价值观多样化进一步推进的2035年，去高中被认为不正常的时代……由于少子化的加剧、学生数量的减少使得面临倒闭危机的学校比比皆是。在“私立圣樱学园”这样一个失去活力的学校里，出现了一位名为“天宫学美”转校生。元气少女学美，竟然在转学第一天就自荐竞选学生会长……

学美就任圣樱学园学生会长还不到一周，姊妹学校爱光学园的学生会长就要来会见。于是，学美和光香急忙给杂乱的学生会室进行大扫除，可是需要打扫的地方多到根本打扫不完。睦月在帮完运动部的人后也过来帮忙，但情况仍然没有改变。不过，在自称“只是偶然路过”的芽生的指导下，众人终于顺利整理好了会室。芽生并没有坚持学生会室改变形象，而是提出了新的整理方案……

重整过后的学生会室有很多学生前来游玩。比如想要把自己的演奏载入CD中的吹奏乐部和想吃新的甜点的甜点研究会……原本只有一个人的学生会，现在正逐渐成为大家的学生会。乘着这样的潮流，学园对抗躲避球大会和各校学生会联谊会在圣樱学园举办。虽然躲避球大会举办得很成功，但是联谊会却进展不佳……在爱光学园角泽多佳子的引导下，各校学生会才总算是在该“如何办好学园祭”上找到了共同话题……

学园祭准备时期。圣樱学生会试着想出“只有圣樱才能办的学园祭！”，却是什么都没能想到。因此，学美等人向普通学生们征求意见。但是，“对学校活动没有兴趣的其他学生们会愿意合作吗？”正抱着这样的烦恼，芽生提案只做了校园祭的宣传影像。学美等人被以惊人的速度制作出华丽CG的芽生感动，试着邀请芽生加入学生会，却失败了。芽生曾在小学时被推举为学级委员长，结果只是被人们利用来做这做那，由此留下了心理创伤。现在，留下未完成的宣传影像，芽生再都没来过学生会室……

学美病倒了！病名是流行性腮腺炎……其实就是腮肿，睡一段时间觉就能痊愈。光香知道后安了下心，又没法完全安心。没有学美，她必须要和新加入学生会的芽生两个人一块做学生会的工作，可她到现在为止都没和芽生单独说过话。光香总想和芽生搭话，结果就如预料的一般不顺利。没办法抓住和芽生说话的机会，只好继续维持彼此无言做着学生会的工作的日子……然而，没能抓住说话的契机，芽生也是一样。在睦月的方案下，两人的对话终于顺利起来。学园祭的主题必须在学美回来前就决定好，恶人围绕着各种主题进行调查，讨论彼此的的想法，偶尔也会争吵……尽管两人已经能够顺利交流，主题还是完全没能统一起来……

快放暑假了！但在那之前是期末考试……学园祭的准备正在各种学生的关注下良好的进行着。但也因为准备的太过投入，学美、光香、睦月的考试败色浓厚。而比这更大的问题……虽然不是学生会成员却一直协助学美她们的睦月，在棒球大会上造成了导致全队落败的失误。“反正都尽力了，也没办法了”尽管睦月这么说，光香还是难掩内心的担忧。因此，光香决定在第二天来到睦月家进行考前应对学习会。

暑假的最后一天，学生会众人完全没有干劲。要说为什么，因为不得不只用一天完成了在第1学期的结束仪式上宣布的“圣樱学园祭官网全面更新”。因此，在住宿和熬夜的连续过后，她们疲惫不堪。适当的放松还是有必要的。光香为了晚上与大家一起去买烟花而小睡了1小时，之后与爱光学园学生会长角泽多佳子相遇。多佳子从学生会网站上知道了学美等人的情况，于是来看望众人。但是，在多佳子平时温柔的笑容中，出现了一丝黑暗的阴影……

圣樱将被合并到爱光的消息震惊了整个圣樱学园。学园祭也被取消。圣樱学生会向园长直诉“请不要中止我们的学园祭”，得到的却是“决定不是我能改变的”的大福。于是，芽生申请与爱光的理事长会面，并提出向圣樱的学生们进行签名运动……

如果能在1周内从圣樱70%的学生中收集到签名，就不会中止学园祭。相信着爱光学园理事长的话，圣樱学生会开始拼命进行签名活动。但是不管怎么努力，还是没收集到什么签名。学生们的兴趣都集中在了明年的新校服上，各自往自己的方向走着，不理会签名运动。这时，准备在明年被采用，有名的艺术家以“未来”为主题的新校歌，以及曾经的宣传视频被播了出来……

虽然签名运动比之前要形式明朗了点，但过了3天也只收集到32%。不顾焦虑的圣樱学生会，合并前的学园改修工作大肆进行着。完全破旧的大时钟被撤掉。然后，在那之后设置的新时钟，把意想不到的灾难也带给了圣樱学园。时钟的配线因短路意外起火，烧毁了学生会室……已经多年未使用、满地尘埃的桃园宿舍被作为新的学生会室。想着尽早把环境整理好，这时演剧部的学生们来到了圣樱学生会面前……

学园祭终于开始了。学生会到现在为止的准备期间、签名活动，都是为了这一天。在女子学校的学园祭中，有个奇怪的男性进了学校，睦月跑去应对。在学美的哥哥武文的帮助下，总算是没发生什么严重的事件。学园祭执行部本身空闲没事做。之后学园长和下岛老师过来接替，使得学生会众人也终于可以去各个学生分店看活动，没想到在学生乐队的LIVE会场……

终于到了毕业的时候。快乐的事情、痛苦的事情、各种各样的事情都在学美等人的心中毕业。学园祭的那一天之后，圣樱学园依旧和平，什么都没有改变，只是经营上的母体转移到了爱光学园而已。学园中依旧满载学生们快乐的笑声。从圣樱毕业后，大家都会在各自的道路上前进。睦月要去职业球队、芽生要去大学、桃叶要去专门学校。光香也做好了决定，而学美是……