横滨星之川高中的二年级学生·浅野真一郎的周围发生了奇怪的事情。美女变成了蜈蚣怪物，女学生在旧校舍被巨大的野兽袭击……此时，真一郎与以弓箭为武器的美少女·岛津朔邪相遇了。她是以惩治妖魔为业的岛津家第37代当主。真一郎开始与朔邪一同与妖魔战斗，但……。

在妖猫玉子也成为了同伴后，真一郎开始到独居的朔邪家去帮忙家务。被强势又超级任性的朔邪使唤着，真一郎的辛苦从未停止过。这时，学校出现了新的妖魔。将女学生们拖进地底，贪食她们的白皙肌肤的恐怖敌人的真实身份是！？

朔邪的妹妹须世璃来了。她也是以除妖为职业，是操纵着镰鼬的式神使者。而且，她好像还是和朔邪争夺岛津家当主之位的对手。须世璃想要让真一郎成为自己的伙伴，于是想尽办法诱惑他，并打算把他带离这所宅院。但两人在途中却被妖魔·胧车所制造的异空间给抓住了。

学校周边接连发生了亡灵武者试刀杀人的事件。为何妖魔只在真一郎他们的学校周围出没呢？追寻着事件之谜的真一郎他们，查明了亡灵武者是利用西洋魔术制造出来的石像。但，得知了此事的朔邪流露出激烈的动摇。朔邪与西洋魔术之间究竟有什么因缘？

真一郎是能够读出对方真名的能力者·真眼。但，无论如何都不想被知道真名的朔邪开始躲着真一郎，两人的关系变得紧张。就好像瞄准这个间隙一般，两只强力的妖魔在校内出现！拒绝了真一郎协助的朔邪在战斗中变得焦躁，终于给自己招来了悲剧。

真一郎鼓励着陷入当主被剥夺的危机的朔邪，并从朔邪那里得知了她出生的秘密。为什么朔邪没有双亲？为什么朔邪会如此执着于当主的位置？当这一切全部明朗化时，真一郎与朔邪做了一个约定。似乎是试探这两人一般，妖魔设下了卑劣的陷阱。在过去与现在交错的世界，朔邪所找到的牵绊是……。

一同渡过危机的朔邪和真一郎的关系迅速接近，简直就是带有恋人的氛围。而获得了妖刀·夜叉王的真一郎为了能够稍微成为朔邪的助力而每天锻炼着。正在一切都看似一帆风顺的时候，地铁中出现了妖魔·烟罗烟罗。对准备去消灭妖魔的朔邪等人展开袭击的冲击事态是……！？

真一郎拼命想要拯救因失去灵力而陷入昏睡状态的朔邪。见到他的样子，须世璃决定挑起调伏之仪。那是为了让新的式神雷兽服从自己，而必须仅凭一人令其屈服的残酷试练。须世璃在死战中所回想起来的过去……那是对于围绕着当主之座与自己对立的朔邪所怀有的隐秘心意。

横滨的圣地接连被破坏的事件发生了。无法使用神弓的朔邪没能阻止敌人的攻势，横滨很快化作幽灵的无防备都市。为了拯救这一绝境，馆主大人岛津那巳从镰仓赶来。但，这其实是魔女依丝卡所设下的狡猾陷阱的一部分。屋宇遭到最强的妖魔·蟒蛇袭击，朔邪等人的命运将会——。

须世璃等人面对最强的妖魔·蟒蛇而陷入苦战。另一方面，朔邪也向魔女依丝卡挑起最后的单挑，却被压倒性的力量逼入绝境。在令人绝望的战况中，能够帮助朔邪的只有真一郎而已。承载着两人所累积的思念，两人所培育的羁绊……现在，了结一切因缘的箭即将放出！

某天，一行人前往岛津家所有的无人岛。蓝色的天空与美丽的沙滩，夏日的海边正是诱惑的天堂。在开放的环境中，被身心全都解放的女性阵容所逼近，真一郎感到畏缩。但，此时伙伴们突然一个一个地消失了。最后只剩下真一郎和朔邪……。