春天，诚凛高中篮球社正迎接新进社员，从美国回来的大个子火神大我，以及毕业于篮球界王者帝光中学的黑子哲也，引起主将日向和教练丽子的关注。在比赛中，火神展现出天赐的才能，而黑子的存在感则薄弱到没有人注意到他的存在，但其实黑子就是利用自己的稀薄的存在感，传出看不见的传球，他就是帝光中学「奇迹的世代」中幻之第六人！

黑子与火神认同了彼此的实力，黑子说要成为火神的影子，让诚凛成为日本第一。相较于进入篮球名校的「奇迹的世代」其他成员，黑子选择去年才成立的诚凛高中，有他自己的原因。同时间，诚凛确定要与「奇迹的世代」成员现就读于海常高中的黄濑凉太进行练习比赛，等不及比赛的火神找上黄濑一对一斗牛，却被黄濑轻易打败。

诚凛与海常的练习赛开打前，海常教练夸口练习赛只是轻微调整状态，并保留王牌黄濑不上场，这可惹怒了诚凛全队，火神还把球框灌爆。看过一次就能完美再现球技的天才黄濑上场后，马上模仿了火神的灌篮，火神也随即回敬一球，因此，比赛从一开始就成了一场得分大战。在暂停时间里，黑子和黄濑都向自己的队友提出了对方的弱点。

比赛进入第二节，诚凛逐渐拉近比分，黑子与火神联手进攻，增强了球队的进攻能力，即使是具有极高身体能力的天才黄濑，也无法模仿存在感低至极限的黑子。黑子在意外状况下退场，但是队长日向及二年级队员仍全力应战，之后黑子回到赛场上，终于将比分追平。这时，黄濑的眼神明显改变，他的最终实力爆发了。

诚凛与海常的练习赛，以火神戏剧性的压哨球，获得胜利。一直在远处观望比赛，现就读秀德高中而曾经是「奇迹的世代」 No.1 射手的绿间真太郎，出现在黄濑面前。因为秀德会在地区大赛中对上诚凛，所以绿间前来侦查，他在放出不可能输给诚凛的豪语后离去。与绿间告别后，黄濑决定去找黑子。

全国大赛预赛近在眼前。在同地区最大的敌人是去年打进全国前八强，今年又网罗到「奇迹的世代」绿间的秀德高中。为了在淘汰赛决赛中击败秀德，晋级决胜联赛，诚凛进行猛烈练习，尤其是去年打出优异成绩，却在最后一步错失全国大赛出场资格的二年级生，更是鼓足干劲。而诚凛迎接第一战的对手是，拥有两米身高的塞内加尔留学生帕帕的新协学园。

被新协选手帕帕当成小孩的黑子连续抄截，让球队在第一节就成功将比分大幅拉开。接下来的第二节是火神与帕帕直接对决，虽然帕帕斗志高昂，但是火神以更胜一筹的气势压制住他，最终，诚凛漂亮的打赢第一战。另一方面，「奇迹的世代」成员绿间所属的秀德首战就使出全力，绿间以绝佳的状态展现了他百分百命中的投篮技巧。

全国大赛预赛开始，诚凛一路打进准决赛，对手是与秀德齐名，被称为东京王者的正邦高中。去年的比赛中，日向和其他二年级队员惨败正邦，二年级学长为一雪前耻，抱着必胜的决心的态度，让黑子与火神充满了「想打赢比赛」的欲望。可开赛后，面对正邦融合古武术动作的压倒性防守能力，诚凛一直无法得分。

在全国大赛预赛的准决赛，秀德保留绿间战力，以游刃有余的态度晋级决赛。另一方面，挑战正邦的诚凛，凭着火神的灌篮与黑子的传球，让第一节以同分收场。可是被正邦黏人防守纠缠的火神，在第二节就被设计拿到四次犯规，眼看诚凛就要面临大危机，队长日向一脸冷静，决定把火神和黑子换下场。

就在正邦与诚凛之战进入关键时刻，黑子再度上场，二年级学长的气魄，加上黑子与火神这些学弟对学长的敬意，让全队团结一心，严重威胁正邦，不过正邦也展现出王者尊严，一步也不退让。白热化的比赛最后出现戏剧性结尾，诚凛获胜。短暂休息后，诚凛与绿间就读的秀德展开决赛，开赛后双方互不相让，进入均衡状态，率先得分，掌握比赛主导权的会是哪一队？

虽然秀德先拿下分数，但黑子和火神立刻用回旋式超长距离传球还以颜色，凭借黑子与火神的完美配合，诚凛间接封锁了绿间的三分球。接着，秀德换成高尾防守黑子，高尾成功阻止了黑子与火神的默契合作进攻。原来高尾拥有比诚凛伊月更广并且可以综观整个球场的鹰眼视野，是黑子misdirection无法发挥效果的对手。

不只是从中场，甚至从己方篮框附近都能投球得分的绿间，气势锐不可当，第二节结束后，诚凛被拉开将近二十分。黑子的misdirection被高尾封锁，只能在场边观战，日向等人拼命保持专注，努力追赶秀德，却一直找不到突破口。这时，火神想到黑子即使坐板凳也不放弃的精神，决定就算不靠黑子或学长帮忙也要获胜，发挥出天赋的才能，展现压倒性的强势。

决赛终于进入第四节，做好准备再度上场的黑子，继续受到高尾严防，可是黑子已经有了应对策略。另一方面，火神的体力也快到极限了，最多只能再跳两次，在精疲力竭的状态下，终于在还剩两分钟的时候追到跟秀德只差一分。秀德决定将之后的进攻全交给绿间，诚凛也决定赌在队长日向的三分球上，比赛会有何结果。

激战之后，诚凛打赢秀德，晋级决赛圈。一行人在回程吃饭的店里，巧遇绿间与黄濑等人，并且黑子还捡到一只小狗起名为哲也二号。这天，在泳池练习时，桐皇学园的经理，自称是黑子女朋友的桃井跑来找黑子。同时间，一样念桐皇的「奇迹的世代」王牌青峰大辉，出现在进行个别训练的火神面前。

即使决胜联赛即将开打，桐皇学园的王牌青峰依旧我行我素的翘掉练习。另一方面，与青峰一对一斗牛惨败的火神，从黑子口中听说青峰过去曾比谁都喜爱打篮球，之后却改变的事情，于是，火神再度立誓要打赢比赛。比赛当天桐皇的休息区竟然不见青峰的身影。

在青峰尚未抵达的情况下，桐皇与诚凛开始了比赛。即使青峰不在，桐皇以主将今井为中心，靠队员的个人技巧展现出全国水准的坚强实力，而诚凛也以团体进攻对抗。可是桐皇的经理桃井凭借着压倒性的情报收集能力和分析力，使诚凛的团队合作没有发挥的余地，桃井打算封锁诚凛的攻势，但她唯一无法预测的就是黑子的行动。

在第二节剩下三十秒，诚凛还落后十分的时候，青峰来了。打算一边热身一边轻松取分的青峰展现出高超球技，但黑子和火神也积极应战，毫不退让。面对比想像中更有战斗力的诚凛搭档，青峰开始有了干劲，打算在下半场认真打。另一方面，诚凛让misdirection效果减弱的黑子下场休息，决定赌一把让火神去压制青峰。

无视一般理论的街头篮球打法的青峰，让诚凛束手无策，虽然火神拼命追赶，还是被青峰轻易超越，慢慢把比分拉开。再被拉开比分就无法翻身的诚凛决定派黑子上场，试图靠传球攻势拉近比分，但国中时最常接黑子传球的青峰，看得到黑子的传球，青峰以出色的球技压制住了诚凛。

诚凛败给桐皇，虽然大家在接下来的两战使出全力，但被青峰彻底击败的黑子陷入低潮，加上脚伤恶化的火神无法上场，最后连败收场，诚凛在高中联赛的挑战结束了。青峰造成的影响让黑子与火神产生歧异，就在在两人各自烦恼时，诚凛高中篮球队的创立者兼王牌木吉，出院归队。

归队的木吉，一出现就要求和火神一对一较量，还派黑子、火神及一年级队员和较弱的对手进行练习赛，就像是有什么企图。大家以为木吉是想，让败给青峰之后，开始单打独斗的火神注意到团队合作的重要性，可木吉自己却完全不担心火神，他的真正的目的是让黑子发现目前篮球风格的极限。这时，黑子告诉日向希望退出首发名单。

为了让自己变得比现在更强，结合更大的力量打倒「奇迹的世代」，黑子与火神达成共识，以冬季选拔赛为目标的新挑战开始了。为了提升每个人的动作精准度，在海边的夏季集训中，诚凛要达成比平常多三倍的练习。第二天早上，诚凛竟然在民宿遇到绿间和秀德高中的人，原来他们同住一家民宿。

诚凛和秀德在夏季集训中共同练习，为了对抗「奇迹的世代」，特别练习的火神加强空中战的能力，但却在与绿间的一对一比试中败北。这让火神发现输的原因及今后的目标。看到奋进的火神，黑子也努力找出自己的新风格。集训结束后的诚凛，决定直接去看全国大赛，对战学校是海常和桐皇，黄濑VS青峰的决战开始了。

海常对战桐皇的比赛，由「奇迹的世代」成员黄濑与青峰的对决揭开序幕。青峰压制黄濑的进攻，让桐皇抢得先机，而海常也以队长笠松为中心展开反击，一来一往互不相让。处于劣势的黄濑，在多次交手之后终于成功阻挡青峰，第一节就在海常领先的状态中结束。可是进入第二节后，开始发挥实力的青峰，彻底压制黄濑，逐渐拉近比分。

即使是只看过一次就能完美模仿球技的黄濑，也无法模仿青峰独一无二的打法，可为了战胜青峰，黄濑和海常选择挑战模仿青峰。虽然比分追到了九分的差距，但是还要一些时间才能完全模仿，接着迎来的第三节，黄濑比桃井预测的还要更快逼近青峰，但是青峰也毫不退让，背负着团队的情谊与信赖，天才黄濑终于觉醒。

比赛进行到第四节，青峰已经四犯，但为赢海常青峰不能下场。得到队友信任的黄濑也鼓足士气，再上赛场。比赛一开始就成了黄濑和青峰互掐的战场，最后一分钟，黄濑抓住机会进行反击，可他的动作还是被青峰看穿，最终，桐皇打败海常赢得比赛。大赛结束之后的绿间、诚凛以及输掉的海常，大家都心有不甘且期待着冬季选拔赛。另一方面，火神也从黑子那里了解到「奇迹的世代」其他两名球员紫原和赤司。