在“超高校级绝望”带来的“人类史上最大最恶的绝望事件”之下，世界陷入濒临崩坏的绝境。为了对抗超高校级的绝望们，以希望之峰学园的毕业生为中心构成了“未来机关”，其中包括打倒了江之岛盾子的苗木诚等人。苗木被问以庇护绝望残党的叛逆之罪，未来机关的人因苗木的处分聚集在一起，却遭到黑白熊的监禁，并被要求进行“最后的自相残杀”。

雪染千纱成为第一名牺牲者，未来机关众人的手臂被戴上了黑色的手环，过了手环显示的时限就会被注射催眠药。不止如此，他们之中还有为杀掉未来机关而来的“袭击者”，只有找出叛徒才能生存下去。就在大家乱成一团的时候，万代大作因触发了犯规行动被注射毒药致死，成了众人内讧的导火索。

朝日奈、苗木、格雷特、月光原四人共处一室，第一轮催眠药效过后，众人醒来发现朝日奈胸口插着一把假刀，而格雷特惨遭杀害。为了将此事告知大家，他们前往广播室，途中三人分享了彼此的犯规动作。苗木进行广播演讲，宣称新世界程序能治愈绝望者，自己则放弃这场厮杀。

苗木被宗方绑架，宗方的目的是为了引出苗木的帮手和幕后BOSS。逆藏遇上月光原、朝日奈、御手洗和天愿会长，双方大打出手，会长的体术秒杀逆藏。随后，会长带着月光原和朝日奈营救苗木，会长本想与宗方同归于尽，却白白牺牲。而另一边，由于私人恩怨，狂化的忌村追击着安藤和十六夜。

安藤流流歌、十六夜惣之助、忌村静子三人青梅竹马，由于静子无法吃甜点，流流歌最擅长的事物无法得到朋友的认同，而静子为了弥补这点，答应了流流歌所有的任性请求，原本是闺蜜的两人开始出现裂痕，如今变成了彼此厮杀的状况。而另一边，宗方将会长认定为绝望的残党，会长的临终遗言究竟是？

雾切、御手洗、黄樱发现新的牺牲者，静子和十六夜，两人均是被胸口一刀刺过。袭击者一次只能杀死一人，所以此举肯定有未来机关的人员参与。躲在一旁的流流歌请求与雾切等人组队，并提议立马离开。在月光原的帮助下，苗木和十神取得联系。塔和最中取代月光原参加了杀戮游戏，而未来机关的军队准备突袭贾巴沃克岛，绝望残党所在的岛屿。

由于人类史上最大最恶的绝望事件，苗木诚的妹妹苗木困和家人失散，如今她在塔和市与腐川冬子一起战斗，对抗江之岛盾子的继承人塔和最中。两人闯入大本营，没想到最中竟然主动投降，还炸毁了大本营。最中称自己只是想在苗木诚身边观察他而已，还说苗木会害死之前的同伴……

苗木、朝日奈、“月光原”与宗方狭路相逢，宗方二话不说拿起日本刀斩向众人。“月光原”进入狂暴模式与宗方展开对战，苗木和朝日奈趁机逃走。而另一边，雾切、御手洗、黄樱与流流歌、逆藏在十六夜被杀害的房间共处，雾切调查后终于得知了十六夜的死因，而杀害他的人正是流流歌，流流歌究竟隐藏着什么秘密？

逆藏打开所谓的“出口”，却发现整个基地沉没在海里，根本出不去。雾切和御手洗两人离开，雾切一早就察觉他们被带到了其他基地，而参与基地建设的副会长宗方不可能不知情。另一边，黑化的宗方破坏机器人月光原，并杀死了好友逆藏。苗木、朝日奈与雾切、御手洗会合，第四次时限结束后，雾切中毒身亡，她的犯规行动竟然是……

雾切的犯规行动是苗木活着迎来第四次时限，看着倒地的雾切，苗木下定了阻止宗方的决心。苗木前往宗方所说的地点，向往希望却怀抱不同信念的两人对峙，宗方一言不合就朝苗木袭去。苗木将宗方引至房间，宗方的犯规行动是开门，因此他无法杀死苗木。苗木用嘴炮唤醒了宗方心底的真善美，幕后黑手渐渐浮出水面……

袭击者的谜题真相大白，而这些袭击者就是被害人自己，大家都是自杀死亡的。通过雾切的推理，苗木发现死者所处的地方都有显示器。时限再次来临，苗木以身犯险，独自呆在有显示器的房间，终于破解了自杀之谜，一切都是绝望影片引起的，种种证据指向天愿会长。逆藏拉下控电室的闸门，绝望的把戏终于结束。

御手洗收到天愿会长的定时消息，视频中天愿会长承认厮杀是他策划的。御手洗坦白自己曾帮盾子制作绝望视频，如今他决定将希望视频向全世界播放，将绝望从人们的心里彻底抹去。然而这个办法只是将人们洗脑而已，苗木不同意御手洗的做法，但御手洗心意已决。就在苗木要被洗脑者杀害的时候，宗方出现了。