在被选召的孩子们首次接触数码世界的6年后。2005年的一天，东京港区海面上的波浪在朝阳下摇曳。17岁的高中生八神太一，如常地用手按停眼前的闹钟，踢开混乱的被铺，低声滴咕下伸展四肢。拉开了窗帘，光线照到桌上一幅“那一天”的集体照上。随后他骑上自行车出门，奔向那片初夏的青空。不久，古加兽出现在人类世界，并开始进行破坏。亚古兽重新出现，并和伙伴们战胜了3只古加兽。原来数码世界的数码兽被感染，在人类世界寻找望月芽心和她的数码兽。现在，冒险再一次进化 。

自阿尔法兽出现后，东京御台场的修复工作一点点进行。为了欢迎新加入的伙伴望月芽心，让她感受到伙伴的羁绊，回到东京的美美邀请伙伴们与数码兽们前去温泉主题公园洗浴。但是，面对即将来临的考试，城户丈缺席了这场聚会。正在这时，受感染的数码兽奥加兽出现在御台场，在看到电视直播的奥加兽破坏情况后，芽心和缅因猫兽决定采取行动，她们将像人类展示数码兽的友善。但是，她们忽视了带回她们的意图，然而，出乎意料的结果就这样出现了。阿丈和美美都正面对着自己的烦恼，在高中节日这天，一个男人出现在他们面前······现在，冒险再一次进化。

缅因猫兽突然发生变异，杀害狮子兽，使得太一等人产生动摇。“缅因猫兽”的感染，使得光子郎想寻找到原因。感染有什么征兆？是在什么时候呢？有什么对策吗？为了这一切的答案，光子郎努力的工作着。望月芽心想要急切地知道原因，但是也没有什么有效的办法。芽心内心急切地希望缅因猫兽能够想起她，她相信追究缅因猫兽感染的原因是有必要的。但是谁也回答不了芽心的疑问。为了防止其它数码宝贝感染，光子郎关上了自己办公室唯一的大门；但在其它地方，感染的迹象开始显现。同时，亚古兽们通过小光的声音把这个重大的秘密告诉了数码宝贝世界。时间······，渐渐临近····在缅因猫兽战斗时，一个点到来太一他们愤慨秘密被告知他人，在各自想法的交错中，他们有了自己的决定。等待的话，总有一天人类会变成大人的。现在，冒险再一次进化。

缅因猫兽发生暴走，然后在这种情况下进行了重启。缅因猫兽的离开让芽心异常苦恼，太一他们则留下芽心重新来到了数码宝贝世界。在这里，他们和数码宝贝重聚，但数码兽们已经失去了记忆。尽管如此，他们将再次建立联系，太一他们向数码兽们伸出了友谊的双手，数码宝贝们也回应着。然而只有比丘兽进化到了成长期，但是在成长期时却显露出了警惕心「都说了我不记得以前的事啊！」武之内空向来关心别人多与自己，比丘兽此时对她却反而产生了不信任感受伤的空停下脚步，太一和大和都不知如何安慰她。数码世界今后该怎么办呢？由此，大家进行了协商。这时，突然出现了缅因猫兽的身影，随后又消失了。它为什么会留着原来的记忆，一边流泪，一边寻找芽心。看着缅因猫兽的身影，大家坚定了要环游数码宝贝世界，救它的决心。但是，在他们面前，那个带走缅因猫兽的黑暗家伙又出现了。就在这个时候，现实世界得西岛收到了姬川失踪的报道。他调查了姬川到现在为止所有行为的背后，确认了她背后还隐瞒了某个目的。而这连接着决定两人命运的过去发生的事情……现在，冒险再一次进化。

看见作为同伴的望月芽心被拥有着玄内样子的谜之男人伤害了，缅因猫兽再一次暴走。「你是不应该诞生的...」在现实世界消失了的缅因猫兽，正是这扭曲的本身。因为拥有过于强大的力量，是毁灭世界的钥匙。在西岛大吾和望月博士面前现身的哈克兽向他们说明了真相。为了保持世界的协调和恒常性，要将过于强大的缅因猫兽视为危险，将其除掉。由于暴走的缅因猫兽的出现，现实世界也出现了各种崩坏，倒计时已经开始。各地都接连不断的发生变异，通过扭曲而出现的数码兽们都在等待着那个时刻的来临。被选召的孩子们被赶出了发生异常的数码世界，回到了现实世界，之后因为和自己的数码兽在一起而被人们驱赶。虽然大家都变得孤立无援，但是还是在拼命的寻找对策。另外，残酷的命运，也向着比任何人的灵魂都要真正且纤细的八神光逼近着...现在，冒险将再一次进化。

世界的崩溃开始了。暴走的大缅因猫兽吸收了黑暗进化的迪路兽、用强大的力量进化成了秩序兽。根据世界树的想法，现实世界将被数码世界所吞噬。在绝望迫近的时候，被选中的孩子们拼命地向前。现在太一不在了，能代替他带队的只有大和。「为了拯救世界，我们还有必须要做的事情！」加布兽的话给大和带来了活力，而亚古兽则坚信太一定会回来。另一方面，恒常性要处置失去控制的秩序兽、并尝试施行干涉现实世界的最终计划。为了阻止毁灭的到来，被选召的孩子们和他们的搭档拼命地战斗。「所有的光芒，都汇聚在了缅因猫兽…」绝望的迪路兽向大家说到。孩子们做出最后决定的时候到了。被选中的孩子们，自己将选择怎样的未来？现在，冒险将再一次进化。