗曼、欧特三人引发的骚动，迷失在矿山深处的地底湖。在这里，宗吾遇到了一位不可思议的蓝发少女。

宗吾和佳音救下了昏迷的神秘少女，在双方机甲的战斗中，千钧一发之际逃出岩洞。宗吾把神秘少女菲莉亚带回了家，在美食的引诱下，菲莉亚终于醒了过来。菲莉亚对这里的一切都十分好奇，而她的身份也疑团重重。宗吾发现跟着他们一起回来的还有一只会说话会变形的石头。

宗吾一大早就跟莫拉吵吵闹闹，最后莫拉还掉进了正在炖煮的汤锅里，多蒙盛怒之下把他们全部赶了出去。到了外面莫拉还跟宗吾拌嘴，说着说着就提起了宗吾的纹章，一想到纹章能带来这么大变化，宗吾就觉得忧心忡忡。佳音提议大家一起去街上逛逛，这样既能制止宗吾和莫拉拌嘴，也能让菲莉亚多开开眼界。

菲莉亚担任了多蒙店里的看板娘，她用能力来招待顾客，客人们都非常满意她的服务。晚上关店后，新闻里宣布观测到了四十年不遇的异常暴风雨现象，这次台风预计两三日内就会登陆靛蓝花园，多蒙为此非常担忧。店里的屋顶还开着大洞，必须要赶在台风来之前把屋顶修好，不然屋子会因为台风而倒塌。

独自一人看家的菲莉亚被神秘组织抓走，宗吾赶回家时菲莉亚已经不见了踪影。莫拉着急的想去营救菲莉亚，但它体型太小什么也做不到。宗吾让莫拉先冷静，他带着莫拉出门营救菲莉亚。路上莫拉感知到了菲莉亚的存在，他们追随而去，发现菲莉亚被关在一座巨大的装甲车里。

菲莉亚被抓走的时候看到了一些奇怪的景象：红色的城堡和发光的圆环，莫拉觉得那就是深渊的祭坛。宗吾决定去那里一探究竟，说不定在那里可以弄清楚菲莉亚的身世。菲莉亚的身体开始成长，这是她体内的力量溢出的表现，只要到达深渊的祭坛，菲莉亚的成长应该就会停止。于是，宗吾带着佳音、菲莉亚还有莫拉一起向深渊的祭坛出发了。

宗吾一行在前往深渊的祭坛的路上发生了车祸，这都是因为罗曼硬要带着他那巨大的机器跟上来。正好附近有个涌泉，宗吾他们决定借此机会休息一下。在众人休息时，菲莉亚看到了一只蝴蝶，这只蝴蝶勾起了菲莉亚那模糊的记忆。随后宗吾一行重整上路，但是机车却抛锚了，大家只好就近休息，隔天再出发。

大家终于见到了菲莉亚所说的发光的圆环，菲莉亚的力量不断涌出，形成了这个发光的圆环，莫拉认定深渊的祭坛就在圆环里。如何进入深渊的祭坛成了目前的难题，罗曼提议走水路，只要建一艘木筏，就可以用机器人R7带着走水路移动。大伙忙着建造木筏，多蒙突然现身也加入了队伍。

宗吾半夜趁着大家都在熟睡中，单独带着菲莉亚向发光的圆环进发。宗吾是因为跟多蒙吵架才脱离了队伍，他固执的认为多蒙有时候的态度非常冷漠。菲莉亚误以为多蒙是宗吾的爸爸，她努力想劝说宗吾消气。无奈之下宗吾说出的自己小时候的事，多蒙其实是宗吾已逝的妈妈的好朋友。

宗吾一行人来到了深渊的祭坛附近，这里漂浮着很多粉色的石头。菲莉亚觉得很不可思议，这里给她一种似曾相识的感觉。前往深渊的祭坛的路非常陡峭，菲莉亚差点在路上滑倒，幸好有宗吾相救，她才没有摔下去。被宗吾救了之后的菲莉亚变得很奇怪，路上那些粉色的石头随着菲莉亚的心情不断的发光，这到底是怎么回事呢？

菲莉亚被抓，宗吾前去营救却被菲莉亚拒绝，这中间一定有什么原由。菲莉亚被带到马格尔夫的面前，这位老者的言语中透露出菲莉亚并不是人类，但菲莉亚却对此毫不知情。另一方面，宗吾再次借助莫拉的力量去营救菲莉亚，但是关押菲莉亚的行政机关安装了立场护盾，想要闯入变得十分困难。

宗吾和莫拉费尽千辛万苦，终于将菲莉亚救了出来，不料敌人发现宗吾才是“钥匙”，于是抓走了宗吾。飓风来袭，众人紧急避难，菲莉亚乘着莫拉追击敌人。敌人正是土星之天使的守护者，他的目标是夺取天使的力量，创造一颗新的星球。眼看土星就要撞向吉夫特，菲莉亚拼尽全力，向宗吾传达自己重要的话。