2050年的东京，被称为Besutia的觉醒了特殊能力的少年少女相继被发现。那些Besutia们被自己的能力吞噬、暴走。那个为了秘密镇压Besutia的机械人部队Custodes在暗中活动。一个晚上，Besutia少年遭到了Custodes的追杀。那个时候，一个野兽般的Besutia出现，在负重伤的情况下，同时也将少年带走。那是有着界内萨尼娅之称，历来遭到Custodes瞄准的神秘的Besutia。第二天，Besutia少年苏醒。那里是梦幻花园——Besutia的少男少女们聚集的地方。然后，久远与觉醒的少女相遇了。

突然发生的让人恐惧的连续杀人事件。在现场总是遗留着画满花的画。大家认为这是碰到与“能力者”相关的事件。另一方面，WTOC机械人部队的一个人——瞬，也同样在追寻事件的答案。久远注意到的是，事件现场总是有微微漂浮的香味。一起调查检索花相关的数据的时候，美丽的花的存在指引向事实的真相。事件的犯人的动机与花是一体的。

生化人瞬过去有着惨痛的经历，家人被觉醒者所杀，所以对觉醒者异常痛恨。一次抓捕任务中，瞬与龙纹寺剃为了昏迷的觉醒者少年发生激烈对抗，剃为了保护少年，能力暴走，将自己的脑波与瞬连接。在脑波相连时，瞬与剃梦境相连，可看到瞬曾经的妹妹称呼其“哥哥”。双方可依此找到对方的位置。组织以此为契机妄图找到Besutia的据点——梦幻花园，一场攻防大战在此刻展开。

面临封印了过去的记忆的瞬，生化人得到Custodes总部返回的命令，但瞬处于情绪不稳定的状态。与此同时，久远由于回忆起过去的记忆，十分伤感，到外面散步。同时，为了安慰久远，剃到街上去找他。到剃在街上走的时候，三个年轻人纠缠使能力暴走，心灵感应能力的暴力冲动反弹使年轻人们陷入狂乱的状态，开始打斗。为了保护剃，久远前来救援，与Besutia捕获同时出现，瞬也展开战斗。但是，随着瞬在记忆的迷宫中逐渐找回自我，他的身体也发生了变化。

梦幻花园被敌人摧毁了。逃出的能力者孩子们，使用下水道逃脱了敌人的追击。但是失去了瞬和久远的踪影。大家都很担心久远，但是由里坚信久远不会死去。能力者们在神无月带领下，到了梦幻花园的支援者的真田家安身。另一方面，在遭到Custodes的袭击的梦幻花园的残骸中久远没有被发现，而瞬遭到了敌人的追击，他艰难的逃跑着。在司令上代面前出现了十二委员之一的一个人——神无月。此时，新的较量开始了。

久远坚定决心要救回被带到Custodes总部的永远，神无月等人也终于知道了久远背负1000年的东西。瞬和久远来到总部救人，瞬与在那里等待的生化人部队开始了激烈的交战。被上代抓走的剃原来是用于唤醒自我封印的永远。一切都在上代的算计之中，他用久远的声音唤醒了永远，并吞噬了永远以及他的能力，但是久远没有放弃，他开始了与上代之间最终的战斗。