2115年，在第十七极东帝都管理区度过平凡学生生活的风澄彻，某天早晨从不可思议的梦中醒来。道路上的人们如同砂一般崩毁消失的神秘现象“沙漠症候群”成为话题，但对于面对任何事都保持冷静的彻来说，这就如同是别人的事一样。当天放学后，和同学片桐镜华一同放学回家的彻，在路旁发现了梦中遇见的神秘少女。彻追赶着突然跑出去的这名少女，但从那一天开始，他的人生完全改变……。

在迷失的世界中袭击了彻他们的是“另一个风澄彻”。面对和自己有着同一张脸的敌人的存在，彻无法掩饰内心的动摇，不过他在镜华的协助以及赶来的雷米·奥德纳的帮助之下逃离危机，经由时空转移返回了自己的世界。由于转移的冲击而失去意识的彻，醒来时身在没有见过的研究所。在那里等着他的是自称布莱恩·奥德纳的设施负责人，他将世界的真相告诉了彻等人……。

为了守护未来，彻决定与另一个世界的自己战斗，终于打开了箱子。次日放学时，一辆高级车停在彻的身旁并打开了车门。坐在上面的是自称正前往研究所途中的镜磨。他在催促彻上车后，询问打开箱子的真意。不久，到达研究所的彻等人前往训练设施。换上战斗服，准备前去训练的彻，在途中与意外的人物相遇了。

静音被凶弹所击倒。在混沌的战况当中，两阵营决定暂时撤退。回到管理区的彻由于亲眼看到同伴在眼前受伤倒下这一战场的现实，而感受到强烈的动摇。彻在返回后就一直陷在自责的念头当中，然而他们再次收到了来自时间守护者们的联络。适格者们再一次奔赴战地。在他们之中，对沮丧的彻感到担忧的镜磨，为了询问他有了何种程度的觉悟而采取了某个行动。

在同伴们的支援下，两个彻在激战之后到达了时间守护者所指定的地点。他们在那里展开枪战，此时战斗中止的通知突然传达过来，通路深处的门也突然打开了。在微暗的房间里等着他们的是意外的人物。出现在无法理解状况的两人面前的那个人物，说出了“Frontier S”以及“第十七极东帝都管理区”这两个世界不得不互相战斗的真正理由。

在时间守护者的力量之下，彻被送到了没见过的小巷子里。听到小孩子的声音而醒来的彻的面前，站着作为Frontier S一方而战的镜华。根据镜华所说，彻理解了自己被送到了Frontier S世界的2115年，并被带往镜华等人所组织的“巴斯蒂安队”的根据地。在那里，彻从镜华之处得知了Frontier S世界的彻等人所处的残酷现实。

由于镜华被击中，雷米勃然大怒，追赶着Frontier一方的彻。他照射了能量块并将自己的能力一口气提升。雷米利用进化后的力量对Frontier阵营步步紧逼，但他的身体突然发生了Degration，身形完全化作巨大的沙暴将彻吞没。被狂飞的沙尘完全卷入的彻，与自己的精神世界对峙……。

化作沙暴的雷米依然大展暴威，对适格者们发动无差别的袭击。在这压倒性的力量面前无计可施，两阵营陷入绝望的深渊，但此时自沙暴中回归的彻出现了。在说要传达重要的事的他的呼唤之下，双方达成一致，以排除死亡结局为最优先事项，两个世界之间的战斗也暂时休战。在作战会议中，两个世界的彻各自的想法相互碰撞……。

在将雷米从死亡结局中拯救出来的彻等人面前出现了巨大的能量块。茫然地仰视着它的彻，收到了布莱恩的紧急联络，同时被发动了强制回归。因强制回归的巨大负担而失去意识的彻，在研究所醒来时，布莱恩正在那里等着。之后他突然下令让研究所的士兵将彻拘束起来。面对没能把握事态就被抓起来的彻，布莱恩给他介绍了“某个人物”。

因布莱恩的策略被关在研究所里的镜华，得到九美和露莎等人的协助，平安地被救出，并和彻等人重逢了。之后，在总算逃离研究所的两人面前，奥尔加飒爽地现身。她将彻他们两人载上车，并带着他们去了充当避难场所的自己的藏身之地。彻他们在那里得到了片刻的安宁。安心入睡的彻，梦到了神秘少女。在梦中，彻得知了少女的过去。

最终决战前，为了守护各自的未来，两阵营再次赶赴战场。在巨大能量块出现的2015年的涩谷，惨烈的总力战拉开帷幕。但，与发动猛攻的Frontier S阵营相对地，十七侧的彻等人只是来回逃窜，然而他们实际上有着某个目标。敌人并非Frontier S，看透了时间守护者的十七侧阵营怀着必死的决心，为了获得Frontier S的协助而开始交涉。

两个彻在协力之下终于将时间守护者击破，战斗也即将接近尾声。但Frontier S的彻却宣告战争尚未结束。Frontier S的彻无法相信时间守护者的消灭就能真正地拯救两个未来，他无论如何都要让自己的未来成为确实，为此，他向十七侧的彻发起最后的挑战。彻带着充满决心的表情接受了这场决斗，赌上两个未来的真正的最后决战开始了。