21世纪初，世界突然出现了奇怪的门扉“黑点”，一种被称为“Z/X”的异形生物从中涌现而出，他们在世界各地散布死亡讯息，由此，人类与Z/X展开了激烈战斗。三年后，神户的北部和西部分别遭到了来自赤之世界的攻击，为保护神户，少年天王寺飞鸟加入战斗，激战中远处的神户出现了……事情回到一周之前的平安夜，飞鸟从一名不可思议的少女手中接过了“卡片装置”后，他的命运开始发生巨变……

当飞鸟正在为从天而降的受伤天使发愁时，一个名叫上柚木绫濑的少女带着她的Z/X罪伽出现在飞鸟面前并企图狩猎天使，期间，飞鸟利用卡片装置成功捕获天使，使其成为了自己的搭档，不愿继续纠缠的绫濑先行撤退。之后，飞鸟暂时将这个名为菲爱缇的天使带回宿舍，并让她安心疗养，没想到伤势初愈的她却再次遭到绫濑和罪伽的突袭。

由于飞鸟不知道如何分配资源给菲爱缇，致使她在与罪伽的战斗中陷入窘境，这时，来自青之世界的莉洁尔和安昙出手相助，不愿多做纠缠的绫濑只好先行撤退，虽然这二人救了菲爱缇，但菲爱缇却对她们前来白之世界的动机表示怀疑。与飞鸟告别后，莉洁尔提醒安昙不要背叛青之世界，这唤起了安昙对过去的回忆。

飞鸟和菲爱缇遇到了来自白之世界的十二使徒水瓶宫的天使嘉姆碧耶尔以及她的猫妖小因，飞鸟本以为她们是来接菲爱缇的，可她们似乎只是想确认菲爱缇的位置而已。满腹疑问的飞鸟终于忍不住请求菲爱缇解开他的疑惑，于是菲爱缇告诉他，在自己曾居住的那个世界里，精神力高的人将变成天使，受人尊敬，而精神力低下的人则被区别对待，菲爱缇不满身为天使却要统治那些人的做法，于是离开了那里，也不打算再回去。

那生日当天，绫濑、安昙等朋友在她和飞鸟打工的店内齐聚一堂，为给她准备生日派对，大伙儿一起动手做蛋糕，可却没有一个成功，于是，大家一起买食材，途中蓝那因受魔人玛利斯邪恶气息的引导离开大家来到一个隧道中，就在危险逼近之时，有所察觉的飞鸟等人及时赶到成功救下蓝那，可是飞鸟、绫濑和安昙是异形操控者的身份也因此暴露……

终于来到九州的千岁与龙胆遇到了少女世罗，在热心的世罗带领下两人来到了博多驻地。吃饭时千岁对亚历山大即将发侵略爆发不满时，神门出现了，随后神门告知了千岁为了和平所以要统一日本的目的，并且邀请千岁加入亚历山大。晚上博多驻地受到了碧玺鹰群的袭击，在神门的冷静完美指挥，与亚历山大超强的能力下，碧玺鹰群成功击退……

因为对异形的厌恶蓝那一直逃避着飞鸟等人。之后飞鸟和安昙与绫濑先后遭到了神秘异形欧迪姆的攻击。而另一方面在睡醒的蓝那的床上有着欧迪姆的头发。在调节好自己心情的蓝那跟随飞鸟一起看望了飞鸟的母亲时，见过蓝那的飞鸟母亲说出了自己对蓝那的担忧，并希望飞鸟多注意蓝那。随后蓝那说的话更是引起了飞鸟和绫濑的困惑。

巨大的欧迪姆出现在了港口，在军队对其攻击无效后，亚历山大对欧迪姆发起一击使欧迪姆消失了。为了调查出欧迪姆的搭档，神门将飞鸟等人带回基地并且商讨对策。在飞鸟等人搜索欧迪姆搭档时，遇到了毫无精神的蓝那。随后世罗误将路人当成妈妈而跟飞鸟等人走散，失落的世罗回想起了自己与妈妈的过去，也想起了与自己搭档的初次相遇……

绫濑来到了自己曾经生活的过村子，在绫濑陷入回忆时名为迦尔玛特的男子出现在绫濑面前，曾经救过绫濑的迦尔玛特对绫濑讲诉了当年天使袭击村庄的原因。原来为了掩盖事故天使选择抹杀掉可能会知道事故经过的人，而阻止天使这样做的迦尔玛特背叛同伴救下了绫濑，之后背叛同伴的迦尔玛特在救了绫濑离开后又有怎样的经历？

来到珀拉莉丝办公室的莉洁尔知道了安昙生病的真相，这都是他们想要控制安昙的策略，现在珀拉莉丝还想消除莉洁儿关于安昙的记忆。逃过TypeII追捕的莉洁儿回到了安昙的身边，虽然龙胆的药对安昙的病情有所帮助，但TypeII却很快又追了上来。赶来的安昙带给了莉洁儿力量，在他们打败强大的TypeII后奥迪姆竟然出现了。

在飞鸟和绫濑等人赶到时奥迪姆已被亚历山大打倒，正当亚历山大准备最后一击时消散的奥迪姆竟然显现出蓝那的身影，本就强大的敌人显得更加棘手。被奥迪姆排斥出体外的只有飞鸟，而蓝那和绫濑还被困其中，奥迪姆想要凭借绫濑完成最终的进化，说服了神门后飞鸟等人开始了解救同伴的行动，他们将要面对的是最终形态的奥迪姆。

最终形态的奥迪姆拥有恐怖的力量，为救出绫濑的飞鸟等人完全不顾自己的安危，同时向菲爱缇和罪伽输送能量的飞鸟显得非常吃力，在众人的努力下终于结束了战斗。嘉姆碧耶的笑声扰乱了平和的气氛，在嘉姆碧耶准备对绫濑等人再下毒手时米迦勒出现了，迫于乌列尔的压力嘉姆碧耶只能收手，但加百列的阴谋还未就此结束。