《和谐》发生在《屠杀器官》结束后数十年。经历了「大灾祸」的世界动乱，人类终于实现以医疗经济为架构的全新社会，在全新统治机构「生府」的管理下，人人过着健康良好的日常，然而和平底下却是用纳米机械来监视人体的可悲生活，此时三名少女踏上了反抗这一切的道路。公元2019年，人类理性最薄弱的一年，核弹在各地爆发，全世界的人类皆遭癌症侵袭。“生府”取代政府、精密至极的健康监控系统“WatchMe”应运而生，迎来最祥和美好的乌托邦世界──疾病消失，个人的身体成为共有资源，所有人都健康长寿、和平友爱。三名少女以她们的生命为代价，对这样的社会展开终极反抗。十三年后，幸存的敦与希安再度重逢，而危及这个乌托邦世界的阴谋，正拉开序幕。
