圣玛格诺利亚共和国。 在国民过着平稳生活的阴影之下，无数生命被战争杀戮。 为了对抗邻国吉亚迪帝国的无人战斗机械〈军团〉的入侵，共和国研制了无人机〈破坏神〉。 但是，无人是虚假的宣传。 〈破坏神〉的机体里，承载着一群被称为“八十六（eightysix）”的少年少女，日以继夜地战斗着。 不认为所见的现状是正义，想要靠近他们的共和国军少校蕾娜，被任命为精锐部队·先锋战队的管制官。 不过，有一个奇怪的传闻，那名战队长〈送葬者〉会让负责他们的指挥管制官崩溃。

更换管制官对于在残酷战场存活很久的〈八十六〉并不稀奇。对被迫害的他们而言，作为白系种却与他们积极沟通的蕾娜是个很稀见的存在。队员们置身随时与〈军团〉发生交战也不会奇怪的环境中，出去搜集食材，看书，这样度过各自的时间。过着这样的生活的先锋战队全员，从赛欧的阵列器中收到了敌袭预警。

打猎、做饭、洗衣服，昼夜置身于残酷战斗的先锋战队也有热闹而安稳的日常生活。科莲娜很珍惜与同甘共苦、跨越众多死亡之线的同伴一块度过的每一天。对辛怀有暗恋之情的科莲娜，对于突然出现、试图与队员加深交流的蕾娜感到不快。每晚他们都会在固定时间与蕾娜连线，在以科莲娜为主的队员们对蕾娜冷漠以待的情况下，凯耶对蕾娜起了兴趣，开始谈论自己的生活。

蕾娜对先锋战队阵亡者的悼念成为了导火索，赛欧将心中积攒的怒火发泄到蕾娜身上。在莱顿的安抚下，赛欧恢复了冷静，但不只是他，其他队员也对蕾娜流露出厌恶与怒气。常与死亡相伴的先锋战队，在凯耶死后也一如既往度日。发生这样的事后，赛欧经过与蕾娜的事情，回想起过去遇到的某人。

革命祭即将到来的圣玛格诺利亚共和国。阿奈特嘱咐拒绝去看宴会礼服邀请的蕾娜“你尽全力帮八十六也无济于事”。虽然蕾娜对于战时去参加舞会有些犹豫，但辛对她说“你在墙里做什么都不会影响我们”，于是她虽心有不愿，还是决定参加。收到敌袭警报后，蕾娜急忙做好了管制准备，但辛却告知她“希望这次你能切断感官同调”——。

烈日当头的夏日，先锋战队一如既往地经过某处。那里是他们以前被分配到先锋战队后，大家在樱花盛开的季节一块赏花的地方。从不同的部队分配到这里的少年少女们，在仅仅四个月前还没有被〈军团〉袭击的夜晚里，情绪高涨地聊着心仪的对象，因发现了流星而兴奋不已。队员们的确很怀念那场与伙伴们享受的短暂宴会。

通过与辛的感官同调，蕾娜听见了「黑羊」的声音。就连在管制中也流露出对感官同调的踌躇与恐惧，少年少女们被军团夺取生命的那一霎的临终痛苦，影响到蕾娜的内心。在依然严峻的战况中，队员持续战死，为剩余队员的负担日益加剧的状况感到担忧的蕾娜，为了能直接商讨无论何时都无法实行的人员补充的紧急对策，向卡尔修塔走去……。

辛告诉了她先锋战队的真相——先锋战队被分配到的「特别侦查任务」。得知后的蕾娜想尽办法阻止任务执行，当她寻求阿奈特的帮助时，被拒绝道：“我也无能为力”。面对据理力争的蕾娜，阿奈特最终露出怒气，开始讲述她以前的「某户邻居」与〈阵列器〉的真相。

在终于开始了“特别侦查任务”的幸存者艾蒂西克斯们的面前，传来了呼唤真名字的可怕声音。真告诉情不自禁地颤抖的队员们，一边度过雷吉恩一边在森林中前进，一个人挑战与“牧羊人”的战斗。

经过与“牧羊人”的战斗，队员们开始向前迈进，终于脱离了共和国的管制。在不再被强制战斗的环境下，也不是急于求成的旅行，一边享受着自然的变化，一边和漫无目的地继续前进的队员们战斗。但是雷吉恩的威胁总是在他们身边。在旅途中，队员们从法伊多那里听说附近有一条街道，便顺路去探望。

他们怀着对自己的骄傲和散落的伙伴们的誓言，一直走到最后。武器弹药用尽，长期陪伴在身边的战斗力大破，即使失去。然后他们就到达了最后的地方——。另一方面，留在共和国的蕾娜，终于来到了他的地方。在真正的SPIA头战队基地，她接触到了残存的队员们的气息……