被无法与人类沟通的异生物·奇居子破坏的太阳系，只剩下一小部分的人类尚存活。他们为了生存制作了如同小行星般巨大的宇宙播种船希德尼娅，并在宇宙中进行旅行。经过了1000年后，时值希德尼娅出航纪元1009年，由地下层部培育的少年谷风长道自祖父死后而来到上层市区。并入学巨大人型兵器「卫人」的操控师训练学校，这也是谷风长道首次与外界人接触。令谷风长道首次抱有异性意识的女性是——星白闲。谷风长道首次的友人是无性别的科戸濑伊佐奈。令谷风长道意识到挫折的少年是——岐神海苔夫。在和各式各样的训练师一同度过校园生活的谷风长道，获得了首次的任务。虽然不是非常艰难的任务，但在谷风长道和队友们面前，突然出现了奇居子！遭遇沉寂了100年后的突袭，作为人类的谷风长道将如何抉择？关乎人类存亡的战斗现在开始了……

在地球被未知生命形式高纳毁灭后勉强幸存下来的人类他乘坐巨大的宇宙飞船“西多尼亚”继续他的旅程，但高纳100年来第一次出现。人类再次面临毁灭的危险，但白萩妻屋是由人类和高纳创造的。Gauna曾经被人形战斗武器森户的王牌飞行员Nagamichi Tanifu的活动所击退。 我设法赢了。从那以后已经过去了10年——。西多尼亚的人民享受了短暂的和平。