圣王历767年12月5日，在半岛有700年历史的大国奥尔坦西亚王国突然遭到科美利亚公国的背叛。在叛乱发生4年后，欧贝鲁领主阿尔弗雷德与随从马利欧斯、前王国骑士莫里斯一同在高原初次参与战斗，但是面对科美利亚的宿敌鲁基斯的右手罗伊，让他们被迫陷入苦战当中。初次上阵的阿尔弗雷德深感自己能力不足，于是来到父亲费尔南多与家族的坟墓前发下誓言。

这一天，侍奉欧贝鲁领主家的女仆诺诺莉亚，为了拯救村落的孩子柯尼与库儿一同进入森林，却在托隆洞里迷了路。虽然在前来讨伐魔物的阿尔弗等人帮助下平安生还，但接着出现在他们面前的，是有着狼人外表的魔物。根据马格尼亚的传承，该魔物能读取闯入者的内心，将外表变换成那个人“最讨厌的东西”。马利欧斯、阿尔弗，以及每个人内心回想起的记忆是…

由于接到奥尔坦西亚正教会骑士团总长格奥尔格的委托，阿尔弗等人前往佩塔鲁村进行调查，并在那里遇见了正在跟魔物“不死族”，会走路的尸体战斗的男人戴夫罗特。为了各自的目的，阿尔弗一行人与该村落出身的戴夫罗特互相合作，一同找出了在玛格尼亚传承中，能让死人回归尘土的“镇魂花”，用来对抗巨大不死族。戴夫罗特是为了祭拜家族和朋友才回到村落，而深深触动他内心的，是父亲最后的祈祷内容。

戴夫罗特加入后，阿尔弗一行人为了向格奥尔格报告佩塔鲁村的事情出发前往王都。他们途中遇到惨遭魔物袭击过的商队，并从载货马车中救了达伊拉帝国出身的双胞胎。众人抵达王都后，阿尔弗与莫里斯前去会见格奥尔格，魔物却在这时突然现身袭击大圣堂，使得两人被卷入这场骚动。当他们赶到布雷德布隆教皇身边时，眼前出现的光景让情况变得更加混乱。

在王都的袭击大约一个月后，阿尔弗等人将格奥尔格的信函送达了奥利维亚，那里曾是侍奉奥尔坦西亚王国的两大公国之一。阿尔弗在那里见到了已故里昂大公的女儿，目前负责治理奥利维亚领的亚黛儿海德。这时出现在奥利维亚领的教会骑士团部队开始进行起「魔女狩猎」，接着科美利亚也挥军侵略奥利维亚。敌将罗伊在与亚黛儿海德对峙后，只留下意味深长的话语就下令部队撤退。这场冲突究竟有着怎样的意义……

阿佛烈一行人前往了有着马格尼亚传承“公主与巨人”的朱安岛。这是因为岛上出现了一名少女自称是失踪的玛莉爱尔公主，而且还在召集义勇军，所以一行人前去确认真相。义勇军的领导吉姆，以及他扮演假公主的青梅竹马玛莉。马利欧斯由于将玛莉与自己重叠，使得他内心动摇。虽然玛莉在经过阿佛烈等人说服后，答应要将真相公开，但是，这时达伊拉的双胞胎及魔物突然现身，在千钧一发之际守护了马利欧斯的究竟是——在真实与虚假的交错中，马利欧斯究竟会做出什么决定呢？

听说了草药产地科肯村废村的传闻后，阿尔弗雷德、马利欧斯、戴夫罗特及库儿一行人为了确认真相前往了村子。得知这座村落从两年前就被有所企图的教会骑士团占据后，阿尔弗雷德等人在前祭司阿德尔的协助下，从地下水路进入了诺尔医院。他们虽然得知了真相，但也陷入困境。

经过科肯村的骚动，马利欧斯被当成魔女逮捕，与阿尔弗雷德、戴夫罗特一痛被关进“费尔图尔监狱监狱”。不过，两人在莫理斯与库儿的帮助下逃出监狱。众人击退等在外面的前王国骑士卢坎，动身前去拯救即将被处死的马利欧斯。虽然因为黑骑士狄地埃陷入一筹莫展的危机，仍与聚集于此的伙伴们一同与他战斗。这一切都是为了夺回公主，点亮奥尔坦西亚王国未来的灯火。

公主仍健在的消息瞬间传遍了奥尔坦西亚王国。接着，为历史带来转机的战争即将开始。玛莉爱尔等人以奥利维亚作为据点一步一步完成举兵的准备。在举兵之日即将到来的某一天，玛莉爱尔在亚黛儿海德的带领下，前去与躲藏在奥利维亚某深山的少女拉克洛瓦见面。拉克洛瓦试着评断公主的能力，并且说出与自己的职责、圣遗物以及“马格尼亚”之力相关的事情。她的真实身份竟然就是教会在追寻的“魔女”。

玛莉爱尔公主率领的解放军朝王都进军，但科美利亚军却突然出现在他们面前。而阻止达伊拉双胞胎莎莉亚及埃尔瓦继续失控的人，竟然是罗伊。接着罗伊还向阿尔弗雷德发誓，不会对解放军做出任何敌对行为。然而在科美利亚军撤退的同时，装备了火枪的新威胁袭击了解放军。率领敌军的指挥官，是菲雷凯尔.多瑞德诺特。

战况处于上风，解放军终于成功进入王都。虽然驱逐战一路都非常顺利，但盖欧鲁格总长却挡在他们前面。而且即使使用地下通道前往王城，等在那边的也是巴尔戴布隆教皇卑鄙的陷井——大量的活尸。双方的信念互相冲突，激烈的攻防不断上演。阿尔弗雷德等人进入王城，并且一口气冲向谒见大厅，然而在那里看到的却是……

圣王历771年12月5日，进入王都的解放军击退教会骑士团，镇压了大圣堂。为了找出圣遗物所在地，以王城为目标的众人，面对的是被用魔法呼唤回现世的里昂及费尔南多。亚黛儿海德、莫里斯各自负责面对他们，将接下来的战斗托付给阿尔弗雷德和公主。两人虽然终于抵达教皇巴尔戴布隆所在的谒见大厅，但教皇运用马格尼亚之力呼唤出魔神，并以压倒性的力量将他们逼入绝境。就在这时，一名男人现身协助了他们。