农业大学1年级的结城聪萤休学后在日吉酒店帮忙，他想将酒店改造的更现代化。同样1年级学生泽木惣右卫门直保拥有能够看到菌的特殊能力。收获的季节，及川、叶月、川滨拓马、美里薰、武藤葵以及研究生长谷川遥一起参加树老师的发酵仓运营。在树教授的指导下，泽木参与了大米日本酒的酿造。在这种情况下，及川发现了不可思议的洞穴。

泽木因为一直没有告诉及川自己可以看到菌的事情而感到内疚不安。两人在探索洞穴秘密的过程中，发了了树教授隐藏了一个秘密。就在这时，做了多日发酵工作及川和武藤来到自治宿舍洗澡，这个举动激动起了学员们的偷窥计划。然而在学员们的偷窥计划作战时，出现了新的情况。

洞穴的秘密依旧探寻中，泽木、川滨拓马、美里薰决定一起帮及川寻找真相。在这种情况下，长谷川因为父亲要求其在大学之后结婚而大伤脑筋。另一方面装修工程结束，萤理想中的日吉酒店改头换面重新开张。因为萤的想法及川决定自己行动，却在发酵藏遇到了长谷川。"对于研究事物的人，最希望研究的是什么"到底是什么意思...

及川因为探秘的事情毫无进展而感到消沉。为了安慰她，泽木说出了自己能看到菌的真相。她的反应竟是......同事,长谷川的酒醉的姿态暴露出来后，美里、川滨和长谷川三人之间处于很尴尬的状态。有一天，长谷川的父亲突然出现在学校，将一封信交给武藤。那是长谷川的退学申请。

武藤和及川因为长谷川的退学申倍受冲击。收获祭的到来，整个学校都开始繁忙。树教授想要尽快找到长谷川，而其他不知情的人也因为联系不到长谷川而感到很困惑，不过此时的长谷川正在......

川滨和美里趁机消失，只剩下的武藤，及川和泽木经营"葵's bar"，结果人手不够大混乱。因为偶像田中恭子的表演以及各个种类的店铺的营业，欢聚一堂的大家愉快的完成了农业大学收获祭，而真正属于校园自己的收获祭也在晚上开始。另一方面，长谷川正在进行"婚前旅行"...

川滨和美里将秘密拍卖上拍卖的口嚼酒的钱给了武藤作为寻找长谷川的经费。收获祭最后的出店赏比赛。因为川滨和美里违反规则而被取消资格，资金短缺。最终，由树教授提供机票，泽木、川滨和美里踏上了法国之行。

泽木，川滨和美里为了寻找长谷川来了葡萄酒酿造地博纳。三人在葡萄田竟遇到了和萤一模一样的少女玛丽。三人为了住的地方成为了玛丽家晚宴的服务生，客人竟然是长谷川，因为未婚夫龙太的无礼宴会不欢而散...

想要阻止长谷川结婚的泽木，川滨和美里三人因为捣乱了宴会而惹怒了未婚夫龙太。知道了三人目的的长谷川不禁喝完了葡萄酒。酒店里，酒醉的长谷川与龙太对峙...不愿意结婚的长谷川决定逃跑。另一方面，十分喜欢红酒的玛丽因为不愿继承家业的事情而烦恼。

长谷川、川滨和美里三人成功逃脱，一起来到了玛丽家中。晚饭时，因为泽木无心的话，玛丽知道了父亲不能喝酒却一直坚持酿造的事情。长谷川与玛丽在酒窖聊过之后决定对龙太说出自己内心的想法。而玛丽与父亲也因为葡萄酒的酿造而起了争执。

龙太终于说出了自己真正的想法，长谷川决定回到学校。另一方面，玛丽在泽木和菌们的帮助下和父亲认真交谈。二人终于了解了彼此的内心，在玛丽的提议下，祖孙三人决定一起开创新的未来。树教授的学生们终于再次相聚。