被后世称为百年战争的英格兰与法兰西之间的战争仍在继续之时——。在法兰西某个村庄边缘的森林中，住着一位名叫玛利亚的魔女。玛利亚很讨厌战争。当附近有战事时，她会命令使魔梦魔阿耳忒弥斯前往战场，让两军的指挥官沉醉，从而让战争的进展混乱掉。在如此行事的玛利亚那里，为祖母取药的少女安、被领主使唤的约瑟夫等各种各样的人前来拜访。不久，村子的北方开始了战争，安的父亲和约瑟夫也从军参战。

由于玛利亚与龙的介入，本来会在村子北方发生的战争没有分出胜败就结束了。终于迎来父亲归来的安，以及平安地从战场返回的约瑟夫再次拜访玛利亚所在之处。另一方面，从其他战场返回的阿耳忒弥斯，强行地向玛利亚主张应该再制造一名男性的梦魔。于是玛利亚利用一只雄性的猫头鹰制造出了普里阿普斯，然而……？原本很安静的玛利亚家中，逐渐变得热闹起来了。

大天使米迦勒终于无法对玛利亚的魔力行使坐视不管而降临了。米迦勒否定了厌恶战争的玛利亚。“你只是无法忍受自己所讨厌的东西映在自己眼中罢了。你的所作所为扰乱了世界之理。”不过，拼命维护玛利亚的安和约瑟夫的行为也起到了效果，在那之后神下达了“对魔女玛利亚的罪不予处置”的裁定。但，其代价则是玛利亚被戴上了“当失去纯洁之时，也将失去魔女的力量”的枷锁。此外，作为米迦勒的代行者，名叫以西结的监视者被派遣到了玛利亚的身边。

玛利亚完全不顾米迦勒所施加的制约，巧妙地钻空子并继续实行将袭击邻近村子的佣兵团赶走的行动。这时英格兰的魔女维弗出现在玛利亚身旁。维弗认为玛利亚连自己领域之外的战争都要插手的行为很碍事，向她说出自己的不满，玛利亚反驳维弗说“我想要让世界和平”，但维弗断定她是将自己的价值观强加于人。此时，约瑟夫在街上和佣兵迦尔法一起喝酒。喝醉了的迦尔法谈及自己的野望，并向约瑟夫发问“你想要成为什么？”

镇上的修道院长，同时还曾经是纪尧姆伯爵部下听闻司祭的伯纳德，为了准备利用玛利亚使英格兰军弱化的计划而与伯父纪尧姆伯爵见面。使用玛利亚的力量让这一带地区得到和平，这样一来人们就应该不会再仰慕玛利亚了才是……在伯纳德如此计划着的时候，新的战争临近了。迦尔法和伊万等佣兵团成员由于期待着赏金而跃跃欲试，但玛利亚究竟会如何行动呢？

因玛利亚的行动而被封锁了进军的英格兰军集结到一处。法兰西一方的人们认为这正是一举扫平英格兰军的大好时机而进行准备，此时迦尔法突然和约瑟夫的主人·纪尧姆伯爵见面。为何领主会和一介佣兵……？迦尔法无法消除疑问，而和纪尧姆一起出来迎接他的人是伯纳德。他问迦尔法“您愿意帮助我拯救罪孽深重的魔女玛利亚的灵魂吗？”

仰慕着玛利亚的法兰西青年约瑟夫向玛利亚恳求道“只有这一次不要阻止战争”。玛利亚为此而烦恼不止，而另一方面，由于玛利亚至今为止的行动而集结至同一场所的英格兰军，以及为了将他们一网打尽而集结的法兰西军，双方在战场上集结了前所未有的大量士兵。玛利亚选择的道路究竟是……

因肩膀受伤而在魔女埃德温娜的家里接受了治疗的玛利亚，总算是恢复到能回到森林里家中的程度了。此时，玛利亚发觉在自己不在时，村中的少女·安的祖母玛莎的病情恶化，于是她让普里阿普斯去察看状况。玛莎服用了修道士·吉尔伯特所带来的“特别的药”而保住一命，但当从吉尔伯特那里听到玛莎病倒的原因时，安陷入了混乱。

受伤的玛利亚自问为何自己厌恶战争。虽然对她感到担心，阿耳忒弥斯还是外出工作，普里阿普斯和以西结则飞去寻找约瑟夫。而迦尔法正潜藏在那里。“若失去纯洁的话，玛利亚将失去魔力”。从伯纳德那里得知这一事实的迦尔法，其目的就在此地。之后吉尔伯特带着骑士包围了玛利亚的家。就在约瑟夫被以西结等人叫来的时候，玛利亚……。

反对米迦勒的维弗被以西结贯穿而身负重伤。此时，对玛利亚的异端审问仍在继续，吉尔伯特执着地质问玛利亚。火刑之时逐渐临近，约瑟夫挂念着玛利亚，但他不得不准备攻打英格兰城砦的新的战斗。玛莎由于伤害了玛利亚而感到痛苦，看到这些的安，向以西结提出关于天上教会的质问。“波波你是怎么想的？”

将玛利亚从火刑中救出来的是埃德温娜。获救的玛利亚就这样前往约瑟夫战斗着的英格兰城砦。纪尧姆部下的士兵打破了城砦，开始侵略其中的城镇。在城镇中的礼拜堂，迦尔法正与愤怒的约瑟夫交战。约瑟夫问道“为何要玷污玛利亚大人？”而迦尔法则回答“这是工作”。在完全不同的环境中成长的两个男人，各自的生存方式相互碰撞。

米迦勒再次在玛利亚和约瑟夫的面前现身。为了对抗米迦勒，维弗、埃德温娜以及其他的魔女们一同集结。以压倒性力量击退魔女们的米迦勒，将会对玛利亚下达何种裁定……