某天驱除完体内杂菌的白血球，遇见了把帽子戴反的血小板--戴反帽妹妹。戴反帽妹妹为了成为强壮的血小板，瞒着大家偷偷的做训练。但是随着突然发生的地震，体内世界陷入强烈的摇晃。

来自外界的使者，世界的终结。如同记忆细胞梦境看到的内容，体内出现身份不明的敌人。记忆细胞不仅拥有过去的记忆，甚至还有预知未来的能力。究竟是否如记忆细胞的预知一样，这个世界将走向毁灭？

在表皮附近出现有害物质反应，肥大细胞按照工作手册完成工作，却遭到一群受害细胞上门抱怨，因此自暴自弃的肥大细胞大发脾气。就在此时，发生某个物体刺破血管，把血球们吸走的事件。

体内有状况，免疫细胞及时赶到击败遭病毒感染的细胞。一般细胞一脸无趣的观看这日常光景。一般细胞心想“哪怕是一次也好，希望有人能对我说谢谢你救了我”。就在此时谜样的细菌出现在一般细胞面前。

为了把乳酸菌送回伙伴所在的地方，一般细胞和白血球（嗜中性球）一起朝肠部前进。就在途中有一只乳酸菌和他们分开了。一般细胞拼命寻找失踪的乳酸菌，却在此时遭到受病毒感染的细胞攻击。

某个细胞的抗原情报外泄了。听到NK说的话，白血球（嗜中性球）的表情立刻改变。护送乳酸菌回伙伴的旅程，终于来到了大肠。由于害菌释放有毒气体，导致大肠环境变得混乱，白血球等一行，在此遇见了原为杀手T细胞，后来变更身份的记忆T细胞。

癌细胞终于复活，再加上被害菌肆虐的肠内环境。体内正遭受前所未有的危机袭击。为了保护这个身体，白血球（嗜中性球）们，正面临一场攸关世界命运的浴血之战。

“快住手癌细胞！”为了守护身体，白血球（嗜中性球）等挺身而出面对癌细胞。然而调节T细胞却阻挡在他们与癌细胞之间。就在同时，抱着必死的决心救了乳酸菌的一般细胞，也即将遭到害菌的毒手。这个身体以及细胞们命运究竟会如何？