男子在碎裂的世界中醒来。看到少女尸体的那名男子，是一名神探，名为酒井户。他想起自己必须得找到杀了少女的犯人。

被称为“开洞”的连续杀人犯富久田，带着新人外务分析官本堂町逃离了现场。另一方面，名为约翰·沃克的奇妙男子出现在了酒井户的面前。

连续炸弹魔“烟花师”将大楼与烟花一起引爆。潜入那口井的酒井户，在被巨大瀑布围绕的塔上，受到了神秘敌人单方面的狙击。

杀人魔“掘墓人”将被害者活埋，然后将其放在网上直播。酒井户潜入井后，他面前出现了烧焦的尸体和燃烧的大楼。

本堂町在案发现场找到了数田遥，并开始怀疑他是不是真正的“掘墓人”。酒井户潜入数田的井后，以极快的速度在下落，并发现了一户别墅。

本堂町将“掘墓人”的执行犯数田，以及在背后推动他的真正犯人逼入绝境。而井户端的工作人员正在推理让杀人魔产生的约翰·沃克的真实身份。

从过去的事发现场采集了连续杀人犯单挑以及鸣瓢的思念粒子。于是本堂町潜入了鸣瓢的井中，并看到了因雷击而四处逃窜的人们。

为了救出无法从井中回来的本堂町，鸣瓢和富久田组成搭档，潜入了百贵室长的井中。两人醒来后，眼前是一片广阔的沙漠。

酒井户在与富久田约好10分钟后抽出后进入了井中井，恢复了鸣瓢的记忆，并且回到了女儿被单挑杀害之前。

鸣瓢在井中井内为了让飞鸟井木记梦中不再出现杀人魔和寻找约翰·沃克的身份开始一一寻找他之前进入过的井的主人，在寻找开洞时遇到了本堂町。

鸣瓢秋人进入井中时，罔象女还未被开发出来，此时井中的佳爱琉，也就是现实中的飞鸟井木记，已经在接受白驹二四男的实验。

以开洞事件为契机，小春展现出了作为侦探惊人的才能，但是这种转变的原因一直不清楚。原来，脑袋被开洞后，人看待世界的方式会发生变化的。

世界开始崩溃，梦里所有的人都将死亡。里井户，也就是早濑浦局长屹立在世界之巅，嘲笑崩溃四散，苍惶逃脱的众人。找回记忆的酒井户与圣井户决定打败里井户，将其正首，让本该受到惩罚的人受到应受的惩罚。