飞在一万米高空的飞机被劫持。一名叫君冢君彦的少年被自称是侦探的神秘少女谢斯塔任命为助手前往驾驶舱。此时一个自称代号为蝙蝠的男人挟持了机长为人质。他要求谢斯塔推理出劫持飞机的理由，以此作为他释放人质的条件。

谢丝塔死后一年。君冢沉浸在了平静的日常生活里。就在这时，同级生少女夏凪渚为了寻找身分不明的人物X而请求君冢帮助。君冢为了完成她的委托而找到了警官加濑风靡，加濑将他带到了刑务所。在那里他和曾经展开过殊死搏斗的蝙蝠再会了…

在君冢和夏凪面前突然出现的中学生偶像斎川唯。她收到了一封信，信上写着“在巨蛋演唱会当天收到了价值30亿日元的蓝宝石”。君冢和夏凪为了继承夏斯塔的遗志接受了斋川的委托。然而，在演唱会前一天的彩排中，神秘男子向舞台上的斋川靠近……

“斋川唯在撒谎。”君冢看穿了犯人的目标不是宝藏库里的蓝宝石而是斋川自己，在巨蛋演唱会当天，和夏凪一起前往演唱会会场。两人虽然在演唱会上寻找隐藏在热闹会场的犯人，但却怎么也抓不住他们的住处。在越来越焦虑的情况下，时间一刻一刻地迫近。

舞台是1年前。人类的心脏被咬断这样的怪事持续发生着。夏斯塔和君冢发现这个事件是秘密组织SPES的一员凯尔贝罗斯的工作，计划进行诱饵搜查。

在与突然出现的SPES最高干部赫尔的战斗中获胜的夏斯塔和君冢。作为代价，西斯塔的脚受了痊愈两周左右的伤。受邀去工作的君冢遇到了睡在小巷里的纸箱里的少女亚莉西亚。君冢询问了亲人，但亚利西亚却失去了至今为止的记忆……

在西斯塔的疗养中，与成为侦探代理的亚利西亚一起寻找“蓝宝石之眼”的君冢。那样的日子也在一瞬间，为了祝贺夏斯塔的痊愈而来到餐厅的3人。为了弥补苹果派，西斯塔向君冢伸出了玻璃酒杯，等注意到的时候已经夜深了。回到房间的夏斯塔坐在床上，向君冢喊着“这边，过来哦”……

君冢和夏斯塔发现前几天遇到的风靡是假的。动摇的时候第五个牺牲者出来了。为了打倒赫尔而不择手段的夏斯塔和想要尊重遗属心情的君冢擦肩而过。

为了夺回亚利西亚，西斯塔、君冢、夏尔三人终于来到了SPES的据点。和夏斯塔分为两路和夏尔一起行动的君冢和SPES的老大“种子”对峙，知道了SPES的真面目。另一方面，西斯塔实现了与赫尔的再会，尝试夺回亚利西亚。

本来应该实行“一起去海边”的约定，但是因为斋川的规模感不同，君冢和夏凪被邀请乘坐豪华客船进行游轮旅行。享受乘船旅行的三人，曾是君冢的伙伴的夏尔出现了。

与变色龙对峙的君冢。虽然总算是救出了夏凪，但仍然继续着猛烈的攻击。得到了夏尔的帮助，一度以为是逼到了敌人的绝境，但变色龙的一击击碎了甲板，君冢落到了下层。

在君冢之拳与变色龙相交的瞬间，从天花板放出的子弹贯穿变色龙。在那里的毫无疑问是“名侦探”。