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所罗门预言实现，菲斯特姆来袭，龙宫岛的和平遭遇严重危机。皆城司令牺牲，能拯救大家的只有战斗。“总士，我们会到哪里去”“乐园”总士的一句话使一骑从此踏上了驾驶法芙娜的征途……
一骑在总士帮助下成功消灭菲斯特姆。然而一骑的身体却因为驾驶法芙娜而发生了变化，潜藏的危机围绕着一骑。战斗结束后无法归来的人带给生者巨大的伤痛，以一骑为首的一群少年和少女的命运也面临着改变……
生命是迷惘还是欢欣，人们都有自己的答案。继一骑后有资质的少年和少女们也开始了战斗训练。沉眠中的乙姬出现觉醒的先兆，给龙宫岛的未来带来未知的变数……
新国联侦察机和菲斯特姆一同出现，龙宫岛要如何应付？一骑不听命令坚持救人使得龙宫岛终于暴露在了新国联的视线里。龙宫岛的先进技术结晶引起了新国联的觊觎……
一骑在远处和菲斯特姆战斗，失去了法芙娜保护的龙宫岛遭受到菲斯特姆的严重破坏。和一骑约定要保护好岛屿的翔子，决定战斗……
翔子为了遵守和一骑的约定不顾病弱的身体，毅然驾驶六号机和菲斯特姆战斗。然而不谙操作Fafner的她却被菲斯特姆缠住无法脱身，她只好选择与敌同归于尽……
消失在天空中的少女，继续战斗着的少年。露出愤怒的表情是大人们，然后留下泪水的也是大人们，大家感受到的不是战斗中生还的喜悦，而是必须牺牲某人的无奈，仅是承受这些就已经让大家筋疲力尽……
固执地认为是一骑和总士放弃了翔子的甲洋，奋力营救救生艇。在成功救援之后，迎接他的却是菲斯特姆侵蚀心灵的同化……
沉没的法芙娜，似乎象征着甲洋冰封的心，他是否将不再醒来？看着被同化后的他，大家不断自责。只有总士，却说出了冷酷的话。一骑忍不住问总士“对你来说，法芙娜和我们哪一个更重要？”“法芙娜”总士的回答让他震惊……
感觉到总士似乎不再是他所熟悉的总士，一骑迷惘了。心的距离似乎难以逾越，一骑想要为总士做些什么却无从入手。而驾驶法芙娜之前的他有谁会记住么……
迷失方向的一骑听从了狩谷由纪恵的安排，带着法芙娜离开了岛屿。只是希望看见外面世界的他，没想到迎接他的竟然是新国联的监禁……
在战斗时，通过Fafner和Siegfried系统的同步，曾经多少次分享彼此的感受，痛苦和伤痕也是一骑和总士之间的一种强烈羁绊。然而，太想了解自己的一骑，是否已经忘记了总士的存在，甚至连如何能挽回都已弄不明白……
“靠机器偷看别人的内心就算是了解么？”总士被真矢这样质问，他是真的不了解一骑么，还是只是不善于表达。另一方面，新国联的军事基地遭到了Festum的狂袭，一骑是否能平安无事……
新国联军队来袭，乙姬觉醒后自己走出了岛屿的基地。而在新国联基地为了让一骑继承迷失的意志，真壁茜将最新型的法芙娜交给了他……
一骑在战斗中面临被Festum同化的危机，而执着想见总士的信念拯救了他。因为寻找一骑而去了新国联的真矢在硝烟渐渐消退的战场发现了一骑的身影……
本已失去的龙宫岛控制权，在乙姬帮助下重回大家手中。新国联面对Festom的攻击一筹莫展，一骑及时归来为保护岛屿而战……
总士和一骑终于能够坦白的面对彼此，曾经的隔膜消失。未来等待他们还是战斗……
真矢父亲的造访，使得真矢的未来发生巨变。即将步入战斗行列的她却为此感到欣慰……
真矢瞳眸里映出的是名为战争的地方，第一次战斗的她意外地表现出色。一直失去意识的甲洋竟然醒了……
因节日而热闹非凡的龙宫岛由于甲洋的出现而蒙上了不安的色彩，曾经一起的伙伴们执意保护他不被射杀。终于，在总士技巧的帮助和一骑的努力下圆满解决……
正在成为回忆的现在和正悄悄逝去的生命，在咲良措手不及的时候另一种形式的结束方式悄然来到。终于打败一骑的剑司却再也看不见心上人的微笑……
失去的光芒，愤然挺身的心情，随着咲良的倒下大家的命运再一次发生变化。一向怯懦的卫因为想要保护大家而变得无比坚强……
被夺走的力量，正被夺走的希望，厄运在大家还不适应的时候再一次降临。“总士，总士~~~”眼睁睁看着总士被Festom带走，一骑只能悲痛欲绝地呼喊……
为了寻求人类和Festom共存的未来，真壁红音、乙姬和真壁史彦在山顶对话。而一骑得知总士还活着的消息后欣喜万分。最终的决战即将展开，一骑、真矢、剑司、卡诺相约带着总士一起回来……
红音找到了驾驶员不被同化的方法，就在大家为之庆贺的时候，史彦为大家带来了两个不好的消息：一是一人出事，全员相位操作就会损坏；二是一人需要承担所有人的痛苦。为了找到大气圈之外的出口，史彦决定把这个计划定为“苍穹计划”。而与此同时，乙姬也决定与岛同化。作为主力先锋的法芙娜队，能不能在北极找到新的曙光……
人类和菲斯特姆的最终决战终于到来，投身战场的一骑和大家秉承着一定要活着回来的信念而战斗。乙姬为了龙宫岛选择了消失，然而在她消失的尽处又产生了新的生命。最终为人类赢得胜利的一骑却失去了总士，即使紧紧抓住还是只能失去。“总士……我就在这里……在这里……等你……永远……”一骑忍不住流下了眼泪，“只要你依然相信……有朝一日我定会回来……回到有你的地方……”苍穹的尽头传来的是总士的声音，一骑能够等到总士的归来么……
