木之本樱，是充满活力的小学4年级学生。有一天，小樱在地下室发现一本闪闪发光的书。那本书中被称为“库洛牌”的不可思议的卡片被封印了。小樱在偶然的瞬间解开了封印，牌哗啦哗啦地飞走了。最后出现的是“封印之兽”可鲁贝洛斯。

某一天，小樱去学校，校园的中央桌椅堆积如山。犯人究竟是谁？或许，是库洛牌搞的鬼？为了查明，小樱与小可以及朋友知世在晚上一同来到学校……在那里看见的东西是？

小樱在社会学科去水族馆参观，看到了奇怪的水的事故。好像又是库洛牌搞的鬼。小可对“很难抓住‘水’”很在意。同时小樱崇拜的雪兔哥也被邀请约会，小樱十分开心。

星期日，小樱看家，在家里找到了2张库洛牌。小樱将牌放在地下室，把父亲遗忘的东西送去，回来时看见的是房间里长满的树枝！

在友枝小学上学的路上，有家布偶店。小樱等人看到温柔的店长和可爱的玩偶们，十分开心。但是，这家店的玩偶们好像有哪里不对劲！店长称，卖出的玩偶都回到了店里。

学校后的树林有幽灵出没。小樱和朋友们一起去看，真的看见了一个幽灵般的女人。为了调查是否是库洛牌搞的鬼，小樱在晚上再一次去看树林，不过，在那里出现的是本已去世的母亲！

在美术馆，小樱遇见了破坏画的男孩。他说了“爸爸创作的画被随意修改了，所以想改回去”之类的话。难道是库洛牌搞的鬼吗？为了查实，小樱晚上来到了美术馆。

小樱的班级，从香港来了一名转学的男生李小狼。小狼一直盯着小樱，令小樱有些招架不住。并且，他知道小樱有库洛牌，令她交出牌。神秘转学生的真实身份，究竟是？

小狼所说“（小樱）没有办法收集库洛牌”的话，令小樱很沮丧。感到担心的知世与利佳，与小樱去购物。三人一同在漂亮的小物件中挑选各自喜欢的胸针，利佳立刻买下，但好像有哪里不对劲。突然，她向小樱袭击了过来！

今天是友枝小学的运动会。崇拜的雪兔前来助威，令小樱干劲十足。到了中午，小樱第一次与知世的妈妈见面，不过知世的妈妈和小樱的爸爸好像认识。看着知世的妈妈看见爸爸时可怕的表情，小樱很是为难。

“有些麻烦的事，所以到我家来吧。”知世拜托小樱。小樱和小可同去，漂亮的大房子吓了他们一跳。存放着知世和知世的妈妈重要东西的箱子突然间打不开了。小可说从箱子里传来了库洛牌的气息。

音乐课上，小樱的笛子考试失败了。可是，第二天到学校，又是相同的笛子考试。似乎1天在重复着，然而注意到此事的只有小樱和小狼。果然是库洛牌搞的鬼吗？

公园的企鹅大王滑梯，一天早晨颠倒了过来！如此又大又重的东西，究竟是谁？要做什么？事件成为电视上新闻中的大骚动。那天小樱去动物园郊游，眼前奇怪的事接连发生……

小樱从雪兔那里拿到了学园祭的门票，于是和知世一起，来到桃矢和雪兔就读的高中。跟随雪兔的带领，小樱非常开心。随后，去看桃矢和雪兔演出的剧目《灰姑娘》，在那里，发生了事件。

一天晚上，小可和小樱吵架了。第二天，本想和解对话，但小可从小樱的抽屉里随便拿出东西在里面做了自己的房间。二人又生气吵架了，小可离家出走。晚上，作出反省的小樱等着小可回家，可那个时候小可是在别人家。

小樱一家人来到了位于高原的别墅。雪兔也和小樱同去，令她很高兴。附近有间大别墅，正散步的小樱，和那间别墅里的老爷爷相处得很好。小樱第二天也得到了邀请去玩，从老爷爷那里听说了关于他孙女的事情。

小樱来到了临海学校。大家兴奋地进行沙滩排球等娱乐活动。但是，第二天晚上，小樱最讨厌的“试胆大会”开始了。她与知世两个人在洞穴中走着，周围的朋友却从眼前渐渐消失……

小樱与知世、桃矢、雪兔到月峰神社参加夏日祭典。雪兔送的红色水气球令小樱很开心。两个人走着走着，意外来到了神社的后面。那里有很多萤火虫般的光芒……

暑假的最后一天，为了完成读后感的小樱和知世去了图书馆。可是始终找不到课题图书《小猪物语》。原本小狼有这本书，但在交流喜欢的书的时候，转眼间就消失了！尽管马上就发现了，但想要徒手抓住却没那么容易。

进入新学期，小樱的班上转来了李莓铃。体育万能充满活力的莓铃说“小狼是我的未婚夫哦！”引起了同学们的注意。那天夜里，发生了格斗家袭击事件。小樱觉得是库洛牌需要封印起来，就出门了。这时，莓铃出现了……

马拉松大会当天，雪兔也来支持，令小樱干劲十足。小樱加快了步调，小狼、莓铃紧随其后。但是，知世发现马拉松路线发生了异变。小樱他们在同一个地方跑了两次吗？

学术发表会在即，藤隆忙于考古学的稿件。因此小樱来看望爸爸，带了些东西来到大学研究室。爸爸很高兴，但在和小樱谈话的时候睡着了。可助手们居然也陆续睡着了。看见奇怪的白色粉末在飞舞，小樱才明白是库洛牌搞的鬼，急忙封印起来。

小樱听到夜晚的音乐教室会传来神秘歌声的传言。是库洛牌搞的鬼吗？晚上，小樱带着疑问来到学校。听到雪兔说“想听一下美丽的歌声”，小樱决定一探究竟。晚上10点……神秘歌声在校园中回响！

小樱在家中感觉到了牌的气息。为了捉住小不点，与其身体紧贴在了一起。小樱在悲鸣中倒下，醒来时身体竟然缩小了！小樱被风吹走、被动物袭击，终于在浴室发现了牌。

文具店的货架上，堆积的布偶被弄得乱七八糟。和小樱长得一模一样的孩子在反复做着恶作剧。目击了这些的莓铃和千春向小樱询问，而小樱一脸茫然，对此没有任何印象。奈绪子说出了“世界上存在着另一个自己，看见对方的话就会死”这种可怕的话。随后，小樱在放学回家时看见了和自己一模一样的孩子……

滑轮滑回家的途中，小樱失去平衡摔倒了。帮助小樱的是个美丽的女人，说了句“明天见”便离去。第二天班里新来的老师，是前一天帮了小樱的女人！充满高兴的心情的小樱收到了小狼“小心那个老师”的提醒。

“有强大的库洛牌的气息。”小樱和小可前往观月老师家的月峰神社。根据罗盘的指引前来的小狼，只看见了观月老师。而此时，小樱已被神社的树吞噬！

心想事成符咒卡大受欢迎。想要做好料理的小樱打算去买一张。而店中出现了库洛牌的气息！可是实际上是库洛牌的符咒卡已经被人买走了。了解到那是一张攻击用的危险的牌的小樱，和小狼一起寻找牌的下落。

小樱和知世在家庭科上做巧克力蛋糕。实习当天，在午休的时候蛋糕制作完成，可尝起来却甜得可怕。其它班也是如此。小可认为是牌的恶作剧。令蛋糕超级甜的牌到底是？

小樱追的牌“驱”受伤了，进入了一家民宅。“驱”被在那间房子里居住的立花玲很好地治疗了。小玲是与小樱同一所小学的田径选手，从“驱”来到家里开始，她的记录不断提升，被称为接下来的比赛的冠军候选人。了解到“驱”是小玲内心支柱的小樱，不忍心将其封印。

夜晚的街道上，去封印的库洛牌的小樱和小狼看见了比人类还大的猫，大吃一惊。这是把事物巨大化的牌搞的鬼，小樱将其封印后，猫也恢复原来的尺寸。回家的路上，小樱等人面前又出现了奇怪的动物！

在封印“替”牌的过程中同时与其接触的小可和小狼，心和身体互换了。若要恢复原样，1天后在“替”的力量减弱的时候紧紧相拥即可。然而小可模样的小狼失踪了……

在溜冰教室上课的那天，雪兔给小樱做了便当，令她非常开心。在比日本更温暖的中国香港长大的莓铃和小狼感到寒冷，所以在大巴车上还穿着大衣。不擅长滑冰的莓铃向观月老师请教，能力有所提升。但滑冰场迅速降温，同学们也“好冷，好冷”地抱怨起来。

友枝町的猜谜拉力赛召开。小樱和知世都去参加，而知世专注于拍摄与雪兔组成双人组的小樱的录像。猜谜拉力赛当天，小狼投来嫉妒的目光，也看见小樱和雪兔顺利地将问题解决。

圣诞节是雪兔的生日。小樱下决心约雪兔到游乐园去玩。去游乐园途中，偶然遇见小狼和莓铃。突然间电灯熄灭，着起了火。小狼和小樱都明白这是牌在作怪，但在众人面前不能使用魔法。

新学期开始，小樱升入5年级，班主任也变成了观月老师。小樱拿到了雪兔送给她的手表，很高兴。观月老师悄悄对她说，“飘下了美丽的东西。”小樱忽然向窗外看去，虽然已是4月份，却下着雪……雪量有1米以上。小樱认为是牌在作怪，向着被雪覆盖的街上走去。

合唱比赛在即，知世正努力练习。但是，她被某张牌袭击，声音消失了！将事情全部告诉小狼后，小樱明白知世的症状是牌搞的鬼。小樱为由于自己的原因导致知世被夺走声音感到后悔，而小狼提出了利用“歌”牌的建议。

前来采草莓的小樱遇见了在那里打工的雪兔和桃矢。小樱决定将采好的草莓送给雪兔吃。可是，房间的门突然打不开了，制作点心的计划被迫变更。并且，小樱、知世、小狼和莓铃4个人被关在了房间里。

一个下雨的早上，小樱身体发热，昏昏沉沉，没有精神。上学后依然不退烧，于是回到了家中。可小樱感觉到了牌的气息，为了不被桃矢发现，她用“镜”创造了自己的分身，前去封印库洛牌。

小樱等人决定上街游玩。吃冰激凌、玩游戏的时候，知世的眼前出现了很多小樱，小狼在电影院看到了与小樱一同出现的电影，不可思议的事情不断发生。随后，前往莓铃希望的东京铁塔，而桃矢和雪兔本不应该在那里打工……

才艺会上，小樱的班级要演出话剧《睡美人》。莓铃梦想着自己饰演公主小狼饰演王子。而决定结果是由小狼饰演公主，小樱饰演王子。起初2人很害羞，不过，听说雪兔会来看，就在早晨开始努力练习。

才艺会当天。《睡美人》正顺利地进行着。可是在进行到高潮时，舞台突然一片漆黑！小樱在寻找大家，却谁也没有看见。四周一片漆黑，小樱因不安而哭泣，只能一个人努力！

莓铃要回香港了。她没有让小狼看见伤心的样子，莓铃自认为自己很碍事。这时，街上出现了2个“双”之牌，令小狼很棘手。不能同时制伏它们，就不能封印“双”之牌。小樱提出了“莓铃和小狼的话一定可以同时制伏它们的！”的建议。

射箭比赛中，雪兔出场了。小樱、知世和小狼去加油。小可说道“快到最后了，所以会和小樱在一起。”小樱已经接近手机库洛牌的尾声。比赛后大家一起回家，突然，地面出现了异样。这是最后的牌搞的鬼吗？

小樱成功封印了最后一张库洛牌。这时小可的身体发生变化，恢复了原本的形态。与牌收集结束后知世等人的兴奋截然不同，小樱不知该作何表情。小樱向小狼打听了自己很在意的月的事情。月是牌的守护者与审判者，但究竟审判什么却并不知道。

小樱接受了月最后的审判。小樱被无法攻击月的“树”捉住了。如果失败，牌的封印会再次解开，灾难将会降临世间。“灾难”究竟是什么？听到这些的小樱试图挣脱，“树”却越缠越紧！

暑假结束了，小樱的班级迎来了转学生——柊泽艾力欧。小狼发现小樱和艾利欧似乎关系很好的样子。回到家的小樱听到了库洛·里德说话的声音，那时的感觉与往常的气息不同，而友枝町只有连绵不断的雨……感觉到了什么的小樱再次以魔卡捕获者的身份前往下雨的天空下。

天亮时，友枝町仍在下雨。小樱和小狼商量无法使用魔法的事情。小樱、小可、月、知世再次前往下雨的天空下。在袭来的水柱下，小樱使用魔法，可封印的钥匙变不成魔杖。但，小樱想要帮助大家的心情，让魔法的力量复苏了！

封印的钥匙用新的咒语成为了新的魔杖。而且使用魔法的时候牌也必定会转生为新牌。上学中的小樱，听见音乐教室中知世的尖叫，急忙和小狼赶去。然后沉重的钢琴径直向三个人飞来。

为了做布偶，小樱和艾利欧来到了手工品店。在那里，小樱负责买布偶套件，艾利欧去买线……晚上，觉察到库洛气息的小樱，和小狼、小可、知世一同前往公园。这时小狼突然向小樱举起了刀！小可发现小狼在被什么操纵着，却找不到答案。

小樱在艾利欧的帮助下，完成了小熊布偶的制作。当晚，小樱到雪兔家拜访，将寄托着两厢情愿希望的布偶交给他。这时布偶越来越大！小樱设法切断了控制小熊的魔力来源，小熊又恢复了原来的大小。从里面掉出了一张画有魔法阵的纸。

因为改变牌很耗费魔力，小樱感觉困倦。另一方面，雪兔无论如何也吃不饱，或者会产生立刻犯困的奇怪感觉。晚上，小樱接到小狼的电话，得知公园里出现了一个大洞，并在洞内感觉到了库洛的气息。这时，洞口如盖子一般被封住了！

拿出小樱牌之书，小樱牌自然飘浮起来，将小樱包围。可是，书中剩下的库洛牌变得很冰冷。小樱从小可那里得知，这样下去它们将变成普通的牌，就不停地改变着库洛牌。但是，“驱”的封印被解除，以精灵的形态飞向了窗外！

小樱发现了已故的母亲抚子的年历。年历上记录着家中每个人的生日，其中也有“爷爷的生日”。父亲藤隆说，爷爷因为将他视为夺走了最重要的抚子的坏人，只与他见过一面。小樱为了证明“爸爸不是坏人”，决定送礼物给外曾祖父。

小樱沉迷于《爱丽丝梦游仙境》。小樱憧憬着爱丽丝的仙境，抱着“想去看看”的想法。小樱从艾利欧那里得到了作为“书签”的落叶，落叶与书刚刚接触，小樱就被吸入书中。想回到外面的小樱的眼前，柴郡猫样子的艾利欧、兔子样的雪兔、月、桃矢、知世以《爱丽丝》的登场人物形象出现了。

友枝小学召开了义卖会。小樱的班级负责分发点心，不过，听闻此事的小可非常高兴。另一方面，收到奈久留义卖会邀请的斯比奈鲁因“不能吃甜的东西”而不想去。校园里，小可和斯比奈鲁突然相遇！小可没有发觉斯比奈鲁的原型，强行给斯比奈鲁点心吃，突然斯比奈鲁变得快活疯狂起来。

小樱、小狼、知世、艾利欧4个人来到了泰迪熊展。小狼度过了欢乐的时光，不知不觉间便一直用目光追随着小樱。打算回家时，小狼与小樱去坐电梯的时候，门关住打不开了。小狼安慰着在漆黑的电梯里含着眼泪的小樱。这时，电梯突然移动，地板出了一个大洞，小樱掉了下去！

感受到了库洛的气息，大家晚上聚集在公园。但是，似乎什么事件都没有发生，就回到了家里。然而可鲁贝洛斯和月两个人却无法变回临时形态了。他们被迫以原本的形态进入小樱的房间想办法。第二天，为了做晚饭而从冰箱里拿出螃蟹的小樱想起了个主意。

晚上，在学校的方向感觉到库洛的气息的小樱，与小可、小狼、知世一同出门。这时教室里的篮球自己跳动了起来。小樱等人追逐着球，而空间似乎在扭曲，无法追上。追球的时候，知世的身影消失了！找不到知世的小樱一边含着眼泪，一边拼命思考着寻找她的办法。

小狼“有些话想当面对你说”的话令莓铃没等到暑假就来到了日本。莓铃和放学回家的小樱等人路过公园前，在发出地震一般的声音同时出现了很多小企鹅向小樱他们飞来。莓铃用擅长的拳术，小樱用“冻”牌将骚动平息了下来，而小狼和小樱2个人的对话让莓铃露出了悲伤的表情……

小樱要去买给藤隆的圣诞礼物，和桃矢约好见面。学校里艾利欧用钢琴练习着圣歌，充满了圣诞节的气氛。放学后，出现了很强的库洛牌的气息，因此小樱和小狼去查看情况，桃矢则和能与自己一模一样的“镜”去购物。当晚，小樱对“镜”放出了磁带……

新年到了，小樱、桃矢和藤隆到月峰神社参拜，知世和知世的妈妈也来了。小樱和知世去抽签，艾利欧在卖签。知世的签是大吉，小樱不大明白签的含义。那天晚上，小樱睡着时，在黑暗的房间里，库洛牌之书与白天抽的签开始闪闪发光。

小樱等人来到了室内游泳馆。游泳之后，一行人在游泳池旁的咖啡厅点了大受好评的冰激凌苏打。只顾着聊天的小樱，忽然看见玻璃杯中空空如也。这是被偷偷跟来的小可喝了。正当小樱偷偷把小可藏起来带去更衣室时，泳池中出现了令人吃惊的巨大波浪，将利佳一个人困在那里。

小樱等人到雪山参加学校的滑雪之旅。到了晚上，根据奈绪子的提议，艾利欧讲了关于雪女的鬼故事。第二天，滑雪进步了的小樱和艾利欧坐上了去往高级滑道的缆车。眼看雪越下越大，小樱突然想到“和昨晚雪女的鬼故事好像”。从缆车上下来，雪越来越大。其后终于发生了雪崩。

小樱参与了桃矢班上制作的电影。小樱的出场结束后，要去拍摄桃矢和雪兔演出的最后一幕。正式演出开始时，雪兔突然失去意识，从2楼的阳台坠落。情急之下桃矢抓住了他的手试图救他，可并没能奏效。小樱用魔法避免了他受伤，雪兔依旧昏睡不醒……

小樱到雪兔他们高中的文化节参观，和雪兔去参观“星之路”这个节目。被众多星星包围，小樱表达了对雪兔的心意。这时，星星的装饰突然破碎，落向小樱他们身上。现身的月保护了小樱的身体，同时确信这是库洛搞的鬼。跑向有库洛气息之处的小樱，在那里看见了艾利欧。

了解了雪兔真正的心意，一时感到委屈的小樱也恢复了精神。带着“能打起精神是小狼的功劳”这样感激的心情，她邀请小狼到月峰神社去祭祀。在祭典会场的小樱一行人，到据说可以用月亮占卜的“月镜池”去了。这时，在池水的水面上出现了黑色的人影和库洛的魔法阵，进献的牌匾上的马飞向了小樱他们！

一个下雪天，小樱解决了出现了很多雪人的奇怪事件。小可称赞小樱“或许已是超越库洛的魔法师了”，而月则严格地说“还差很远”。在意库洛·里德是什么样的人的小樱，利用“回”牌回到过去，想要直接询问库洛。在小可、知世、小狼的注视下，小樱回到了库洛生活的时代……

艾利欧说出了自己是库洛·里德转世的身份，斯比奈鲁和露比也现出原形。艾利欧用魔法遮住了太阳与月亮，友枝町被黑暗笼罩。然后，从知世和桃矢开始，城市中的人们陷入了沉睡。为了让大家醒来，小樱只有用魔法消除黑暗。解决的关键在那8张库洛牌中！

为了了解事件接连发生的原因，小樱等人拜访了艾利欧的家。准备好茶会等待大家的艾利欧在说明缘由后，离开了日本。第二天回家的路上，小樱被小狼叫住了。小狼对她说自己因为小樱为别人而拼命努力而受到影响，只说了句“谢谢”便离开。在那之后，小樱得知小狼将要回到香港！