14岁的少女大户爱，在深夜散步途中被神秘声音指引，获得了一枚“蛋”。第二天，不知该怎么处理这枚蛋的爱准备它带回昨日的地方，一拉开门却不知怎么来到了某所学校的教学楼。这里的气氛之怪异，让爱慌乱逃入洗手间，最终在神秘声音的指引下将“蛋”打破。

在表帐和里帐的声音引导下，小爱造访了地下庭园并在那遇见了大量购买奇蛋的少女青沼音琉。小爱对于有着与自己相同遭遇的音琉很感兴趣，却被对方回避着。小爱再次独自来到奇蛋世界，打破奇蛋后出现在眼前的是穿着体操服的少女.铃原南。接受挑战的小爱，被本尊与分身告知“必须打败奇蛋杀手”。

爱与平时一样来到地下庭园购买奇蛋，在回家路上偶遇另一位少女川井璃夏。与爱一样在奇蛋世界中战斗的璃夏，对素不相识的爱又是借钱又是跟到家中，自来熟的样子引起了宁瑠的怀疑，而此时璃夏又提出要借住在爱家中。

璃夏陷入无法战斗的状态，小爱必须一边保护未子与真子一边独自战斗，此时未子与真子向屈居下风的小爱伸出援手。另一方面，正在另一个的奇蛋世界中战斗的是名叫泽木桃惠的少女，奇蛋中的少女们被桃惠正气凛然的模样深深吸引，但是少女们对她的爱慕之情，却让桃惠想起过去发生的种种。

小爱、宁瑠、璃夏、桃惠这4名因奇蛋而相遇的少女，彼此间的友情逐渐加深。4名少女每天都在奇蛋世界奋战着，宁瑠投身战斗的次数，更是比其他伙伴多出一倍。凡事冷静思考，并理性看待的宁瑠，与各自怀揣着不同烦恼的少女们相遇，却无法理解少女们的想法。某日，宁瑠、璃夏与桃惠前往了小爱家。

在逐渐习惯战斗的4名少女面前，一部分的“视而不见”突变成为“ANTI”。ANTI的攻击对象不是奇蛋中的少女，而是小爱等人。面对新型态的敌人，4名少女陷入苦战，因此表账与里账给了她们“救援小道具”。在奇蛋世界的战斗瞬息万变，而在现实世界中，小爱的母亲.多惠提出了一件大大动摇小爱内心的事。

大家聚集在一起为璃夏庆祝生日。而璃夏也与小爱她们分享了自己的秘密——一张五名男性的相片，璃夏的父亲疑在其中。曾与母亲千秋约定“上了中学就能见到爸爸”，最终却未能实现，对父亲的思念与对母亲的怨忿令璃夏气恼不已.。

”哎呀，是新的客人吗……？“”会来到这里就表示，你也有想要夺回的人。“”如果是这样，那你只要打破这颗奇迹之蛋就行了。“”让我给特地来到这里的你一个优惠吧。“”你问什么是奇迹之蛋？“”那是打破之后的乐趣喔。“”不须犹豫。你只要打破奇蛋就可以了。“”如果没有勇气的话，来谈谈我们4位常客的故事吧。“”要不要带奇蛋回去……你听完再做决定就好。“

某天，音琉邀请小爱等人到她的公司同时也是住所游玩，并向她们介绍一位因为某项实验而陷入长眠，名叫做阿波野寿的少女。不愿承认小寿无法再苏醒的音琉，因为奇蛋中出现了小寿的身影，感到十分错愕。而小寿托付给音琉的最后”请求“，竟让4人的友情产生了嫌隙。

梨花撞见本尊及分身和音琉的秘书交谈，拼命追问3人之间的关系，也因此知晓了本尊与分身的某个秘密。与此同时，她们收到了来自桃惠的信息，写着”我被男生告白，并和他约会了“，突如其来的恋爱话题让小爱等人非常兴奋，桃惠却莫名地消沉。在少女们的日常生活之外，奇蛋世界中的战争却越演越烈。

突然出现在桃惠面前的，是夺走派尼克生命的异形怪物”灰芬“。奇蛋世界的变化，也影响到了梨花。另一方面，对于桃惠及梨花的遭遇还一无所知的小爱，独自踏进了地下庭园的房屋，在放着庞大数据的居室里遇到了分身，并得知分身就是日本剑尾鱼的创始者，过去也是名科学家。接着，分身开始诉说起以前的故事。

小爱因听闻派尼克与万年的遭遇，在奇蛋世界与酸民战斗时，也不打算召唤出雷恩。透过屏幕看着小爱处于弱势，甚至连奇蛋都无法打破的表账，替她召唤出雷恩，并指示她以任务为优先。小爱在内心挣扎下打破奇蛋，而在奇蛋内的人以及奇蛋杀手，竟然是……

宁瑠将宠物亚当托付给完成奇蛋世界的任务、并回到现实世界的小爱后，从此失去音讯。担心宁瑠的小爱，前去拜访宁瑠的秘书田边。小爱、梨花、桃惠三人完成任务后，对有着些许改变的世界感到困惑。与此同时，小爱从泽木老师口中得知小糸自杀的真相，在各种思绪交错之下，小爱决定……